fix: Use exec instead of run for docker containers (a8b5e4c8) · Commits · Research Enablement / Xylem

lcov.info

+132 −132

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -412,21 +412,21 @@ FN:895,Script::from_path
		FN:918,Script::from_template
		FN:947,Script::get_command
		FN:957,Script::get_arguments
		FN:996,Script::maybe_create_virtual_environment
		FN:1033,Script::maybe_git_clone
		FN:1040,Script::python_default
		FN:1054,Script::run
		FN:1121,Script::with_container
		FN:1128,Script::with_current_dir
		FN:1133,Script::with_envs
		FN:1172,Script::with_virtual_environment
		FN:1181,StringTemplate::new
		FN:1190,StringTemplate::expand
		FN:1197,StringTemplate::get_variable
		FN:1227,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1262,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1272,add_dot_slash
		FN:1280,add_forward_slash
		FN:997,Script::maybe_create_virtual_environment
		FN:1034,Script::maybe_git_clone
		FN:1041,Script::python_default
		FN:1055,Script::run
		FN:1122,Script::with_container
		FN:1129,Script::with_current_dir
		FN:1134,Script::with_envs
		FN:1173,Script::with_virtual_environment
		FN:1182,StringTemplate::new
		FN:1191,StringTemplate::expand
		FN:1198,StringTemplate::get_variable
		FN:1228,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1263,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1273,add_dot_slash
		FN:1281,add_forward_slash
		FNF:57
		FNDA:1,Command::test
		FNDA:1,Config::read
		@@ -487,9 +487,9 @@ FNDA:1,add_dot_slash
		FNDA:1,add_forward_slash
		DA:445,1
		DA:446,2
		DA:447,2
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		DA:447,1
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		DA:455,0
		@@ -514,11 +514,11 @@ DA:494,2
		DA:496,0
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		@@ -610,8 +610,8 @@ DA:648,0
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		@@ -768,175 +768,175 @@ DA:976,1
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		DA:1427,1
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		DA:1421,6
		DA:1422,3
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		DA:1426,1
		DA:1427,3
		DA:1428,1
		DA:1431,1
		DA:1433,1
		DA:1434,4
		LF:452
		LH:249
		end_of_record

pipe-lib/src/lib.rs

+3 −2

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -978,7 +978,8 @@ impl Script {
		\| _ => self.command.name.clone(),
		};
		let mut arguments = match runtime {
		\| ContainerRuntime::Docker \| ContainerRuntime::Podman => to_string(vec!["run", "--rm", name, &wrapped_command]),
		//TODO: Add support for using "docker run" when container does not exist and image is known
		\| ContainerRuntime::Docker \| ContainerRuntime::Podman => to_string(vec!["exec", name, &wrapped_command]),
		\| ContainerRuntime::Apptainer => to_string(vec!["exec", name, &wrapped_command]),
		\| ContainerRuntime::Unknown => {
		error!(name = runtime.to_string(), "=> {} Container runtime", Label::not_found());
		@@ -992,7 +993,7 @@ impl Script {
		}
		}
		/// Create virtual environment from associated manifest file (ex. environment.yml or pyproject.toml)
		/// TODO: Add support for Pixi and other virtual environment managers
		// TODO: Add support for Pixi and other virtual environment managers
		pub fn maybe_create_virtual_environment(
		parent: String,
		_manager: Option<VirtualEnvironmentManager>,

pipe-lib/src/tests.rs

+3 −3

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -379,7 +379,7 @@ fn test_script_from_template() {
		// Docker + Pixi
		let path = PathBuf::from(format!("{}/template_docker_pixi.json", FIXTURES));
		let script = Script::from_path(path);
		let expected = "docker run --rm CONTAINER pixi run --environment ENVIRONMENT python -m lib --method {{METHOD}} --profile {{PROFILE}}";
		let expected = "docker exec CONTAINER pixi run --environment ENVIRONMENT python -m lib --method {{METHOD}} --profile {{PROFILE}}";
		assert_eq!(format!("{}", script), expected);
		}

		@@ -399,11 +399,11 @@ fn test_script_get_arguments() {
		);
		assert_eq!(
		format!("{}", script.clone().with_container(container.clone())),
		"docker run --rm CONTAINER echo hello world"
		"docker exec CONTAINER echo hello world"
		);
		assert_eq!(
		format!("{}", script.with_container(container).with_virtual_environment(Some(virtual_environment))),
		"docker run --rm CONTAINER conda run --name base --no-capture-output echo hello world"
		"docker exec CONTAINER conda run --name base --no-capture-output echo hello world"
		);
		// Docker runtime (default)
		let command = Command::init().name("echo".to_string()).build();