feat: Implement container attribute for Commands; Pave way for non-conda... (83d5f0dd) · Commits · Research Enablement / Xylem

lcov.info

+514 −487

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -108,145 +108,145 @@ LH:0
		end_of_record
		TN:
		SF:/root/dev/command/pipe-cli/src/commands/run/mod.rs
		FN:16,run
		FN:17,run
		FNF:1
		FNDA:0,run
		DA:16,0
		DA:26,0
		DA:17,0
		DA:27,0
		DA:28,0
		DA:30,0
		DA:29,0
		DA:31,0
		DA:33,0
		DA:35,0
		DA:32,0
		DA:34,0
		DA:36,0
		DA:37,0
		DA:39,0
		DA:38,0
		DA:40,0
		DA:42,0
		DA:41,0
		DA:43,0
		DA:44,0
		DA:47,0
		DA:45,0
		DA:48,0
		DA:50,0
		DA:49,0
		DA:51,0
		DA:52,0
		DA:53,0
		DA:54,0
		DA:55,0
		DA:59,0
		DA:62,0
		DA:56,0
		DA:60,0
		DA:63,0
		DA:64,0
		DA:66,0
		DA:65,0
		DA:67,0
		DA:73,0
		DA:75,0
		DA:77,0
		DA:79,0
		DA:81,0
		DA:84,0
		DA:68,0
		DA:74,0
		DA:76,0
		DA:78,0
		DA:80,0
		DA:82,0
		DA:85,0
		DA:86,0
		DA:89,0
		DA:91,0
		DA:87,0
		DA:90,0
		DA:92,0
		DA:93,0
		DA:95,0
		DA:100,0
		DA:102,0
		DA:104,0
		DA:106,0
		DA:94,0
		DA:96,0
		DA:101,0
		DA:103,0
		DA:105,0
		DA:107,0
		DA:111,0
		DA:108,0
		DA:112,0
		DA:113,0
		DA:116,0
		DA:118,0
		DA:114,0
		DA:117,0
		DA:119,0
		DA:121,0
		DA:124,0
		DA:120,0
		DA:122,0
		DA:125,0
		DA:127,0
		DA:126,0
		DA:128,0
		DA:130,0
		DA:129,0
		DA:131,0
		DA:132,0
		DA:133,0
		DA:134,0
		DA:135,0
		DA:137,0
		DA:141,0
		DA:142,0
		DA:143,0
		DA:144,0
		DA:146,0
		DA:136,0
		DA:138,0
		DA:148,0
		DA:149,0
		DA:150,0
		DA:152,0
		DA:154,0
		DA:155,0
		DA:151,0
		DA:153,0
		DA:157,0
		DA:159,0
		DA:163,0
		DA:164,0
		DA:165,0
		DA:161,0
		DA:162,0
		DA:166,0
		DA:168,0
		DA:173,0
		DA:174,0
		DA:176,0
		DA:177,0
		DA:178,0
		DA:179,0
		DA:181,0
		DA:184,0
		DA:186,0
		DA:188,0
		DA:187,0
		DA:191,0
		DA:192,0
		DA:193,0
		DA:194,0
		DA:195,0
		DA:196,0
		DA:197,0
		DA:198,0
		DA:199,0
		DA:200,0
		DA:202,0
		DA:201,0
		DA:204,0
		DA:205,0
		DA:206,0
		DA:207,0
		DA:208,0
		DA:209,0
		DA:210,0
		DA:211,0
		DA:212,0
		DA:213,0
		DA:214,0
		DA:215,0
		DA:216,0
		DA:217,0
		DA:218,0
		DA:219,0
		DA:221,0
		DA:224,0
		DA:226,0
		DA:227,0
		DA:228,0
		DA:229,0
		DA:230,0
		DA:231,0
		DA:232,0
		DA:233,0
		DA:235,0
		DA:234,0
		DA:237,0
		DA:239,0
		DA:240,0
		DA:241,0
		DA:242,0
		DA:243,0
		DA:244,0
		DA:247,0
		DA:245,0
		DA:246,0
		DA:248,0
		DA:250,0
		DA:251,0
		DA:252,0
		DA:253,0
		DA:254,0
		DA:255,0
		DA:256,0
		DA:259,0
		DA:262,0
		DA:257,0
		DA:260,0
		DA:261,0
		DA:263,0
		DA:264,0
		DA:265,0
		DA:266,0
		DA:267,0
		DA:270,0
		DA:269,0
		DA:272,0
		DA:275,0
		DA:278,0
		DA:280,0
		DA:283,0
		DA:285,0
		LF:136
		LH:0
		end_of_record
		@@ -370,63 +370,64 @@ LH:0
		end_of_record
		TN:
		SF:/root/dev/command/pipe-lib/src/lib.rs
		FN:388,Command::test
		FN:411,Config::read
		FN:435,Config::read_json
		FN:456,Config::read_yaml
		FN:473,Config::set_environment_variables
		FN:487,<impl PartialEq for Details>::eq
		FN:494,EnvironmentValue::from_string
		FN:497,EnvironmentValue::from_value
		FN:505,EnvironmentValue::prepend_prefix
		FN:509,EnvironmentValue::trim_prefix
		FN:513,EnvironmentValue::get_from_config
		FN:520,EnvironmentValue::get_from_serde
		FN:534,EnvironmentValue::get_all
		FN:544,EnvironmentValue::print_all
		FN:549,EnvironmentValue::set_variable
		FN:559,EnvironmentValue::set_variables
		FN:566,Extension::from_string
		FN:575,Label::dry_run
		FN:579,Label::invalid
		FN:583,Label::fail
		FN:587,Label::found
		FN:591,Label::not_found
		FN:595,Label::output
		FN:599,Label::read
		FN:603,Label::rejected
		FN:607,Label::run
		FN:611,Label::using
		FN:617,ModuleUri<'_>::from
		FN:627,ModuleUri<'_>::hash
		FN:651,ModuleUri<'_>::get_whitelist
		FN:654,ModuleUri<'_>::is_allowed
		FN:657,ModuleUri<'_>::test
		FN:658,ModuleUri<'_>::test::check
		FN:675,ModuleUri<'_>::working_directory
		FN:687,SemanticVersion::from_string
		FN:710,Script::expand_arguments
		FN:745,Script::expand_arguments_from
		FN:780,Script::from_module
		FN:838,Script::from_path
		FN:861,Script::from_template
		FN:878,Script::get_command
		FN:884,Script::get_arguments
		FN:895,Script::maybe_create_conda_environment
		FN:928,Script::maybe_git_clone
		FN:935,Script::python_default
		FN:949,Script::run
		FN:1019,Script::with_current_dir
		FN:1057,Script::with_environment
		FN:1062,Script::with_envs
		FN:1071,StringTemplate::new
		FN:1080,StringTemplate::expand
		FN:1087,StringTemplate::get_variable
		FN:1117,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1152,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1162,add_dot_slash
		FN:1170,add_forward_slash
		FNF:56
		FN:427,Command::test
		FN:450,Config::read
		FN:474,Config::read_json
		FN:495,Config::read_yaml
		FN:512,Config::set_environment_variables
		FN:526,<impl PartialEq for Details>::eq
		FN:533,EnvironmentValue::from_string
		FN:536,EnvironmentValue::from_value
		FN:544,EnvironmentValue::prepend_prefix
		FN:548,EnvironmentValue::trim_prefix
		FN:552,EnvironmentValue::get_from_config
		FN:559,EnvironmentValue::get_from_serde
		FN:573,EnvironmentValue::get_all
		FN:583,EnvironmentValue::print_all
		FN:588,EnvironmentValue::set_variable
		FN:598,EnvironmentValue::set_variables
		FN:605,Extension::from_string
		FN:614,Label::dry_run
		FN:618,Label::invalid
		FN:622,Label::fail
		FN:626,Label::found
		FN:630,Label::not_found
		FN:634,Label::output
		FN:638,Label::read
		FN:642,Label::rejected
		FN:646,Label::run
		FN:650,Label::using
		FN:656,ModuleUri<'_>::from
		FN:666,ModuleUri<'_>::hash
		FN:690,ModuleUri<'_>::get_whitelist
		FN:693,ModuleUri<'_>::is_allowed
		FN:696,ModuleUri<'_>::test
		FN:697,ModuleUri<'_>::test::check
		FN:714,ModuleUri<'_>::working_directory
		FN:726,SemanticVersion::from_string
		FN:749,Script::expand_arguments
		FN:784,Script::expand_arguments_from
		FN:819,Script::from_module
		FN:877,Script::from_path
		FN:900,Script::from_template
		FN:925,Script::get_command
		FN:935,Script::get_arguments
		FN:966,Script::maybe_create_virtual_environment
		FN:1003,Script::maybe_git_clone
		FN:1010,Script::python_default
		FN:1024,Script::run
		FN:1091,Script::with_container
		FN:1098,Script::with_current_dir
		FN:1103,Script::with_envs
		FN:1142,Script::with_virtual_environment
		FN:1151,StringTemplate::new
		FN:1160,StringTemplate::expand
		FN:1167,StringTemplate::get_variable
		FN:1197,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1232,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1242,add_dot_slash
		FN:1250,add_forward_slash
		FNF:57
		FNDA:1,Command::test
		FNDA:1,Config::read
		FNDA:1,Config::read_json
		@@ -469,13 +470,14 @@ FNDA:1,Script::from_path
		FNDA:1,Script::from_template
		FNDA:1,Script::get_command
		FNDA:1,Script::get_arguments
		FNDA:0,Script::maybe_create_conda_environment
		FNDA:0,Script::maybe_create_virtual_environment
		FNDA:1,Script::maybe_git_clone
		FNDA:0,Script::python_default
		FNDA:1,Script::run
		FNDA:1,Script::with_container
		FNDA:1,Script::with_current_dir
		FNDA:1,Script::with_environment
		FNDA:0,Script::with_envs
		FNDA:1,Script::with_virtual_environment
		FNDA:1,StringTemplate::new
		FNDA:1,StringTemplate::expand
		FNDA:1,StringTemplate::get_variable
		@@ -483,426 +485,451 @@ FNDA:1,StringTemplate::is_handlebars
		FNDA:1,StringTemplate::remove_spaces
		FNDA:1,add_dot_slash
		FNDA:1,add_forward_slash
		DA:388,1
		DA:389,2
		DA:390,1
		DA:391,3
		DA:392,2
		DA:394,3
		DA:395,1
		DA:398,0
		DA:399,0
		DA:404,3
		DA:405,1
		DA:411,1
		DA:412,2
		DA:413,2
		DA:414,1
		DA:415,0
		DA:417,2
		DA:418,1
		DA:419,0
		DA:423,2
		DA:424,1
		DA:426,0
		DA:427,0
		DA:435,1
		DA:436,2
		DA:437,2
		DA:439,0
		DA:440,0
		DA:443,2
		DA:444,2
		DA:445,4
		DA:446,0
		DA:448,6
		DA:449,2
		DA:456,1
		DA:457,2
		DA:458,1
		DA:460,0
		DA:461,0
		DA:464,2
		DA:465,1
		DA:466,2
		DA:467,0
		DA:469,3
		DA:470,1
		DA:473,0
		DA:474,0
		DA:475,0
		DA:476,0
		DA:477,0
		DA:427,1
		DA:428,2
		DA:429,1
		DA:430,4
		DA:431,4
		DA:433,6
		DA:434,2
		DA:437,0
		DA:438,0
		DA:443,3
		DA:444,1
		DA:450,1
		DA:451,2
		DA:452,2
		DA:453,1
		DA:454,0
		DA:456,2
		DA:457,1
		DA:458,0
		DA:462,2
		DA:463,1
		DA:465,0
		DA:466,0
		DA:474,1
		DA:475,2
		DA:476,2
		DA:478,0
		DA:483,0
		DA:487,1
		DA:488,1
		DA:494,0
		DA:495,0
		DA:497,0
		DA:498,0
		DA:479,0
		DA:482,3
		DA:483,2
		DA:484,4
		DA:485,0
		DA:487,6
		DA:488,2
		DA:495,1
		DA:496,2
		DA:497,1
		DA:499,0
		DA:500,0
		DA:501,0
		DA:502,0
		DA:505,0
		DA:503,2
		DA:504,1
		DA:505,2
		DA:506,0
		DA:508,3
		DA:509,1
		DA:510,1
		DA:511,2
		DA:512,0
		DA:513,0
		DA:514,0
		DA:515,0
		DA:516,0
		DA:517,0
		DA:518,0
		DA:520,0
		DA:521,0
		DA:522,0
		DA:523,0
		DA:524,0
		DA:525,0
		DA:526,0
		DA:527,0
		DA:528,0
		DA:530,0
		DA:532,0
		DA:534,1
		DA:535,1
		DA:536,2
		DA:537,2
		DA:538,2
		DA:539,2
		DA:540,1
		DA:526,1
		DA:527,1
		DA:533,0
		DA:534,0
		DA:536,0
		DA:537,0
		DA:538,0
		DA:539,0
		DA:540,0
		DA:541,0
		DA:544,0
		DA:545,0
		DA:546,0
		DA:549,0
		DA:550,0
		DA:551,0
		DA:548,1
		DA:549,1
		DA:550,2
		DA:552,0
		DA:553,0
		DA:554,0
		DA:555,0
		DA:556,0
		DA:557,0
		DA:559,0
		DA:560,0
		DA:561,0
		DA:562,0
		DA:566,1
		DA:567,2
		DA:568,2
		DA:569,3
		DA:570,0
		DA:575,0
		DA:576,0
		DA:577,0
		DA:579,0
		DA:580,0
		DA:581,0
		DA:563,0
		DA:564,0
		DA:565,0
		DA:566,0
		DA:567,0
		DA:569,0
		DA:571,0
		DA:573,1
		DA:574,1
		DA:575,2
		DA:576,2
		DA:577,2
		DA:578,2
		DA:579,1
		DA:583,0
		DA:584,0
		DA:585,0
		DA:587,0
		DA:588,0
		DA:589,0
		DA:590,0
		DA:591,0
		DA:592,0
		DA:593,0
		DA:595,1
		DA:596,3
		DA:597,3
		DA:594,0
		DA:598,0
		DA:599,0
		DA:600,0
		DA:601,0
		DA:603,0
		DA:604,0
		DA:605,0
		DA:607,0
		DA:608,0
		DA:605,1
		DA:606,2
		DA:607,2
		DA:608,3
		DA:609,0
		DA:611,0
		DA:612,0
		DA:613,0
		DA:617,2
		DA:618,2
		DA:619,5
		DA:620,2
		DA:621,2
		DA:614,0
		DA:615,0
		DA:616,0
		DA:618,0
		DA:619,0
		DA:620,0
		DA:622,0
		DA:624,1
		DA:627,1
		DA:628,1
		DA:629,1
		DA:630,1
		DA:631,2
		DA:623,0
		DA:624,0
		DA:626,0
		DA:627,0
		DA:628,0
		DA:630,0
		DA:631,0
		DA:632,0
		DA:634,4
		DA:638,4
		DA:639,4
		DA:641,4
		DA:642,2
		DA:644,2
		DA:634,1
		DA:635,3
		DA:636,3
		DA:638,0
		DA:639,0
		DA:640,0
		DA:642,0
		DA:643,0
		DA:644,0
		DA:646,0
		DA:647,0
		DA:648,0
		DA:650,0
		DA:651,0
		DA:652,0
		DA:654,0
		DA:655,0
		DA:657,0
		DA:658,0
		DA:659,0
		DA:656,2
		DA:657,2
		DA:658,5
		DA:659,2
		DA:660,2
		DA:661,0
		DA:662,0
		DA:663,0
		DA:664,0
		DA:665,0
		DA:666,0
		DA:667,0
		DA:669,0
		DA:663,1
		DA:666,1
		DA:667,1
		DA:668,1
		DA:669,1
		DA:670,2
		DA:671,0
		DA:675,0
		DA:676,0
		DA:677,0
		DA:678,0
		DA:679,0
		DA:681,0
		DA:682,0
		DA:687,1
		DA:688,1
		DA:689,3
		DA:690,3
		DA:691,3
		DA:710,1
		DA:711,2
		DA:714,2
		DA:715,1
		DA:716,2
		DA:717,1
		DA:718,1
		DA:720,2
		DA:724,1
		DA:725,1
		DA:745,1
		DA:746,2
		DA:749,2
		DA:750,1
		DA:751,2
		DA:752,2
		DA:673,4
		DA:677,4
		DA:678,4
		DA:680,4
		DA:681,2
		DA:683,2
		DA:686,0
		DA:690,0
		DA:691,0
		DA:693,0
		DA:694,0
		DA:696,0
		DA:697,0
		DA:698,0
		DA:700,0
		DA:701,0
		DA:702,0
		DA:703,0
		DA:704,0
		DA:705,0
		DA:706,0
		DA:708,0
		DA:710,0
		DA:714,0
		DA:715,0
		DA:716,0
		DA:717,0
		DA:718,0
		DA:720,0
		DA:721,0
		DA:726,1
		DA:727,1
		DA:728,3
		DA:729,3
		DA:730,3
		DA:749,1
		DA:750,2
		DA:753,2
		DA:754,1
		DA:755,2
		DA:756,1
		DA:757,1
		DA:759,2
		DA:763,1
		DA:764,1
		DA:780,0
		DA:782,0
		DA:783,0
		DA:784,0
		DA:787,0
		DA:788,0
		DA:789,0
		DA:790,0
		DA:791,0
		DA:793,0
		DA:794,0
		DA:795,0
		DA:798,0
		DA:799,0
		DA:800,0
		DA:801,0
		DA:804,0
		DA:805,0
		DA:806,0
		DA:809,0
		DA:811,0
		DA:812,0
		DA:815,0
		DA:784,1
		DA:785,2
		DA:788,2
		DA:789,1
		DA:790,2
		DA:791,2
		DA:794,2
		DA:796,1
		DA:798,2
		DA:802,1
		DA:803,1
		DA:819,0
		DA:821,0
		DA:822,0
		DA:838,1
		DA:839,2
		DA:840,1
		DA:842,0
		DA:823,0
		DA:826,0
		DA:827,0
		DA:828,0
		DA:829,0
		DA:830,0
		DA:832,0
		DA:833,0
		DA:834,0
		DA:837,0
		DA:838,0
		DA:839,0
		DA:840,0
		DA:843,0
		DA:846,2
		DA:847,1
		DA:848,1
		DA:861,1
		DA:862,1
		DA:863,3
		DA:867,2
		DA:869,2
		DA:871,2
		DA:874,1
		DA:875,2
		DA:876,3
		DA:878,1
		DA:844,0
		DA:845,0
		DA:848,0
		DA:850,0
		DA:851,0
		DA:854,0
		DA:860,0
		DA:861,0
		DA:877,1
		DA:878,2
		DA:879,1
		DA:880,1
		DA:881,1
		DA:884,1
		DA:885,1
		DA:881,0
		DA:882,0
		DA:885,2
		DA:886,1
		DA:887,1
		DA:888,2
		DA:889,1
		DA:891,1
		DA:895,0
		DA:896,0
		DA:897,0
		DA:898,0
		DA:900,0
		DA:901,0
		DA:902,0
		DA:903,0
		DA:904,0
		DA:905,0
		DA:907,0
		DA:908,0
		DA:909,0
		DA:910,0
		DA:911,0
		DA:912,0
		DA:913,0
		DA:915,0
		DA:916,0
		DA:919,0
		DA:923,0
		DA:924,0
		DA:900,1
		DA:901,1
		DA:902,3
		DA:906,2
		DA:908,2
		DA:910,2
		DA:913,1
		DA:914,1
		DA:915,2
		DA:916,1
		DA:918,2
		DA:919,1
		DA:920,1
		DA:921,1
		DA:923,1
		DA:925,1
		DA:926,1
		DA:927,1
		DA:928,1
		DA:929,2
		DA:930,2
		DA:930,1
		DA:931,2
		DA:932,3
		DA:933,1
		DA:935,0
		DA:936,0
		DA:937,0
		DA:945,0
		DA:932,1
		DA:935,1
		DA:936,1
		DA:937,1
		DA:938,1
		DA:939,1
		DA:940,1
		DA:942,0
		DA:943,0
		DA:946,2
		DA:947,1
		DA:949,1
		DA:950,1
		DA:951,1
		DA:952,2
		DA:953,2
		DA:954,3
		DA:955,1
		DA:956,7
		DA:952,1
		DA:953,1
		DA:954,2
		DA:955,2
		DA:957,2
		DA:958,1
		DA:959,1
		DA:960,1
		DA:961,1
		DA:966,2
		DA:967,1
		DA:969,0
		DA:970,0
		DA:973,1
		DA:974,1
		DA:975,2
		DA:976,2
		DA:979,2
		DA:980,1
		DA:966,0
		DA:971,0
		DA:972,0
		DA:973,0
		DA:975,0
		DA:976,0
		DA:977,0
		DA:978,0
		DA:979,0
		DA:980,0
		DA:982,0
		DA:983,0
		DA:986,1
		DA:987,1
		DA:988,2
		DA:989,0
		DA:984,0
		DA:985,0
		DA:986,0
		DA:987,0
		DA:988,0
		DA:990,0
		DA:993,2
		DA:994,1
		DA:995,3
		DA:996,1
		DA:997,3
		DA:998,3
		DA:999,1
		DA:1001,0
		DA:1002,0
		DA:1003,0
		DA:1006,0
		DA:1007,0
		DA:1008,0
		DA:991,0
		DA:994,0
		DA:998,0
		DA:999,0
		DA:1003,1
		DA:1004,2
		DA:1005,2
		DA:1006,2
		DA:1007,3
		DA:1008,1
		DA:1010,0
		DA:1011,0
		DA:1012,0
		DA:1013,0
		DA:1019,1
		DA:1020,2
		DA:1021,1
		DA:1057,1
		DA:1058,1
		DA:1059,1
		DA:1062,0
		DA:1063,0
		DA:1020,0
		DA:1024,1
		DA:1025,1
		DA:1026,1
		DA:1027,2
		DA:1028,2
		DA:1029,3
		DA:1030,1
		DA:1031,7
		DA:1032,2
		DA:1033,1
		DA:1034,1
		DA:1035,1
		DA:1036,1
		DA:1041,2
		DA:1042,1
		DA:1044,0
		DA:1045,0
		DA:1048,1
		DA:1049,1
		DA:1050,2
		DA:1051,2
		DA:1054,2
		DA:1055,1
		DA:1057,0
		DA:1058,0
		DA:1061,1
		DA:1062,1
		DA:1063,2
		DA:1064,0
		DA:1065,0
		DA:1068,2
		DA:1069,1
		DA:1070,3
		DA:1071,1
		DA:1073,1
		DA:1080,1
		DA:1081,4
		DA:1082,3
		DA:1087,1
		DA:1088,2
		DA:1089,2
		DA:1090,1
		DA:1091,2
		DA:1093,0
		DA:1117,1
		DA:1118,2
		DA:1119,2
		DA:1120,1
		DA:1121,0
		DA:1123,0
		DA:1152,1
		DA:1153,2
		DA:1154,1
		DA:1155,0
		DA:1157,3
		DA:1158,1
		DA:1162,1
		DA:1163,2
		DA:1164,2
		DA:1166,3
		DA:1072,3
		DA:1073,3
		DA:1074,1
		DA:1076,0
		DA:1077,0
		DA:1078,0
		DA:1081,0
		DA:1082,0
		DA:1083,0
		DA:1087,0
		DA:1088,0
		DA:1091,1
		DA:1092,1
		DA:1093,1
		DA:1098,1
		DA:1099,2
		DA:1100,1
		DA:1103,0
		DA:1104,0
		DA:1105,0
		DA:1142,1
		DA:1143,1
		DA:1144,1
		DA:1151,1
		DA:1153,1
		DA:1160,1
		DA:1161,4
		DA:1162,3
		DA:1167,1
		DA:1168,2
		DA:1169,2
		DA:1170,1
		DA:1171,2
		DA:1172,0
		DA:1174,2
		DA:1187,1
		DA:1188,2
		DA:1189,2
		DA:1190,2
		DA:1191,2
		DA:1192,5
		DA:1195,1
		DA:1197,2
		DA:1199,4
		DA:1202,0
		DA:1229,1
		DA:1230,1
		DA:1231,1
		DA:1232,6
		DA:1244,1
		DA:1246,0
		DA:1261,1
		DA:1262,1
		DA:1265,1
		DA:1266,3
		DA:1278,1
		DA:1279,1
		DA:1173,0
		DA:1197,1
		DA:1198,2
		DA:1199,2
		DA:1200,1
		DA:1201,0
		DA:1203,0
		DA:1232,1
		DA:1233,2
		DA:1234,1
		DA:1235,0
		DA:1237,3
		DA:1238,1
		DA:1242,1
		DA:1243,2
		DA:1244,2
		DA:1246,3
		DA:1250,1
		DA:1251,2
		DA:1252,0
		DA:1254,2
		DA:1267,1
		DA:1268,2
		DA:1269,2
		DA:1270,2
		DA:1271,2
		DA:1272,5
		DA:1275,1
		DA:1277,2
		DA:1279,4
		DA:1282,0
		DA:1283,0
		DA:1284,0
		DA:1286,0
		DA:1290,0
		DA:1291,0
		DA:1292,0
		DA:1294,0
		DA:1308,2
		DA:1309,2
		DA:1310,6
		DA:1311,4
		DA:1312,12
		DA:1313,8
		DA:1315,1
		DA:1316,3
		DA:1317,1
		DA:1320,1
		DA:1322,1
		DA:1323,4
		LF:420
		LH:222
		DA:1309,1
		DA:1310,1
		DA:1311,1
		DA:1312,6
		DA:1324,1
		DA:1326,0
		DA:1341,1
		DA:1342,1
		DA:1345,1
		DA:1346,3
		DA:1358,1
		DA:1359,1
		DA:1362,0
		DA:1363,0
		DA:1364,0
		DA:1366,0
		DA:1370,0
		DA:1371,0
		DA:1372,0
		DA:1374,0
		DA:1388,2
		DA:1389,2
		DA:1390,6
		DA:1391,4
		DA:1392,12
		DA:1393,8
		DA:1395,1
		DA:1396,3
		DA:1397,1
		DA:1400,1
		DA:1402,1
		DA:1403,4
		LF:445
		LH:245
		end_of_record

pipe-cli/src/commands/run/mod.rs

+17 −4

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -2,6 +2,7 @@ use clap_verbosity_flag::Verbosity;
		use color_eyre::eyre::Report;
		use exitcode;
		use nanoid::nanoid;
		use pipe_lib::VirtualEnvironment;
		use pipe_lib::{get_conda_environment_name, get_parent, Command, Config, EnvironmentValue, Label, ModuleLanguage, ModuleType, ModuleUri, Script};
		use rayon::prelude::*;
		use std::convert::TryFrom;
		@@ -138,7 +139,13 @@ pub fn run(
		}
		}
		// TODO: Check script repository with is_valid_pipe_module_python
		if let Some(script) = Script::maybe_create_conda_environment(module_root, verbose.log_level()) {
		// TODO: Add support for designating virtual environment manager
		// let manager = match &module.template {
		// \| Some(TemplateAttribute::Template(ScriptTemplate { manager, .. })) => manager,
		// \| Some(TemplateAttribute::Path(_)) => &None,
		// \| _ => &None,
		// };
		if let Some(script) = Script::maybe_create_virtual_environment(module_root, None, verbose.log_level()) {
		if dry_run {
		let cwd = script.clone().current_dir;
		info!(module = module.name, script = script.to_string(), cwd, "=> {}", Label::dry_run());
		@@ -160,7 +167,13 @@ pub fn run(
		programming_language
		);
		// TODO: Check script repository with is_valid_pipe_module_python
		if let Some(script) = Script::maybe_create_conda_environment(uri.to_string(), verbose.log_level()) {
		// TODO: Add support for designating virtual environment manager
		// let manager = match &module.template {
		// \| Some(TemplateAttribute::Template(ScriptTemplate { manager, .. })) => manager,
		// \| Some(TemplateAttribute::Path(_)) => &None,
		// \| _ => &None,
		// };
		if let Some(script) = Script::maybe_create_virtual_environment(uri.to_string(), None, verbose.log_level()) {
		if dry_run {
		let cwd = script.clone().current_dir;
		info!(module = module.name, script = script.to_string(), cwd, "=> {}", Label::dry_run());
		@@ -238,7 +251,7 @@ pub fn run(
		);
		let loaded = Script::from_module(module.clone(), Some(root.clone()));
		let environment = match get_conda_environment_name(manifest_path) {
		\| Some(value) => Some(value),
		\| Some(value) => Some(VirtualEnvironment::init().name(value).build()),
		\| None => match &module.template {
		\| Some(_) => loaded.clone().command.virtual_environment,
		\| None => None,
		@@ -248,7 +261,7 @@ pub fn run(
		let script = loaded
		.expand_arguments_from(envs)
		.with_current_dir(working_dir)
		.with_environment(environment);
		.with_virtual_environment(environment);
		if dry_run {
		EnvironmentValue::print_all();
		info!(

pipe-lib/Cargo.toml

+1 −1

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -8,7 +8,7 @@ edition = "2021"
		[dependencies]
		bon = "2.0.1"
		clap = { version = "4.4.2" }
		derive_more = { version = "1.0.0", features = ["display"] }
		derive_more = { version = "1.0.0", features = ["display", "from_str"] }
		env_logger = "0.11.3"
		fancy-regex = "0.13.0"
		is-terminal = "0.4.9"

pipe-lib/src/lib.rs

+111 −31

File changed.

Preview size limit exceeded, changes collapsed.

pipe-lib/src/tests.rs

+57 −12

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -25,9 +25,10 @@ fn test_add_forward_slash() {
		fn test_command() {
		let nonexistent: Command = Command::init().name("does-not-exist".to_string()).build();
		assert!(!nonexistent.test());
		let python = Command::init().name("python".to_string()).virtual_environment("base".to_string()).build();
		assert_eq!(python.name, "python".to_string());
		assert_eq!(python.virtual_environment, Some("base".to_string()));
		let base = VirtualEnvironment::init().name("base".to_string()).build();
		let python = Command::init().name("python".to_string()).virtual_environment(base).build();
		assert_eq!(python.clone().name, "python".to_string());
		assert_eq!(python.clone().virtual_environment.unwrap().to_string(), "base".to_string());
		if cfg!(target_os = "windows") {
		let command = Command::init().name("cmd".to_string()).build();
		assert!(command.test());
		@@ -144,7 +145,9 @@ fn test_get_conda_environment_list() {
		fn test_get_conda_environment_name() {
		let path = format!("{}/environment.yml", FIXTURES);
		let manifest_path = PathBuf::from(path);
		assert!(get_conda_environment_name(manifest_path).unwrap().starts_with("some-really-interesting-name"));
		assert!(get_conda_environment_name(manifest_path)
		.unwrap()
		.starts_with("some-really-interesting-name"));
		let manifest_path = PathBuf::from("/non/existing/manifest.yml");
		assert_eq!(get_conda_environment_name(manifest_path), None);
		}
		@@ -261,16 +264,20 @@ fn test_script_expand_arguments() {
		script.clone().expand_arguments().arguments,
		vec!["-m", "lib", "--input", "/path/to/input", "--output", "/path/to/output"]
		);
		let environment = "foo".to_string();
		let environment = VirtualEnvironment::init().name("foo".to_string()).build();
		assert_eq!(
		script.clone().expand_arguments().with_environment(Some(environment.clone())).to_string(),
		script
		.clone()
		.expand_arguments()
		.with_virtual_environment(Some(environment.clone()))
		.to_string(),
		format!(
		"conda run --name {} --no-capture-output python -m lib --input /path/to/input --output /path/to/output",
		environment
		)
		);
		assert_eq!(
		script.clone().expand_arguments().with_environment(None).to_string(),
		script.clone().expand_arguments().with_virtual_environment(None).to_string(),
		"python -m lib --input /path/to/input --output /path/to/output"
		);
		let command = Command::init().name("echo".to_string()).build();
		@@ -283,7 +290,7 @@ fn test_script_expand_arguments() {
		]);
		let script = Script::init().command(command).arguments(arguments).build();
		assert_eq!(
		script.clone().expand_arguments().with_environment(None).to_string(),
		script.clone().expand_arguments().with_virtual_environment(None).to_string(),
		"echo one! two! and three! one! two! three! one!/three!"
		);
		}
		@@ -305,12 +312,12 @@ fn test_script_expand_arguments_from() {
		("INPUT_DIRECTORY".to_string(), "FOO".to_string()),
		("OUTPUT_DIRECTORY".to_string(), "BAR".to_string()),
		]);
		let environment = "foo".to_string();
		let environment = VirtualEnvironment::init().name("foo".to_string()).build();
		assert_eq!(
		script
		.clone()
		.expand_arguments_from(envs.clone())
		.with_environment(Some(environment.clone()))
		.with_virtual_environment(Some(environment.clone()))
		.to_string(),
		format!(
		"conda run --name {} --no-capture-output python -m lib --input FOO --output BAR",
		@@ -318,7 +325,11 @@ fn test_script_expand_arguments_from() {
		)
		);
		assert_eq!(
		script.clone().expand_arguments_from(envs.clone()).with_environment(None).to_string(),
		script
		.clone()
		.expand_arguments_from(envs.clone())
		.with_virtual_environment(None)
		.to_string(),
		"python -m lib --input FOO --output BAR"
		);
		let command = Command::init().name("echo".to_string()).build();
		@@ -336,7 +347,11 @@ fn test_script_expand_arguments_from() {
		]);
		let script = Script::init().command(command).arguments(arguments).build();
		assert_eq!(
		script.clone().expand_arguments_from(envs.clone()).with_environment(None).to_string(),
		script
		.clone()
		.expand_arguments_from(envs.clone())
		.with_virtual_environment(None)
		.to_string(),
		"echo one two and three one two three one/three"
		);
		}
		@@ -358,6 +373,36 @@ fn test_script_from_template() {
		);
		assert_eq!(script.command.name, "python");
		assert_eq!(script.arguments, expected_value);
		// Pixi virtual environment manager
		let path = PathBuf::from(format!("{}/template_pixi.json", FIXTURES));
		let script = Script::from_path(path);
		assert_eq!(
		format!("{}", script),
		"pixi run --environment cuda python -m lib --input {{INPUT_DIRECTORY}} --output {{OUTPUT_DIRECTORY}}"
		);
		}

		#[test]
		fn test_script_get_arguments() {
		let command = Command::init().name("echo".to_string()).build();
		let manager = VirtualEnvironmentManager::Conda;
		let virtual_environment = VirtualEnvironment::init().name("base".to_string()).manager(manager).build();
		let container = ContainerEnvironment::init().name("CONTAINER".to_string()).build();
		let arguments = to_string(vec!["hello", "world"]);
		let script = Script::init().command(command).arguments(arguments).build();
		assert_eq!(format!("{}", script), "echo hello world");
		assert_eq!(
		format!("{}", script.clone().with_virtual_environment(Some(virtual_environment.clone()))),
		"conda run --name base --no-capture-output echo hello world"
		);
		assert_eq!(
		format!("{}", script.clone().with_container(container.clone())),
		"docker run --rm CONTAINER echo hello world"
		);
		assert_eq!(
		format!("{}", script.with_container(container).with_virtual_environment(Some(virtual_environment))),
		"docker run --rm CONTAINER conda run --name base --no-capture-output echo hello world"
		);
		}

		#[test]