Loading Cargo.lock +12 −0 Original line number Diff line number Diff line Loading @@ -1899,6 +1899,7 @@ dependencies = [ "serde", "serde_json", "serde_yml", "sha2", "tokio", "tracing", "tracing-log", Loading Loading @@ -2244,6 +2245,17 @@ dependencies = [ "digest", ] [[package]] name = "sha2" version = "0.10.8" source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index" checksum = "793db75ad2bcafc3ffa7c68b215fee268f537982cd901d132f89c6343f3a3dc8" dependencies = [ "cfg-if 1.0.0", "cpufeatures", "digest", ] [[package]] name = "sharded-slab" version = "0.1.7" Loading lcov.info +321 −339 Original line number Diff line number Diff line Loading @@ -362,70 +362,61 @@ LH:0 end_of_record TN: SF:/root/dev/command/pipe-lib/src/lib.rs FN:386,Command::test FN:413,Config::read FN:437,Config::read_json FN:458,Config::read_yaml FN:475,Config::set_environment_variables FN:489,<impl PartialEq for Details>::eq FN:496,EnvironmentValue::from_string FN:499,EnvironmentValue::from_value FN:507,EnvironmentValue::prepend_prefix FN:511,EnvironmentValue::trim_prefix FN:515,EnvironmentValue::get_from_config FN:522,EnvironmentValue::get_from_serde FN:536,EnvironmentValue::get_all FN:546,EnvironmentValue::print_all FN:551,EnvironmentValue::set_variable FN:561,EnvironmentValue::set_variables FN:568,Extension::from_string FN:577,Label::dry_run FN:581,Label::fail FN:585,Label::found FN:589,Label::not_found FN:593,Label::output FN:597,Label::read FN:601,Label::rejected FN:605,Label::run FN:609,Label::using FN:615,ModuleUri<'_>::from FN:625,ModuleUri<'_>::hash FN:649,ModuleUri<'_>::get_whitelist FN:652,ModuleUri<'_>::is_allowed FN:655,ModuleUri<'_>::test FN:656,ModuleUri<'_>::test::check FN:673,ModuleUri<'_>::working_directory FN:685,SemanticVersion::from_string FN:708,Script::expand_arguments FN:743,Script::expand_arguments_from FN:778,Script::from_module FN:836,Script::from_path FN:859,Script::from_template FN:876,Script::get_command FN:882,Script::get_arguments FN:893,Script::maybe_create_conda_environment FN:926,Script::maybe_git_clone FN:933,Script::python_default FN:947,Script::run FN:1018,Script::with_current_dir FN:1056,Script::with_environment FN:1061,Script::with_envs FN:1070,StringTemplate::new FN:1079,StringTemplate::expand FN:1086,StringTemplate::get_variable FN:1116,StringTemplate::is_handlebars FN:1151,StringTemplate::remove_spaces FN:1161,add_forward_slash FN:1169,get_conda_environment_list FN:1211,get_conda_environment_name FN:1243,get_extension FN:1247,get_parent FN:1260,has_extension FN:1264,is_stdin_piped FN:1272,is_stdout_piped FN:1290,read_file FN:1304,to_string FNF:63 FN:387,Command::test FN:414,Config::read FN:438,Config::read_json FN:459,Config::read_yaml FN:476,Config::set_environment_variables FN:490,<impl PartialEq for Details>::eq FN:497,EnvironmentValue::from_string FN:500,EnvironmentValue::from_value FN:508,EnvironmentValue::prepend_prefix FN:512,EnvironmentValue::trim_prefix FN:516,EnvironmentValue::get_from_config FN:523,EnvironmentValue::get_from_serde FN:537,EnvironmentValue::get_all FN:547,EnvironmentValue::print_all FN:552,EnvironmentValue::set_variable FN:562,EnvironmentValue::set_variables FN:569,Extension::from_string FN:578,Label::dry_run FN:582,Label::fail FN:586,Label::found FN:590,Label::not_found FN:594,Label::output FN:598,Label::read FN:602,Label::rejected FN:606,Label::run FN:610,Label::using FN:616,ModuleUri<'_>::from FN:626,ModuleUri<'_>::hash FN:650,ModuleUri<'_>::get_whitelist FN:653,ModuleUri<'_>::is_allowed FN:656,ModuleUri<'_>::test FN:657,ModuleUri<'_>::test::check FN:674,ModuleUri<'_>::working_directory FN:686,SemanticVersion::from_string FN:709,Script::expand_arguments FN:744,Script::expand_arguments_from FN:779,Script::from_module FN:837,Script::from_path FN:860,Script::from_template FN:877,Script::get_command FN:883,Script::get_arguments FN:894,Script::maybe_create_conda_environment FN:927,Script::maybe_git_clone FN:934,Script::python_default FN:948,Script::run FN:1019,Script::with_current_dir FN:1057,Script::with_environment FN:1062,Script::with_envs FN:1071,StringTemplate::new FN:1080,StringTemplate::expand FN:1087,StringTemplate::get_variable FN:1117,StringTemplate::is_handlebars FN:1152,StringTemplate::remove_spaces FN:1162,add_forward_slash FNF:54 FNDA:1,Command::test FNDA:1,Config::read FNDA:1,Config::read_json Loading @@ -452,7 +443,7 @@ FNDA:0,Label::read FNDA:0,Label::rejected FNDA:0,Label::run FNDA:0,Label::using FNDA:1,ModuleUri<'_>::from FNDA:2,ModuleUri<'_>::from FNDA:1,ModuleUri<'_>::hash FNDA:0,ModuleUri<'_>::get_whitelist FNDA:0,ModuleUri<'_>::is_allowed Loading @@ -466,103 +457,93 @@ FNDA:0,Script::from_module FNDA:1,Script::from_path FNDA:1,Script::from_template FNDA:1,Script::get_command FNDA:2,Script::get_arguments FNDA:1,Script::get_arguments FNDA:0,Script::maybe_create_conda_environment FNDA:1,Script::maybe_git_clone FNDA:0,Script::python_default FNDA:1,Script::run FNDA:1,Script::with_current_dir FNDA:2,Script::with_environment FNDA:1,Script::with_environment FNDA:0,Script::with_envs FNDA:2,StringTemplate::new FNDA:1,StringTemplate::new FNDA:1,StringTemplate::expand FNDA:1,StringTemplate::get_variable FNDA:1,StringTemplate::is_handlebars FNDA:1,StringTemplate::remove_spaces FNDA:1,add_forward_slash FNDA:1,get_conda_environment_list FNDA:1,get_conda_environment_name FNDA:1,get_extension FNDA:1,get_parent FNDA:1,has_extension FNDA:0,is_stdin_piped FNDA:0,is_stdout_piped FNDA:1,read_file FNDA:1,to_string DA:386,1 DA:387,1 DA:391,2 DA:394,1 DA:388,1 DA:392,2 DA:395,1 DA:397,2 DA:398,1 DA:399,2 DA:400,4 DA:402,6 DA:403,2 DA:406,3 DA:407,1 DA:413,1 DA:414,2 DA:396,1 DA:398,2 DA:399,1 DA:400,2 DA:401,4 DA:403,6 DA:404,2 DA:407,3 DA:408,1 DA:414,1 DA:415,2 DA:416,1 DA:418,0 DA:416,2 DA:417,1 DA:419,0 DA:422,2 DA:423,1 DA:425,0 DA:420,0 DA:423,2 DA:424,1 DA:426,0 DA:437,1 DA:438,2 DA:439,4 DA:441,0 DA:427,0 DA:438,1 DA:439,2 DA:440,2 DA:442,0 DA:445,4 DA:443,0 DA:446,2 DA:447,4 DA:448,0 DA:450,6 DA:451,2 DA:458,1 DA:459,2 DA:460,1 DA:462,0 DA:447,2 DA:448,4 DA:449,0 DA:451,6 DA:452,2 DA:459,1 DA:460,2 DA:461,1 DA:463,0 DA:466,2 DA:467,1 DA:468,2 DA:469,0 DA:471,3 DA:472,1 DA:475,0 DA:464,0 DA:467,2 DA:468,1 DA:469,2 DA:470,0 DA:472,3 DA:473,1 DA:476,0 DA:477,0 DA:478,0 DA:479,0 DA:480,0 DA:485,0 DA:489,1 DA:481,0 DA:486,0 DA:490,1 DA:496,0 DA:491,1 DA:497,0 DA:499,0 DA:498,0 DA:500,0 DA:501,0 DA:502,0 DA:503,0 DA:504,0 DA:507,0 DA:505,0 DA:508,0 DA:511,1 DA:509,0 DA:512,1 DA:513,2 DA:515,0 DA:513,1 DA:514,2 DA:516,0 DA:517,0 DA:518,0 DA:519,0 DA:520,0 DA:522,0 DA:521,0 DA:523,0 DA:524,0 DA:525,0 Loading @@ -571,338 +552,339 @@ DA:527,0 DA:528,0 DA:529,0 DA:530,0 DA:532,0 DA:534,0 DA:536,1 DA:531,0 DA:533,0 DA:535,0 DA:537,1 DA:538,2 DA:538,1 DA:539,2 DA:540,2 DA:541,2 DA:542,1 DA:546,0 DA:542,2 DA:543,1 DA:547,0 DA:548,0 DA:551,0 DA:549,0 DA:552,0 DA:553,0 DA:554,0 DA:555,0 DA:556,0 DA:557,0 DA:561,0 DA:558,0 DA:562,0 DA:564,0 DA:568,1 DA:569,2 DA:563,0 DA:565,0 DA:569,1 DA:570,2 DA:571,3 DA:572,0 DA:577,0 DA:571,2 DA:572,3 DA:573,0 DA:578,0 DA:579,0 DA:581,0 DA:580,0 DA:582,0 DA:583,0 DA:585,0 DA:584,0 DA:586,0 DA:587,0 DA:589,0 DA:588,0 DA:590,0 DA:591,0 DA:593,1 DA:594,3 DA:595,3 DA:597,0 DA:592,0 DA:594,1 DA:595,2 DA:596,1 DA:598,0 DA:599,0 DA:601,0 DA:600,0 DA:602,0 DA:603,0 DA:605,0 DA:604,0 DA:606,0 DA:607,0 DA:609,0 DA:608,0 DA:610,0 DA:611,0 DA:615,1 DA:616,1 DA:612,0 DA:616,2 DA:617,2 DA:618,1 DA:618,5 DA:619,2 DA:620,0 DA:622,1 DA:625,1 DA:620,2 DA:621,0 DA:623,1 DA:626,1 DA:627,1 DA:628,1 DA:629,1 DA:630,0 DA:632,3 DA:636,4 DA:630,2 DA:631,0 DA:633,4 DA:637,4 DA:639,4 DA:640,2 DA:642,2 DA:645,0 DA:649,0 DA:638,4 DA:640,4 DA:641,2 DA:643,2 DA:646,0 DA:650,0 DA:652,0 DA:651,0 DA:653,0 DA:655,0 DA:654,0 DA:656,0 DA:657,0 DA:659,0 DA:658,0 DA:660,0 DA:661,0 DA:662,0 DA:663,0 DA:664,0 DA:665,0 DA:667,0 DA:669,0 DA:673,0 DA:666,0 DA:668,0 DA:670,0 DA:674,0 DA:675,0 DA:676,0 DA:677,0 DA:679,0 DA:678,0 DA:680,0 DA:685,1 DA:681,0 DA:686,1 DA:687,3 DA:687,1 DA:688,3 DA:689,3 DA:708,1 DA:709,2 DA:712,2 DA:713,1 DA:714,2 DA:715,1 DA:690,3 DA:709,1 DA:710,2 DA:713,2 DA:714,1 DA:715,2 DA:716,1 DA:718,2 DA:722,1 DA:717,1 DA:719,2 DA:723,1 DA:743,1 DA:744,2 DA:747,2 DA:748,1 DA:749,2 DA:724,1 DA:744,1 DA:745,2 DA:748,2 DA:749,1 DA:750,2 DA:753,2 DA:755,1 DA:757,2 DA:761,1 DA:751,2 DA:754,2 DA:756,1 DA:758,2 DA:762,1 DA:778,0 DA:780,0 DA:763,1 DA:779,0 DA:781,0 DA:782,0 DA:785,0 DA:783,0 DA:786,0 DA:787,0 DA:788,0 DA:789,0 DA:791,0 DA:790,0 DA:792,0 DA:793,0 DA:796,0 DA:794,0 DA:797,0 DA:798,0 DA:799,0 DA:802,0 DA:800,0 DA:803,0 DA:804,0 DA:807,0 DA:809,0 DA:805,0 DA:808,0 DA:810,0 DA:813,0 DA:819,0 DA:811,0 DA:814,0 DA:820,0 DA:836,1 DA:837,2 DA:838,1 DA:840,0 DA:821,0 DA:837,1 DA:838,2 DA:839,1 DA:841,0 DA:844,2 DA:845,1 DA:842,0 DA:845,2 DA:846,1 DA:859,1 DA:847,1 DA:860,1 DA:861,3 DA:865,2 DA:867,2 DA:869,2 DA:872,1 DA:873,2 DA:874,3 DA:876,1 DA:877,2 DA:861,1 DA:862,3 DA:866,2 DA:868,2 DA:870,2 DA:873,1 DA:874,2 DA:875,3 DA:877,1 DA:878,1 DA:879,2 DA:882,2 DA:883,2 DA:879,1 DA:880,1 DA:883,1 DA:884,1 DA:885,1 DA:886,3 DA:887,2 DA:889,2 DA:893,0 DA:885,2 DA:886,2 DA:887,4 DA:888,2 DA:890,1 DA:894,0 DA:895,0 DA:896,0 DA:898,0 DA:897,0 DA:899,0 DA:900,0 DA:901,0 DA:902,0 DA:903,0 DA:905,0 DA:904,0 DA:906,0 DA:907,0 DA:908,0 DA:909,0 DA:910,0 DA:911,0 DA:913,0 DA:912,0 DA:914,0 DA:917,0 DA:921,0 DA:915,0 DA:918,0 DA:922,0 DA:926,1 DA:927,2 DA:923,0 DA:927,1 DA:928,2 DA:929,2 DA:930,3 DA:931,1 DA:933,0 DA:930,2 DA:931,3 DA:932,1 DA:934,0 DA:935,0 DA:943,0 DA:947,1 DA:936,0 DA:944,0 DA:948,1 DA:949,2 DA:950,4 DA:951,4 DA:952,6 DA:953,2 DA:954,12 DA:955,3 DA:956,2 DA:957,2 DA:958,2 DA:959,2 DA:964,4 DA:965,2 DA:967,0 DA:949,1 DA:950,1 DA:951,2 DA:952,2 DA:953,3 DA:954,1 DA:955,8 DA:956,3 DA:957,1 DA:958,1 DA:959,1 DA:960,1 DA:965,4 DA:966,2 DA:968,0 DA:971,2 DA:969,0 DA:972,2 DA:973,4 DA:974,6 DA:975,4 DA:978,4 DA:979,2 DA:981,0 DA:973,2 DA:974,4 DA:975,6 DA:976,4 DA:979,4 DA:980,2 DA:982,0 DA:985,2 DA:983,0 DA:986,2 DA:987,4 DA:988,0 DA:987,2 DA:988,4 DA:989,0 DA:992,4 DA:993,2 DA:994,6 DA:995,2 DA:996,6 DA:990,0 DA:993,4 DA:994,2 DA:995,6 DA:996,2 DA:997,6 DA:998,2 DA:1000,3 DA:998,6 DA:999,2 DA:1001,3 DA:1002,2 DA:1005,0 DA:1002,3 DA:1003,2 DA:1006,0 DA:1007,0 DA:1011,0 DA:1008,0 DA:1012,0 DA:1018,1 DA:1019,2 DA:1020,1 DA:1056,2 DA:1057,2 DA:1058,2 DA:1061,0 DA:1013,0 DA:1019,1 DA:1020,2 DA:1021,1 DA:1057,1 DA:1058,1 DA:1059,1 DA:1062,0 DA:1063,0 DA:1070,2 DA:1072,2 DA:1079,1 DA:1080,4 DA:1081,3 DA:1086,1 DA:1087,2 DA:1064,0 DA:1071,1 DA:1073,1 DA:1080,1 DA:1081,4 DA:1082,3 DA:1087,1 DA:1088,2 DA:1089,1 DA:1090,2 DA:1092,0 DA:1116,1 DA:1117,2 DA:1089,2 DA:1090,1 DA:1091,2 DA:1093,0 DA:1117,1 DA:1118,2 DA:1119,1 DA:1120,0 DA:1122,0 DA:1151,1 DA:1152,2 DA:1153,1 DA:1154,0 DA:1156,3 DA:1157,1 DA:1161,1 DA:1162,2 DA:1163,0 DA:1165,2 DA:1169,1 DA:1170,2 DA:1171,2 DA:1172,2 DA:1173,2 DA:1174,5 DA:1177,1 DA:1179,2 DA:1181,4 DA:1184,0 DA:1211,1 DA:1212,1 DA:1213,1 DA:1214,6 DA:1226,1 DA:1228,0 DA:1243,1 DA:1244,1 DA:1247,1 DA:1248,3 DA:1260,1 DA:1261,1 DA:1264,0 DA:1265,0 DA:1266,0 DA:1268,0 DA:1272,0 DA:1273,0 DA:1119,2 DA:1120,1 DA:1121,0 DA:1123,0 DA:1152,1 DA:1153,2 DA:1154,1 DA:1155,0 DA:1157,3 DA:1158,1 DA:1162,1 DA:1163,2 DA:1164,0 DA:1166,2 DA:1179,1 DA:1180,2 DA:1181,2 DA:1182,2 DA:1183,2 DA:1184,5 DA:1187,1 DA:1189,2 DA:1191,4 DA:1194,0 DA:1221,1 DA:1222,1 DA:1223,1 DA:1224,6 DA:1236,1 DA:1238,0 DA:1253,1 DA:1254,1 DA:1257,1 DA:1258,3 DA:1270,1 DA:1271,1 DA:1274,0 DA:1275,0 DA:1276,0 DA:1290,1 DA:1291,1 DA:1292,6 DA:1293,3 DA:1294,9 DA:1295,7 DA:1297,1 DA:1298,3 DA:1299,1 DA:1302,4 DA:1304,1 DA:1278,0 DA:1282,0 DA:1283,0 DA:1284,0 DA:1286,0 DA:1300,2 DA:1301,2 DA:1302,6 DA:1303,3 DA:1304,5 DA:1305,4 DA:1307,1 DA:1308,3 DA:1309,1 DA:1312,3 DA:1314,1 DA:1315,4 LF:414 LH:224 end_of_record notebooks/sandbox.ipynb +0 −16 Original line number Diff line number Diff line %% Cell type:code id: tags: ``` rust :dep pipe-lib = { path = "../pipe-lib" } ``` %% Cell type:code id: tags: ``` rust :dep uriparse use uriparse::URI; let uri = URI::try_from("file:///path/to/file").unwrap(); let path = uri.path().clone(); println!("URI: {}", path); ``` %% Output URI: /path/to/file %% Cell type:code id: tags: ``` rust ``` pipe-cli/src/commands/run/mod.rs +2 −2 Original line number Diff line number Diff line Loading @@ -60,7 +60,7 @@ pub fn run( } // Prepare modules cfg.modules.par_iter().for_each(|module| match &module.module_type { | ModuleType::Binary { uri } => match ModuleUri::from(uri) { | ModuleType::Binary { uri, .. } => match ModuleUri::from(uri) { | ModuleUri::Url(value) if !offline => match value.scheme() { | Scheme::HTTP | Scheme::HTTPS | Scheme::SSH => { let url = value.to_string(); Loading Loading @@ -187,7 +187,7 @@ pub fn run( }); // Run workflow cfg.modules.iter().for_each(|module| match &module.module_type { | ModuleType::Binary { ref uri } => { | ModuleType::Binary { ref uri, .. } => { let envs = EnvironmentValue::get_from_config(&cfg, Some(module.clone())); let parent = PathBuf::from(uri).parent().unwrap().to_string_lossy().to_string(); let working_dir = URI::try_from(parent.as_str()).unwrap().clone().path().to_string(); Loading pipe-lib/Cargo.toml +2 −1 Original line number Diff line number Diff line Loading @@ -28,3 +28,4 @@ tracing = { workspace = true } tracing-log = { workspace = true } tracing-subscriber = { workspace = true } uriparse = { workspace = true } sha2 = "0.10.8" Loading
Cargo.lock +12 −0 Original line number Diff line number Diff line Loading @@ -1899,6 +1899,7 @@ dependencies = [ "serde", "serde_json", "serde_yml", "sha2", "tokio", "tracing", "tracing-log", Loading Loading @@ -2244,6 +2245,17 @@ dependencies = [ "digest", ] [[package]] name = "sha2" version = "0.10.8" source = "registry+https://github.com/rust-lang/crates.io-index" checksum = "793db75ad2bcafc3ffa7c68b215fee268f537982cd901d132f89c6343f3a3dc8" dependencies = [ "cfg-if 1.0.0", "cpufeatures", "digest", ] [[package]] name = "sharded-slab" version = "0.1.7" Loading
lcov.info +321 −339 Original line number Diff line number Diff line Loading @@ -362,70 +362,61 @@ LH:0 end_of_record TN: SF:/root/dev/command/pipe-lib/src/lib.rs FN:386,Command::test FN:413,Config::read FN:437,Config::read_json FN:458,Config::read_yaml FN:475,Config::set_environment_variables FN:489,<impl PartialEq for Details>::eq FN:496,EnvironmentValue::from_string FN:499,EnvironmentValue::from_value FN:507,EnvironmentValue::prepend_prefix FN:511,EnvironmentValue::trim_prefix FN:515,EnvironmentValue::get_from_config FN:522,EnvironmentValue::get_from_serde FN:536,EnvironmentValue::get_all FN:546,EnvironmentValue::print_all FN:551,EnvironmentValue::set_variable FN:561,EnvironmentValue::set_variables FN:568,Extension::from_string FN:577,Label::dry_run FN:581,Label::fail FN:585,Label::found FN:589,Label::not_found FN:593,Label::output FN:597,Label::read FN:601,Label::rejected FN:605,Label::run FN:609,Label::using FN:615,ModuleUri<'_>::from FN:625,ModuleUri<'_>::hash FN:649,ModuleUri<'_>::get_whitelist FN:652,ModuleUri<'_>::is_allowed FN:655,ModuleUri<'_>::test FN:656,ModuleUri<'_>::test::check FN:673,ModuleUri<'_>::working_directory FN:685,SemanticVersion::from_string FN:708,Script::expand_arguments FN:743,Script::expand_arguments_from FN:778,Script::from_module FN:836,Script::from_path FN:859,Script::from_template FN:876,Script::get_command FN:882,Script::get_arguments FN:893,Script::maybe_create_conda_environment FN:926,Script::maybe_git_clone FN:933,Script::python_default FN:947,Script::run FN:1018,Script::with_current_dir FN:1056,Script::with_environment FN:1061,Script::with_envs FN:1070,StringTemplate::new FN:1079,StringTemplate::expand FN:1086,StringTemplate::get_variable FN:1116,StringTemplate::is_handlebars FN:1151,StringTemplate::remove_spaces FN:1161,add_forward_slash FN:1169,get_conda_environment_list FN:1211,get_conda_environment_name FN:1243,get_extension FN:1247,get_parent FN:1260,has_extension FN:1264,is_stdin_piped FN:1272,is_stdout_piped FN:1290,read_file FN:1304,to_string FNF:63 FN:387,Command::test FN:414,Config::read FN:438,Config::read_json FN:459,Config::read_yaml FN:476,Config::set_environment_variables FN:490,<impl PartialEq for Details>::eq FN:497,EnvironmentValue::from_string FN:500,EnvironmentValue::from_value FN:508,EnvironmentValue::prepend_prefix FN:512,EnvironmentValue::trim_prefix FN:516,EnvironmentValue::get_from_config FN:523,EnvironmentValue::get_from_serde FN:537,EnvironmentValue::get_all FN:547,EnvironmentValue::print_all FN:552,EnvironmentValue::set_variable FN:562,EnvironmentValue::set_variables FN:569,Extension::from_string FN:578,Label::dry_run FN:582,Label::fail FN:586,Label::found FN:590,Label::not_found FN:594,Label::output FN:598,Label::read FN:602,Label::rejected FN:606,Label::run FN:610,Label::using FN:616,ModuleUri<'_>::from FN:626,ModuleUri<'_>::hash FN:650,ModuleUri<'_>::get_whitelist FN:653,ModuleUri<'_>::is_allowed FN:656,ModuleUri<'_>::test FN:657,ModuleUri<'_>::test::check FN:674,ModuleUri<'_>::working_directory FN:686,SemanticVersion::from_string FN:709,Script::expand_arguments FN:744,Script::expand_arguments_from FN:779,Script::from_module FN:837,Script::from_path FN:860,Script::from_template FN:877,Script::get_command FN:883,Script::get_arguments FN:894,Script::maybe_create_conda_environment FN:927,Script::maybe_git_clone FN:934,Script::python_default FN:948,Script::run FN:1019,Script::with_current_dir FN:1057,Script::with_environment FN:1062,Script::with_envs FN:1071,StringTemplate::new FN:1080,StringTemplate::expand FN:1087,StringTemplate::get_variable FN:1117,StringTemplate::is_handlebars FN:1152,StringTemplate::remove_spaces FN:1162,add_forward_slash FNF:54 FNDA:1,Command::test FNDA:1,Config::read FNDA:1,Config::read_json Loading @@ -452,7 +443,7 @@ FNDA:0,Label::read FNDA:0,Label::rejected FNDA:0,Label::run FNDA:0,Label::using FNDA:1,ModuleUri<'_>::from FNDA:2,ModuleUri<'_>::from FNDA:1,ModuleUri<'_>::hash FNDA:0,ModuleUri<'_>::get_whitelist FNDA:0,ModuleUri<'_>::is_allowed Loading @@ -466,103 +457,93 @@ FNDA:0,Script::from_module FNDA:1,Script::from_path FNDA:1,Script::from_template FNDA:1,Script::get_command FNDA:2,Script::get_arguments FNDA:1,Script::get_arguments FNDA:0,Script::maybe_create_conda_environment FNDA:1,Script::maybe_git_clone FNDA:0,Script::python_default FNDA:1,Script::run FNDA:1,Script::with_current_dir FNDA:2,Script::with_environment FNDA:1,Script::with_environment FNDA:0,Script::with_envs FNDA:2,StringTemplate::new FNDA:1,StringTemplate::new FNDA:1,StringTemplate::expand FNDA:1,StringTemplate::get_variable FNDA:1,StringTemplate::is_handlebars FNDA:1,StringTemplate::remove_spaces FNDA:1,add_forward_slash FNDA:1,get_conda_environment_list FNDA:1,get_conda_environment_name FNDA:1,get_extension FNDA:1,get_parent FNDA:1,has_extension FNDA:0,is_stdin_piped FNDA:0,is_stdout_piped FNDA:1,read_file FNDA:1,to_string DA:386,1 DA:387,1 DA:391,2 DA:394,1 DA:388,1 DA:392,2 DA:395,1 DA:397,2 DA:398,1 DA:399,2 DA:400,4 DA:402,6 DA:403,2 DA:406,3 DA:407,1 DA:413,1 DA:414,2 DA:396,1 DA:398,2 DA:399,1 DA:400,2 DA:401,4 DA:403,6 DA:404,2 DA:407,3 DA:408,1 DA:414,1 DA:415,2 DA:416,1 DA:418,0 DA:416,2 DA:417,1 DA:419,0 DA:422,2 DA:423,1 DA:425,0 DA:420,0 DA:423,2 DA:424,1 DA:426,0 DA:437,1 DA:438,2 DA:439,4 DA:441,0 DA:427,0 DA:438,1 DA:439,2 DA:440,2 DA:442,0 DA:445,4 DA:443,0 DA:446,2 DA:447,4 DA:448,0 DA:450,6 DA:451,2 DA:458,1 DA:459,2 DA:460,1 DA:462,0 DA:447,2 DA:448,4 DA:449,0 DA:451,6 DA:452,2 DA:459,1 DA:460,2 DA:461,1 DA:463,0 DA:466,2 DA:467,1 DA:468,2 DA:469,0 DA:471,3 DA:472,1 DA:475,0 DA:464,0 DA:467,2 DA:468,1 DA:469,2 DA:470,0 DA:472,3 DA:473,1 DA:476,0 DA:477,0 DA:478,0 DA:479,0 DA:480,0 DA:485,0 DA:489,1 DA:481,0 DA:486,0 DA:490,1 DA:496,0 DA:491,1 DA:497,0 DA:499,0 DA:498,0 DA:500,0 DA:501,0 DA:502,0 DA:503,0 DA:504,0 DA:507,0 DA:505,0 DA:508,0 DA:511,1 DA:509,0 DA:512,1 DA:513,2 DA:515,0 DA:513,1 DA:514,2 DA:516,0 DA:517,0 DA:518,0 DA:519,0 DA:520,0 DA:522,0 DA:521,0 DA:523,0 DA:524,0 DA:525,0 Loading @@ -571,338 +552,339 @@ DA:527,0 DA:528,0 DA:529,0 DA:530,0 DA:532,0 DA:534,0 DA:536,1 DA:531,0 DA:533,0 DA:535,0 DA:537,1 DA:538,2 DA:538,1 DA:539,2 DA:540,2 DA:541,2 DA:542,1 DA:546,0 DA:542,2 DA:543,1 DA:547,0 DA:548,0 DA:551,0 DA:549,0 DA:552,0 DA:553,0 DA:554,0 DA:555,0 DA:556,0 DA:557,0 DA:561,0 DA:558,0 DA:562,0 DA:564,0 DA:568,1 DA:569,2 DA:563,0 DA:565,0 DA:569,1 DA:570,2 DA:571,3 DA:572,0 DA:577,0 DA:571,2 DA:572,3 DA:573,0 DA:578,0 DA:579,0 DA:581,0 DA:580,0 DA:582,0 DA:583,0 DA:585,0 DA:584,0 DA:586,0 DA:587,0 DA:589,0 DA:588,0 DA:590,0 DA:591,0 DA:593,1 DA:594,3 DA:595,3 DA:597,0 DA:592,0 DA:594,1 DA:595,2 DA:596,1 DA:598,0 DA:599,0 DA:601,0 DA:600,0 DA:602,0 DA:603,0 DA:605,0 DA:604,0 DA:606,0 DA:607,0 DA:609,0 DA:608,0 DA:610,0 DA:611,0 DA:615,1 DA:616,1 DA:612,0 DA:616,2 DA:617,2 DA:618,1 DA:618,5 DA:619,2 DA:620,0 DA:622,1 DA:625,1 DA:620,2 DA:621,0 DA:623,1 DA:626,1 DA:627,1 DA:628,1 DA:629,1 DA:630,0 DA:632,3 DA:636,4 DA:630,2 DA:631,0 DA:633,4 DA:637,4 DA:639,4 DA:640,2 DA:642,2 DA:645,0 DA:649,0 DA:638,4 DA:640,4 DA:641,2 DA:643,2 DA:646,0 DA:650,0 DA:652,0 DA:651,0 DA:653,0 DA:655,0 DA:654,0 DA:656,0 DA:657,0 DA:659,0 DA:658,0 DA:660,0 DA:661,0 DA:662,0 DA:663,0 DA:664,0 DA:665,0 DA:667,0 DA:669,0 DA:673,0 DA:666,0 DA:668,0 DA:670,0 DA:674,0 DA:675,0 DA:676,0 DA:677,0 DA:679,0 DA:678,0 DA:680,0 DA:685,1 DA:681,0 DA:686,1 DA:687,3 DA:687,1 DA:688,3 DA:689,3 DA:708,1 DA:709,2 DA:712,2 DA:713,1 DA:714,2 DA:715,1 DA:690,3 DA:709,1 DA:710,2 DA:713,2 DA:714,1 DA:715,2 DA:716,1 DA:718,2 DA:722,1 DA:717,1 DA:719,2 DA:723,1 DA:743,1 DA:744,2 DA:747,2 DA:748,1 DA:749,2 DA:724,1 DA:744,1 DA:745,2 DA:748,2 DA:749,1 DA:750,2 DA:753,2 DA:755,1 DA:757,2 DA:761,1 DA:751,2 DA:754,2 DA:756,1 DA:758,2 DA:762,1 DA:778,0 DA:780,0 DA:763,1 DA:779,0 DA:781,0 DA:782,0 DA:785,0 DA:783,0 DA:786,0 DA:787,0 DA:788,0 DA:789,0 DA:791,0 DA:790,0 DA:792,0 DA:793,0 DA:796,0 DA:794,0 DA:797,0 DA:798,0 DA:799,0 DA:802,0 DA:800,0 DA:803,0 DA:804,0 DA:807,0 DA:809,0 DA:805,0 DA:808,0 DA:810,0 DA:813,0 DA:819,0 DA:811,0 DA:814,0 DA:820,0 DA:836,1 DA:837,2 DA:838,1 DA:840,0 DA:821,0 DA:837,1 DA:838,2 DA:839,1 DA:841,0 DA:844,2 DA:845,1 DA:842,0 DA:845,2 DA:846,1 DA:859,1 DA:847,1 DA:860,1 DA:861,3 DA:865,2 DA:867,2 DA:869,2 DA:872,1 DA:873,2 DA:874,3 DA:876,1 DA:877,2 DA:861,1 DA:862,3 DA:866,2 DA:868,2 DA:870,2 DA:873,1 DA:874,2 DA:875,3 DA:877,1 DA:878,1 DA:879,2 DA:882,2 DA:883,2 DA:879,1 DA:880,1 DA:883,1 DA:884,1 DA:885,1 DA:886,3 DA:887,2 DA:889,2 DA:893,0 DA:885,2 DA:886,2 DA:887,4 DA:888,2 DA:890,1 DA:894,0 DA:895,0 DA:896,0 DA:898,0 DA:897,0 DA:899,0 DA:900,0 DA:901,0 DA:902,0 DA:903,0 DA:905,0 DA:904,0 DA:906,0 DA:907,0 DA:908,0 DA:909,0 DA:910,0 DA:911,0 DA:913,0 DA:912,0 DA:914,0 DA:917,0 DA:921,0 DA:915,0 DA:918,0 DA:922,0 DA:926,1 DA:927,2 DA:923,0 DA:927,1 DA:928,2 DA:929,2 DA:930,3 DA:931,1 DA:933,0 DA:930,2 DA:931,3 DA:932,1 DA:934,0 DA:935,0 DA:943,0 DA:947,1 DA:936,0 DA:944,0 DA:948,1 DA:949,2 DA:950,4 DA:951,4 DA:952,6 DA:953,2 DA:954,12 DA:955,3 DA:956,2 DA:957,2 DA:958,2 DA:959,2 DA:964,4 DA:965,2 DA:967,0 DA:949,1 DA:950,1 DA:951,2 DA:952,2 DA:953,3 DA:954,1 DA:955,8 DA:956,3 DA:957,1 DA:958,1 DA:959,1 DA:960,1 DA:965,4 DA:966,2 DA:968,0 DA:971,2 DA:969,0 DA:972,2 DA:973,4 DA:974,6 DA:975,4 DA:978,4 DA:979,2 DA:981,0 DA:973,2 DA:974,4 DA:975,6 DA:976,4 DA:979,4 DA:980,2 DA:982,0 DA:985,2 DA:983,0 DA:986,2 DA:987,4 DA:988,0 DA:987,2 DA:988,4 DA:989,0 DA:992,4 DA:993,2 DA:994,6 DA:995,2 DA:996,6 DA:990,0 DA:993,4 DA:994,2 DA:995,6 DA:996,2 DA:997,6 DA:998,2 DA:1000,3 DA:998,6 DA:999,2 DA:1001,3 DA:1002,2 DA:1005,0 DA:1002,3 DA:1003,2 DA:1006,0 DA:1007,0 DA:1011,0 DA:1008,0 DA:1012,0 DA:1018,1 DA:1019,2 DA:1020,1 DA:1056,2 DA:1057,2 DA:1058,2 DA:1061,0 DA:1013,0 DA:1019,1 DA:1020,2 DA:1021,1 DA:1057,1 DA:1058,1 DA:1059,1 DA:1062,0 DA:1063,0 DA:1070,2 DA:1072,2 DA:1079,1 DA:1080,4 DA:1081,3 DA:1086,1 DA:1087,2 DA:1064,0 DA:1071,1 DA:1073,1 DA:1080,1 DA:1081,4 DA:1082,3 DA:1087,1 DA:1088,2 DA:1089,1 DA:1090,2 DA:1092,0 DA:1116,1 DA:1117,2 DA:1089,2 DA:1090,1 DA:1091,2 DA:1093,0 DA:1117,1 DA:1118,2 DA:1119,1 DA:1120,0 DA:1122,0 DA:1151,1 DA:1152,2 DA:1153,1 DA:1154,0 DA:1156,3 DA:1157,1 DA:1161,1 DA:1162,2 DA:1163,0 DA:1165,2 DA:1169,1 DA:1170,2 DA:1171,2 DA:1172,2 DA:1173,2 DA:1174,5 DA:1177,1 DA:1179,2 DA:1181,4 DA:1184,0 DA:1211,1 DA:1212,1 DA:1213,1 DA:1214,6 DA:1226,1 DA:1228,0 DA:1243,1 DA:1244,1 DA:1247,1 DA:1248,3 DA:1260,1 DA:1261,1 DA:1264,0 DA:1265,0 DA:1266,0 DA:1268,0 DA:1272,0 DA:1273,0 DA:1119,2 DA:1120,1 DA:1121,0 DA:1123,0 DA:1152,1 DA:1153,2 DA:1154,1 DA:1155,0 DA:1157,3 DA:1158,1 DA:1162,1 DA:1163,2 DA:1164,0 DA:1166,2 DA:1179,1 DA:1180,2 DA:1181,2 DA:1182,2 DA:1183,2 DA:1184,5 DA:1187,1 DA:1189,2 DA:1191,4 DA:1194,0 DA:1221,1 DA:1222,1 DA:1223,1 DA:1224,6 DA:1236,1 DA:1238,0 DA:1253,1 DA:1254,1 DA:1257,1 DA:1258,3 DA:1270,1 DA:1271,1 DA:1274,0 DA:1275,0 DA:1276,0 DA:1290,1 DA:1291,1 DA:1292,6 DA:1293,3 DA:1294,9 DA:1295,7 DA:1297,1 DA:1298,3 DA:1299,1 DA:1302,4 DA:1304,1 DA:1278,0 DA:1282,0 DA:1283,0 DA:1284,0 DA:1286,0 DA:1300,2 DA:1301,2 DA:1302,6 DA:1303,3 DA:1304,5 DA:1305,4 DA:1307,1 DA:1308,3 DA:1309,1 DA:1312,3 DA:1314,1 DA:1315,4 LF:414 LH:224 end_of_record
notebooks/sandbox.ipynb +0 −16 Original line number Diff line number Diff line %% Cell type:code id: tags: ``` rust :dep pipe-lib = { path = "../pipe-lib" } ``` %% Cell type:code id: tags: ``` rust :dep uriparse use uriparse::URI; let uri = URI::try_from("file:///path/to/file").unwrap(); let path = uri.path().clone(); println!("URI: {}", path); ``` %% Output URI: /path/to/file %% Cell type:code id: tags: ``` rust ```
pipe-cli/src/commands/run/mod.rs +2 −2 Original line number Diff line number Diff line Loading @@ -60,7 +60,7 @@ pub fn run( } // Prepare modules cfg.modules.par_iter().for_each(|module| match &module.module_type { | ModuleType::Binary { uri } => match ModuleUri::from(uri) { | ModuleType::Binary { uri, .. } => match ModuleUri::from(uri) { | ModuleUri::Url(value) if !offline => match value.scheme() { | Scheme::HTTP | Scheme::HTTPS | Scheme::SSH => { let url = value.to_string(); Loading Loading @@ -187,7 +187,7 @@ pub fn run( }); // Run workflow cfg.modules.iter().for_each(|module| match &module.module_type { | ModuleType::Binary { ref uri } => { | ModuleType::Binary { ref uri, .. } => { let envs = EnvironmentValue::get_from_config(&cfg, Some(module.clone())); let parent = PathBuf::from(uri).parent().unwrap().to_string_lossy().to_string(); let working_dir = URI::try_from(parent.as_str()).unwrap().clone().path().to_string(); Loading
pipe-lib/Cargo.toml +2 −1 Original line number Diff line number Diff line Loading @@ -28,3 +28,4 @@ tracing = { workspace = true } tracing-log = { workspace = true } tracing-subscriber = { workspace = true } uriparse = { workspace = true } sha2 = "0.10.8"
