feat: More virtual environment and container support (b78681af) · Commits · Research Enablement / Xylem

lcov.info

+432 −425

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -370,63 +370,63 @@ LH:0
		end_of_record
		TN:
		SF:/root/dev/command/pipe-lib/src/lib.rs
		FN:427,Command::test
		FN:450,Config::read
		FN:474,Config::read_json
		FN:495,Config::read_yaml
		FN:512,Config::set_environment_variables
		FN:526,<impl PartialEq for Details>::eq
		FN:533,EnvironmentValue::from_string
		FN:536,EnvironmentValue::from_value
		FN:544,EnvironmentValue::prepend_prefix
		FN:548,EnvironmentValue::trim_prefix
		FN:552,EnvironmentValue::get_from_config
		FN:559,EnvironmentValue::get_from_serde
		FN:573,EnvironmentValue::get_all
		FN:583,EnvironmentValue::print_all
		FN:588,EnvironmentValue::set_variable
		FN:598,EnvironmentValue::set_variables
		FN:605,Extension::from_string
		FN:614,Label::dry_run
		FN:618,Label::invalid
		FN:622,Label::fail
		FN:626,Label::found
		FN:630,Label::not_found
		FN:634,Label::output
		FN:638,Label::read
		FN:642,Label::rejected
		FN:646,Label::run
		FN:650,Label::using
		FN:656,ModuleUri<'_>::from
		FN:666,ModuleUri<'_>::hash
		FN:690,ModuleUri<'_>::get_whitelist
		FN:693,ModuleUri<'_>::is_allowed
		FN:696,ModuleUri<'_>::test
		FN:697,ModuleUri<'_>::test::check
		FN:714,ModuleUri<'_>::working_directory
		FN:726,SemanticVersion::from_string
		FN:749,Script::expand_arguments
		FN:784,Script::expand_arguments_from
		FN:819,Script::from_module
		FN:877,Script::from_path
		FN:900,Script::from_template
		FN:925,Script::get_command
		FN:935,Script::get_arguments
		FN:966,Script::maybe_create_virtual_environment
		FN:1003,Script::maybe_git_clone
		FN:1010,Script::python_default
		FN:1024,Script::run
		FN:1091,Script::with_container
		FN:1098,Script::with_current_dir
		FN:1103,Script::with_envs
		FN:1142,Script::with_virtual_environment
		FN:1151,StringTemplate::new
		FN:1160,StringTemplate::expand
		FN:1167,StringTemplate::get_variable
		FN:1197,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1232,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1242,add_dot_slash
		FN:1250,add_forward_slash
		FN:445,Command::test
		FN:468,Config::read
		FN:492,Config::read_json
		FN:513,Config::read_yaml
		FN:530,Config::set_environment_variables
		FN:544,<impl PartialEq for Details>::eq
		FN:551,EnvironmentValue::from_string
		FN:554,EnvironmentValue::from_value
		FN:562,EnvironmentValue::prepend_prefix
		FN:566,EnvironmentValue::trim_prefix
		FN:570,EnvironmentValue::get_from_config
		FN:577,EnvironmentValue::get_from_serde
		FN:591,EnvironmentValue::get_all
		FN:601,EnvironmentValue::print_all
		FN:606,EnvironmentValue::set_variable
		FN:616,EnvironmentValue::set_variables
		FN:623,Extension::from_string
		FN:632,Label::dry_run
		FN:636,Label::invalid
		FN:640,Label::fail
		FN:644,Label::found
		FN:648,Label::not_found
		FN:652,Label::output
		FN:656,Label::read
		FN:660,Label::rejected
		FN:664,Label::run
		FN:668,Label::using
		FN:674,ModuleUri<'_>::from
		FN:684,ModuleUri<'_>::hash
		FN:708,ModuleUri<'_>::get_whitelist
		FN:711,ModuleUri<'_>::is_allowed
		FN:714,ModuleUri<'_>::test
		FN:715,ModuleUri<'_>::test::check
		FN:732,ModuleUri<'_>::working_directory
		FN:744,SemanticVersion::from_string
		FN:767,Script::expand_arguments
		FN:802,Script::expand_arguments_from
		FN:837,Script::from_module
		FN:895,Script::from_path
		FN:918,Script::from_template
		FN:947,Script::get_command
		FN:957,Script::get_arguments
		FN:996,Script::maybe_create_virtual_environment
		FN:1033,Script::maybe_git_clone
		FN:1040,Script::python_default
		FN:1054,Script::run
		FN:1121,Script::with_container
		FN:1128,Script::with_current_dir
		FN:1133,Script::with_envs
		FN:1172,Script::with_virtual_environment
		FN:1181,StringTemplate::new
		FN:1190,StringTemplate::expand
		FN:1197,StringTemplate::get_variable
		FN:1227,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1262,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1272,add_dot_slash
		FN:1280,add_forward_slash
		FNF:57
		FNDA:1,Command::test
		FNDA:1,Config::read
		@@ -478,458 +478,465 @@ FNDA:1,Script::with_container
		FNDA:1,Script::with_current_dir
		FNDA:0,Script::with_envs
		FNDA:1,Script::with_virtual_environment
		FNDA:1,StringTemplate::new
		FNDA:2,StringTemplate::new
		FNDA:1,StringTemplate::expand
		FNDA:1,StringTemplate::get_variable
		FNDA:1,StringTemplate::is_handlebars
		FNDA:2,StringTemplate::is_handlebars
		FNDA:1,StringTemplate::remove_spaces
		FNDA:1,add_dot_slash
		FNDA:1,add_forward_slash
		DA:427,1
		DA:428,2
		DA:429,1
		DA:430,4
		DA:431,4
		DA:433,6
		DA:434,2
		DA:437,0
		DA:438,0
		DA:443,3
		DA:444,1
		DA:450,1
		DA:451,2
		DA:445,1
		DA:446,2
		DA:447,2
		DA:448,6
		DA:449,4
		DA:451,6
		DA:452,2
		DA:453,1
		DA:454,0
		DA:456,2
		DA:457,1
		DA:458,0
		DA:462,2
		DA:463,1
		DA:465,0
		DA:466,0
		DA:474,1
		DA:475,2
		DA:476,2
		DA:478,0
		DA:479,0
		DA:482,3
		DA:483,2
		DA:484,4
		DA:485,0
		DA:487,6
		DA:488,2
		DA:495,1
		DA:496,2
		DA:497,1
		DA:499,0
		DA:500,0
		DA:503,2
		DA:504,1
		DA:505,2
		DA:506,0
		DA:508,3
		DA:509,1
		DA:512,0
		DA:513,0
		DA:514,0
		DA:515,0
		DA:516,0
		DA:455,0
		DA:456,0
		DA:461,3
		DA:462,1
		DA:468,1
		DA:469,2
		DA:470,2
		DA:471,1
		DA:472,0
		DA:474,2
		DA:475,1
		DA:476,0
		DA:480,2
		DA:481,1
		DA:483,0
		DA:484,0
		DA:492,1
		DA:493,2
		DA:494,2
		DA:496,0
		DA:497,0
		DA:500,2
		DA:501,2
		DA:502,4
		DA:503,0
		DA:505,6
		DA:506,2
		DA:513,1
		DA:514,2
		DA:515,1
		DA:517,0
		DA:522,0
		DA:526,1
		DA:518,0
		DA:521,2
		DA:522,1
		DA:523,2
		DA:524,0
		DA:526,3
		DA:527,1
		DA:530,0
		DA:531,0
		DA:532,0
		DA:533,0
		DA:534,0
		DA:536,0
		DA:537,0
		DA:538,0
		DA:539,0
		DA:535,0
		DA:540,0
		DA:541,0
		DA:544,0
		DA:545,0
		DA:548,1
		DA:549,1
		DA:550,2
		DA:544,1
		DA:545,1
		DA:551,0
		DA:552,0
		DA:553,0
		DA:554,0
		DA:555,0
		DA:556,0
		DA:557,0
		DA:558,0
		DA:559,0
		DA:560,0
		DA:561,0
		DA:562,0
		DA:563,0
		DA:564,0
		DA:565,0
		DA:566,0
		DA:567,0
		DA:569,0
		DA:566,1
		DA:567,1
		DA:568,2
		DA:570,0
		DA:571,0
		DA:573,1
		DA:574,1
		DA:575,2
		DA:576,2
		DA:577,2
		DA:578,2
		DA:579,1
		DA:572,0
		DA:573,0
		DA:574,0
		DA:575,0
		DA:577,0
		DA:578,0
		DA:579,0
		DA:580,0
		DA:581,0
		DA:582,0
		DA:583,0
		DA:584,0
		DA:585,0
		DA:588,0
		DA:587,0
		DA:589,0
		DA:590,0
		DA:591,0
		DA:592,0
		DA:593,0
		DA:594,0
		DA:598,0
		DA:599,0
		DA:591,1
		DA:592,1
		DA:593,2
		DA:594,2
		DA:595,2
		DA:596,2
		DA:597,1
		DA:601,0
		DA:605,1
		DA:606,2
		DA:607,2
		DA:608,3
		DA:602,0
		DA:603,0
		DA:606,0
		DA:607,0
		DA:608,0
		DA:609,0
		DA:614,0
		DA:615,0
		DA:610,0
		DA:611,0
		DA:612,0
		DA:616,0
		DA:618,0
		DA:617,0
		DA:619,0
		DA:620,0
		DA:622,0
		DA:623,0
		DA:624,0
		DA:626,0
		DA:623,1
		DA:624,2
		DA:625,2
		DA:626,3
		DA:627,0
		DA:628,0
		DA:630,0
		DA:631,0
		DA:632,0
		DA:634,1
		DA:635,3
		DA:636,3
		DA:633,0
		DA:634,0
		DA:636,0
		DA:637,0
		DA:638,0
		DA:639,0
		DA:640,0
		DA:641,0
		DA:642,0
		DA:643,0
		DA:644,0
		DA:645,0
		DA:646,0
		DA:647,0
		DA:648,0
		DA:649,0
		DA:650,0
		DA:651,0
		DA:652,0
		DA:656,2
		DA:657,2
		DA:658,5
		DA:659,2
		DA:660,2
		DA:652,1
		DA:653,3
		DA:654,3
		DA:656,0
		DA:657,0
		DA:658,0
		DA:660,0
		DA:661,0
		DA:663,1
		DA:666,1
		DA:667,1
		DA:668,1
		DA:669,1
		DA:670,2
		DA:671,0
		DA:673,4
		DA:677,4
		DA:678,4
		DA:680,4
		DA:681,2
		DA:683,2
		DA:686,0
		DA:690,0
		DA:691,0
		DA:693,0
		DA:694,0
		DA:696,0
		DA:697,0
		DA:698,0
		DA:700,0
		DA:701,0
		DA:702,0
		DA:703,0
		DA:662,0
		DA:664,0
		DA:665,0
		DA:666,0
		DA:668,0
		DA:669,0
		DA:670,0
		DA:674,2
		DA:675,2
		DA:676,5
		DA:677,2
		DA:678,2
		DA:679,0
		DA:681,1
		DA:684,1
		DA:685,1
		DA:686,1
		DA:687,1
		DA:688,2
		DA:689,0
		DA:691,4
		DA:695,4
		DA:696,4
		DA:698,4
		DA:699,2
		DA:701,2
		DA:704,0
		DA:705,0
		DA:706,0
		DA:708,0
		DA:710,0
		DA:709,0
		DA:711,0
		DA:712,0
		DA:714,0
		DA:715,0
		DA:716,0
		DA:717,0
		DA:718,0
		DA:719,0
		DA:720,0
		DA:721,0
		DA:726,1
		DA:727,1
		DA:728,3
		DA:729,3
		DA:730,3
		DA:749,1
		DA:750,2
		DA:753,2
		DA:754,1
		DA:755,2
		DA:756,1
		DA:757,1
		DA:759,2
		DA:763,1
		DA:764,1
		DA:784,1
		DA:785,2
		DA:788,2
		DA:789,1
		DA:790,2
		DA:791,2
		DA:794,2
		DA:796,1
		DA:798,2
		DA:722,0
		DA:723,0
		DA:724,0
		DA:726,0
		DA:728,0
		DA:732,0
		DA:733,0
		DA:734,0
		DA:735,0
		DA:736,0
		DA:738,0
		DA:739,0
		DA:744,1
		DA:745,1
		DA:746,3
		DA:747,3
		DA:748,3
		DA:767,1
		DA:768,2
		DA:771,2
		DA:772,1
		DA:773,2
		DA:774,1
		DA:775,1
		DA:777,2
		DA:781,1
		DA:782,1
		DA:802,1
		DA:803,1
		DA:819,0
		DA:821,0
		DA:822,0
		DA:823,0
		DA:826,0
		DA:827,0
		DA:828,0
		DA:829,0
		DA:830,0
		DA:832,0
		DA:833,0
		DA:834,0
		DA:803,2
		DA:806,2
		DA:807,1
		DA:808,2
		DA:809,2
		DA:812,2
		DA:814,1
		DA:816,2
		DA:820,1
		DA:821,1
		DA:837,0
		DA:838,0
		DA:839,0
		DA:840,0
		DA:843,0
		DA:841,0
		DA:844,0
		DA:845,0
		DA:846,0
		DA:847,0
		DA:848,0
		DA:850,0
		DA:851,0
		DA:854,0
		DA:860,0
		DA:852,0
		DA:855,0
		DA:856,0
		DA:857,0
		DA:858,0
		DA:861,0
		DA:877,1
		DA:878,2
		DA:879,1
		DA:881,0
		DA:882,0
		DA:885,2
		DA:886,1
		DA:887,1
		DA:900,1
		DA:901,1
		DA:902,3
		DA:906,2
		DA:908,2
		DA:910,2
		DA:913,1
		DA:914,1
		DA:915,2
		DA:916,1
		DA:918,2
		DA:862,0
		DA:863,0
		DA:866,0
		DA:868,0
		DA:869,0
		DA:872,0
		DA:878,0
		DA:879,0
		DA:895,1
		DA:896,2
		DA:897,1
		DA:899,0
		DA:900,0
		DA:903,2
		DA:904,1
		DA:905,1
		DA:918,1
		DA:919,1
		DA:920,1
		DA:921,1
		DA:923,1
		DA:925,1
		DA:926,1
		DA:927,1
		DA:928,1
		DA:930,1
		DA:931,2
		DA:920,3
		DA:924,2
		DA:926,2
		DA:928,2
		DA:931,1
		DA:932,1
		DA:935,1
		DA:933,2
		DA:934,1
		DA:936,1
		DA:937,1
		DA:938,1
		DA:939,1
		DA:940,1
		DA:942,0
		DA:943,0
		DA:946,2
		DA:941,1
		DA:942,1
		DA:943,1
		DA:945,2
		DA:947,1
		DA:948,1
		DA:949,1
		DA:951,1
		DA:950,1
		DA:952,1
		DA:953,1
		DA:954,2
		DA:955,2
		DA:957,2
		DA:953,2
		DA:954,1
		DA:957,1
		DA:958,1
		DA:959,1
		DA:960,1
		DA:961,1
		DA:962,1
		DA:963,0
		DA:965,0
		DA:966,0
		DA:971,0
		DA:972,0
		DA:973,0
		DA:975,0
		DA:976,0
		DA:977,0
		DA:978,0
		DA:979,0
		DA:980,0
		DA:982,0
		DA:983,0
		DA:969,2
		DA:970,1
		DA:972,1
		DA:974,1
		DA:975,1
		DA:976,1
		DA:977,2
		DA:978,2
		DA:980,1
		DA:981,2
		DA:982,2
		DA:984,0
		DA:985,0
		DA:986,0
		DA:987,0
		DA:988,0
		DA:990,0
		DA:991,0
		DA:994,0
		DA:998,0
		DA:999,0
		DA:1003,1
		DA:1004,2
		DA:1005,2
		DA:1006,2
		DA:1007,3
		DA:1008,1
		DA:988,1
		DA:989,1
		DA:991,1
		DA:996,0
		DA:1001,0
		DA:1002,0
		DA:1003,0
		DA:1005,0
		DA:1006,0
		DA:1007,0
		DA:1008,0
		DA:1009,0
		DA:1010,0
		DA:1011,0
		DA:1012,0
		DA:1013,0
		DA:1014,0
		DA:1015,0
		DA:1016,0
		DA:1017,0
		DA:1018,0
		DA:1020,0
		DA:1024,1
		DA:1025,1
		DA:1026,1
		DA:1027,2
		DA:1028,2
		DA:1029,3
		DA:1030,1
		DA:1031,7
		DA:1032,2
		DA:1021,0
		DA:1024,0
		DA:1028,0
		DA:1029,0
		DA:1033,1
		DA:1034,1
		DA:1035,1
		DA:1036,1
		DA:1041,2
		DA:1042,1
		DA:1044,0
		DA:1045,0
		DA:1048,1
		DA:1049,1
		DA:1050,2
		DA:1051,2
		DA:1054,2
		DA:1034,2
		DA:1035,2
		DA:1036,2
		DA:1037,3
		DA:1038,1
		DA:1040,0
		DA:1041,0
		DA:1042,0
		DA:1050,0
		DA:1054,1
		DA:1055,1
		DA:1057,0
		DA:1058,0
		DA:1061,1
		DA:1062,1
		DA:1063,2
		DA:1064,0
		DA:1065,0
		DA:1068,2
		DA:1069,1
		DA:1070,3
		DA:1071,1
		DA:1072,3
		DA:1073,3
		DA:1074,1
		DA:1076,0
		DA:1077,0
		DA:1078,0
		DA:1081,0
		DA:1082,0
		DA:1083,0
		DA:1056,1
		DA:1057,2
		DA:1058,2
		DA:1059,3
		DA:1060,1
		DA:1061,7
		DA:1062,2
		DA:1063,1
		DA:1064,1
		DA:1065,1
		DA:1066,1
		DA:1071,2
		DA:1072,1
		DA:1074,0
		DA:1075,0
		DA:1078,1
		DA:1079,1
		DA:1080,2
		DA:1081,2
		DA:1084,2
		DA:1085,1
		DA:1087,0
		DA:1088,0
		DA:1091,1
		DA:1092,1
		DA:1093,1
		DA:1098,1
		DA:1099,2
		DA:1100,1
		DA:1103,0
		DA:1104,0
		DA:1105,0
		DA:1142,1
		DA:1143,1
		DA:1144,1
		DA:1151,1
		DA:1153,1
		DA:1160,1
		DA:1161,4
		DA:1162,3
		DA:1167,1
		DA:1168,2
		DA:1169,2
		DA:1170,1
		DA:1171,2
		DA:1173,0
		DA:1093,2
		DA:1094,0
		DA:1095,0
		DA:1098,2
		DA:1099,1
		DA:1100,3
		DA:1101,1
		DA:1102,3
		DA:1103,3
		DA:1104,1
		DA:1106,0
		DA:1107,0
		DA:1108,0
		DA:1111,0
		DA:1112,0
		DA:1113,0
		DA:1117,0
		DA:1118,0
		DA:1121,1
		DA:1122,1
		DA:1123,1
		DA:1128,1
		DA:1129,2
		DA:1130,1
		DA:1133,0
		DA:1134,0
		DA:1135,0
		DA:1172,1
		DA:1173,1
		DA:1174,1
		DA:1181,2
		DA:1183,2
		DA:1190,1
		DA:1191,6
		DA:1192,5
		DA:1197,1
		DA:1198,2
		DA:1199,2
		DA:1200,1
		DA:1201,0
		DA:1201,2
		DA:1203,0
		DA:1232,1
		DA:1233,2
		DA:1234,1
		DA:1235,0
		DA:1237,3
		DA:1238,1
		DA:1242,1
		DA:1243,2
		DA:1244,2
		DA:1246,3
		DA:1250,1
		DA:1251,2
		DA:1252,0
		DA:1254,2
		DA:1267,1
		DA:1268,2
		DA:1269,2
		DA:1270,2
		DA:1271,2
		DA:1272,5
		DA:1275,1
		DA:1277,2
		DA:1279,4
		DA:1227,2
		DA:1228,4
		DA:1229,4
		DA:1230,2
		DA:1231,0
		DA:1233,0
		DA:1262,1
		DA:1263,2
		DA:1264,1
		DA:1265,0
		DA:1267,3
		DA:1268,1
		DA:1272,1
		DA:1273,2
		DA:1274,2
		DA:1276,3
		DA:1280,1
		DA:1281,2
		DA:1282,0
		DA:1309,1
		DA:1310,1
		DA:1311,1
		DA:1312,6
		DA:1324,1
		DA:1326,0
		DA:1284,2
		DA:1297,1
		DA:1298,2
		DA:1299,2
		DA:1300,2
		DA:1301,2
		DA:1302,5
		DA:1305,1
		DA:1307,2
		DA:1309,4
		DA:1312,0
		DA:1339,1
		DA:1340,1
		DA:1341,1
		DA:1342,1
		DA:1345,1
		DA:1346,3
		DA:1358,1
		DA:1359,1
		DA:1362,0
		DA:1363,0
		DA:1364,0
		DA:1366,0
		DA:1370,0
		DA:1371,0
		DA:1372,0
		DA:1374,0
		DA:1388,2
		DA:1389,2
		DA:1390,6
		DA:1391,4
		DA:1392,12
		DA:1393,8
		DA:1395,1
		DA:1396,3
		DA:1397,1
		DA:1400,1
		DA:1402,1
		DA:1403,4
		LF:445
		LH:245
		DA:1342,6
		DA:1354,1
		DA:1356,0
		DA:1371,1
		DA:1372,1
		DA:1375,1
		DA:1376,3
		DA:1388,1
		DA:1389,1
		DA:1392,0
		DA:1393,0
		DA:1394,0
		DA:1396,0
		DA:1400,0
		DA:1401,0
		DA:1402,0
		DA:1404,0
		DA:1418,2
		DA:1419,2
		DA:1420,6
		DA:1421,4
		DA:1422,12
		DA:1423,8
		DA:1425,1
		DA:1426,3
		DA:1427,1
		DA:1430,1
		DA:1432,1
		DA:1433,4
		LF:452
		LH:249
		end_of_record

pipe-lib/src/lib.rs

+40 −10

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -39,12 +39,16 @@ pub type Void = Result<(), Report>;
		pub type Output = Vec<Option<Details>>;

		#[derive(Clone, Debug, Display, Serialize, Deserialize, Valuable)]
		#[serde(rename_all = "lowercase")]
		pub enum ContainerRuntime {
		#[display("docker")]
		#[serde(alias = "Docker")]
		Docker,
		#[display("podman")]
		#[serde(alias = "Podman")]
		Podman,
		#[display("apptainer")]
		#[serde(alias = "Apptainer", alias = "Singularity", alias = "singularity")]
		Apptainer,
		#[display("unknown")]
		Unknown,
		@@ -175,12 +179,16 @@ pub enum TemplateAttribute {
		#[derive(Copy, Clone, Debug, Deserialize, Serialize)]
		pub enum TemplateType {
		/// Example: `"some <%= value %>"`
		#[serde(alias = "ejs")]
		EmbeddedJavaScript,
		/// Example: `"some <%= value %>"`
		#[serde(alias = "erb")]
		EmbeddedRuby,
		/// Example: `"some {{ value }}"`
		#[serde(alias = "handlebars", alias = "hbs")]
		Handlebars,
		/// Example: `"some {{ value }}"`
		#[serde(alias = "mustache")]
		Mustache,
		Unknown,
		}
		@@ -188,16 +196,24 @@ pub enum TemplateType {
		pub enum VirtualEnvironmentManager {
		/// [Conda package manager](https://github.com/conda/conda)
		#[display("conda")]
		#[serde(alias = "conda")]
		Conda,
		/// Simple Python version management (https://github.com/pyenv/pyenv)
		#[display("pyenv")]
		#[serde(alias = "pyenv")]
		Pyenv,
		/// Tool to create isolated Python environments (https://virtualenv.pypa.io/en/latest/)
		#[display("venv")]
		#[serde(alias = "venv")]
		Virtualenv,
		/// [Pixi package manager](https://github.com/prefix-dev/pixi/) (that has functional parity with Conda)
		#[display("pixi")]
		#[serde(alias = "pixi")]
		Pixi,
		/// [Poetry](https://python-poetry.org/) - Python packaging and dependency management made easy
		#[display("poetry")]
		#[serde(alias = "poetry")]
		Poetry,
		#[display("unknown")]
		Unknown,
		}
		@@ -393,8 +409,10 @@ pub struct Script {
		#[derive(Clone, Debug, Deserialize, Serialize)]
		pub struct ScriptTemplate {
		pub command: String,
		pub container: Option<ContainerEnvironment>,
		pub manager: Option<VirtualEnvironmentManager>,
		pub environment: Option<String>,
		#[serde(alias = "environment")]
		pub virtual_environment: Option<String>,
		pub arguments: Instruction,
		}
		#[derive(Clone, Debug, Deserialize, Serialize)]
		@@ -911,16 +929,20 @@ impl Script {
		.collect(),
		};
		let manager = template.manager;
		let virtual_environment = match template.environment {
		let virtual_environment = match template.virtual_environment {
		\| Some(name) => Some(VirtualEnvironment::init().name(name).maybe_manager(manager).build()),
		\| None => None,
		};
		let command = Command::init().name(template.command).build();
		Script::init()
		.command(command)
		.arguments(arguments)
		.build()
		.with_virtual_environment(virtual_environment)
		let container = match template.container {
		\| Some(value) => Some(value),
		\| None => None,
		};
		let command = Command::init()
		.name(template.command)
		.maybe_container(container)
		.maybe_virtual_environment(virtual_environment)
		.build();
		Script::init().command(command).arguments(arguments).build()
		}
		fn get_command(&self) -> String {
		let name = match &self.command.virtual_environment {
		@@ -938,6 +960,7 @@ impl Script {
		let mut arguments = match manager {
		\| VirtualEnvironmentManager::Conda => to_string(vec!["run", "--name", name, "--no-capture-output", &self.command.name]),
		\| VirtualEnvironmentManager::Pixi => to_string(vec!["run", "--environment", name, &self.command.name]),
		\| VirtualEnvironmentManager::Poetry => to_string(vec!["run", &self.command.name]),
		\| _ => {
		error!(name = manager.to_string(), "=> {} Virtual environment manager", Label::not_found());
		vec![]
		@@ -949,12 +972,19 @@ impl Script {
		\| _ => self.arguments.clone(),
		};
		match &self.command.container {
		\| Some(ContainerEnvironment { name, .. }) => {
		\| Some(ContainerEnvironment { name, runtime, .. }) => {
		let wrapped_command = match &self.command.virtual_environment {
		\| Some(VirtualEnvironment { manager, .. }) => manager.to_string(),
		\| _ => self.command.name.clone(),
		};
		let mut arguments = to_string(vec!["run", "--rm", name, &wrapped_command]);
		let mut arguments = match runtime {
		\| ContainerRuntime::Docker \| ContainerRuntime::Podman => to_string(vec!["run", "--rm", name, &wrapped_command]),
		\| ContainerRuntime::Apptainer => to_string(vec!["exec", name, &wrapped_command]),
		\| ContainerRuntime::Unknown => {
		error!(name = runtime.to_string(), "=> {} Container runtime", Label::not_found());
		vec![]
		}
		};
		arguments.extend(self_arguments);
		arguments
		}

pipe-lib/src/tests.rs

+39 −19

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -345,51 +345,53 @@ fn test_script_expand_arguments_from() {
		("BAR".to_string(), "two".to_string()),
		("BAZ".to_string(), "three".to_string()),
		]);
		let script = Script::init().command(command).arguments(arguments).build();
		assert_eq!(
		script
		let script = Script::init()
		.command(command)
		.arguments(arguments)
		.build()
		.clone()
		.expand_arguments_from(envs.clone())
		.with_virtual_environment(None)
		.to_string(),
		"echo one two and three one two three one/three"
		);
		.to_string();
		assert_eq!(script, "echo one two and three one two three one/three");
		}

		#[test]
		fn test_script_from_template() {
		let expected_value: Vec<String> = to_string(vec!["-m", "lib", "--input", "{{INPUT_DIRECTORY}}", "--output", "{{OUTPUT_DIRECTORY}}"]);
		// "shell" format arguments
		let path = PathBuf::from(format!("{}/template.json", FIXTURES));
		let script = Script::from_path(path);
		let expected_value: Vec<String> = to_string(vec!["-m", "lib", "--input", "{{INPUT_DIRECTORY}}", "--output", "{{OUTPUT_DIRECTORY}}"]);
		assert_eq!(script.command.name, "python");
		assert_eq!(script.arguments, expected_value);
		// "exec" format arguments
		let path = PathBuf::from(format!("{}/template_exec.json", FIXTURES));
		let script = Script::from_path(path);
		assert_eq!(
		format!("{}", script),
		"conda run --name base --no-capture-output python -m lib --input {{INPUT_DIRECTORY}} --output {{OUTPUT_DIRECTORY}}"
		);
		let expected = "conda run --name base --no-capture-output python -m lib --input {{INPUT_DIRECTORY}} --output {{OUTPUT_DIRECTORY}}";
		assert_eq!(format!("{}", script), expected);
		assert_eq!(script.command.name, "python");
		assert_eq!(script.arguments, expected_value);
		// Pixi virtual environment manager
		let path = PathBuf::from(format!("{}/template_pixi.json", FIXTURES));
		let script = Script::from_path(path);
		assert_eq!(
		format!("{}", script),
		"pixi run --environment cuda python -m lib --input {{INPUT_DIRECTORY}} --output {{OUTPUT_DIRECTORY}}"
		);
		let expected = "pixi run --environment cuda python -m lib --input {{INPUT_DIRECTORY}} --output {{OUTPUT_DIRECTORY}}";
		assert_eq!(format!("{}", script), expected);
		// Docker + Pixi
		let path = PathBuf::from(format!("{}/template_docker_pixi.json", FIXTURES));
		let script = Script::from_path(path);
		let expected = "docker run --rm CONTAINER pixi run --environment ENVIRONMENT python -m lib --method {{METHOD}} --profile {{PROFILE}}";
		assert_eq!(format!("{}", script), expected);
		}

		#[test]
		fn test_script_get_arguments() {
		let command = Command::init().name("echo".to_string()).build();
		let container = ContainerEnvironment::init().name("CONTAINER".to_string()).build();
		let manager = VirtualEnvironmentManager::Conda;
		let virtual_environment = VirtualEnvironment::init().name("base".to_string()).manager(manager).build();
		let container = ContainerEnvironment::init().name("CONTAINER".to_string()).build();
		let arguments = to_string(vec!["hello", "world"]);
		let script = Script::init().command(command).arguments(arguments).build();
		// Docker runtime (default)
		assert_eq!(format!("{}", script), "echo hello world");
		assert_eq!(
		format!("{}", script.clone().with_virtual_environment(Some(virtual_environment.clone()))),
		@@ -403,6 +405,24 @@ fn test_script_get_arguments() {
		format!("{}", script.with_container(container).with_virtual_environment(Some(virtual_environment))),
		"docker run --rm CONTAINER conda run --name base --no-capture-output echo hello world"
		);
		// Docker runtime (default)
		let command = Command::init().name("echo".to_string()).build();
		let container = ContainerEnvironment::init()
		.name("CONTAINER".to_string())
		.runtime(ContainerRuntime::Apptainer)
		.build();
		let manager = VirtualEnvironmentManager::Conda;
		let virtual_environment = VirtualEnvironment::init().name("base".to_string()).manager(manager).build();
		let arguments = to_string(vec!["hello", "world"]);
		let script = Script::init().command(command).arguments(arguments).build();
		assert_eq!(
		format!("{}", script.clone().with_container(container.clone())),
		"apptainer exec CONTAINER echo hello world"
		);
		assert_eq!(
		format!("{}", script.with_container(container).with_virtual_environment(Some(virtual_environment))),
		"apptainer exec CONTAINER conda run --name base --no-capture-output echo hello world"
		);
		}

		#[test]

tests/fixtures/template_docker_pixi.json

0 → 100644

+17 −0

Original line number	Diff line number	Diff line
		{
		"command": "python",
		"container": {
		"name": "CONTAINER",
		"runtime": "docker"
		},
		"manager": "pixi",
		"environment": "ENVIRONMENT",
		"arguments": [
		"-m",
		"lib",
		"--method",
		"{{ METHOD }}",
		"--profile",
		"{{ PROFILE }}"
		]
		}
		No newline at end of file