feat: Initial local binary module support (28ecbe7b) · Commits · Research Enablement / Xylem

lcov.info

+363 −337

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -200,55 +200,46 @@ DA:182,0
		DA:184,0
		DA:186,0
		DA:189,0
		DA:190,0
		DA:191,0
		DA:192,0
		DA:193,0
		DA:194,0
		DA:195,0
		DA:196,0
		DA:197,0
		DA:198,0
		DA:199,0
		DA:200,0
		DA:202,0
		DA:204,0
		DA:203,0
		DA:206,0
		DA:208,0
		DA:209,0
		DA:210,0
		DA:212,0
		DA:213,0
		DA:211,0
		DA:214,0
		DA:217,0
		DA:215,0
		DA:216,0
		DA:218,0
		DA:221,0
		DA:220,0
		DA:222,0
		DA:223,0
		DA:224,0
		DA:225,0
		DA:226,0
		DA:228,0
		DA:229,0
		DA:232,0
		DA:227,0
		DA:230,0
		DA:231,0
		DA:233,0
		DA:234,0
		DA:235,0
		DA:236,0
		DA:237,0
		DA:238,0
		DA:239,0
		DA:240,0
		DA:241,0
		DA:244,0
		DA:242,0
		DA:245,0
		DA:246,0
		DA:247,0
		DA:248,0
		DA:249,0
		DA:250,0
		DA:251,0
		DA:252,0
		DA:253,0
		DA:254,0
		DA:256,0
		DA:259,0
		DA:262,0
		DA:265,0
		DA:267,0
		DA:270,0
		DA:272,0
		LF:137
		DA:255,0
		LF:128
		LH:0
		end_of_record
		TN:
		@@ -381,58 +372,60 @@ FN:496,EnvironmentValue::from_string
		FN:499,EnvironmentValue::from_value
		FN:507,EnvironmentValue::prepend_prefix
		FN:511,EnvironmentValue::trim_prefix
		FN:515,EnvironmentValue::get_from_serde
		FN:529,EnvironmentValue::get_all
		FN:539,EnvironmentValue::print_all
		FN:544,EnvironmentValue::set_variable
		FN:554,EnvironmentValue::set_variables
		FN:561,Extension::from_string
		FN:570,Label::dry_run
		FN:574,Label::fail
		FN:578,Label::found
		FN:582,Label::not_found
		FN:586,Label::output
		FN:590,Label::read
		FN:594,Label::rejected
		FN:598,Label::run
		FN:602,Label::using
		FN:608,ModuleUri<'_>::from
		FN:618,ModuleUri<'_>::hash
		FN:642,ModuleUri<'_>::get_whitelist
		FN:645,ModuleUri<'_>::is_allowed
		FN:648,ModuleUri<'_>::test
		FN:649,ModuleUri<'_>::test::check
		FN:666,ModuleUri<'_>::working_directory
		FN:678,SemanticVersion::from_string
		FN:701,Script::expand_arguments
		FN:736,Script::expand_arguments_from
		FN:768,Script::from_template
		FN:796,Script::from_path
		FN:808,Script::get_command
		FN:814,Script::get_arguments
		FN:825,Script::maybe_create_conda_environment
		FN:858,Script::maybe_git_clone
		FN:865,Script::python_default
		FN:879,Script::run
		FN:950,Script::with_current_dir
		FN:988,Script::with_environment
		FN:993,Script::with_envs
		FN:1002,StringTemplate::new
		FN:1011,StringTemplate::expand
		FN:1018,StringTemplate::get_variable
		FN:1048,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1083,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1093,add_forward_slash
		FN:1101,get_conda_environment_list
		FN:1143,get_conda_environment_name
		FN:1175,get_extension
		FN:1179,get_parent
		FN:1192,has_extension
		FN:1196,is_stdin_piped
		FN:1204,is_stdout_piped
		FN:1222,read_file
		FN:1236,to_string
		FNF:61
		FN:515,EnvironmentValue::get_from_config
		FN:522,EnvironmentValue::get_from_serde
		FN:536,EnvironmentValue::get_all
		FN:546,EnvironmentValue::print_all
		FN:551,EnvironmentValue::set_variable
		FN:561,EnvironmentValue::set_variables
		FN:568,Extension::from_string
		FN:577,Label::dry_run
		FN:581,Label::fail
		FN:585,Label::found
		FN:589,Label::not_found
		FN:593,Label::output
		FN:597,Label::read
		FN:601,Label::rejected
		FN:605,Label::run
		FN:609,Label::using
		FN:615,ModuleUri<'_>::from
		FN:625,ModuleUri<'_>::hash
		FN:649,ModuleUri<'_>::get_whitelist
		FN:652,ModuleUri<'_>::is_allowed
		FN:655,ModuleUri<'_>::test
		FN:656,ModuleUri<'_>::test::check
		FN:673,ModuleUri<'_>::working_directory
		FN:685,SemanticVersion::from_string
		FN:708,Script::expand_arguments
		FN:743,Script::expand_arguments_from
		FN:778,Script::from_module
		FN:836,Script::from_path
		FN:859,Script::from_template
		FN:876,Script::get_command
		FN:882,Script::get_arguments
		FN:893,Script::maybe_create_conda_environment
		FN:926,Script::maybe_git_clone
		FN:933,Script::python_default
		FN:947,Script::run
		FN:1018,Script::with_current_dir
		FN:1056,Script::with_environment
		FN:1061,Script::with_envs
		FN:1070,StringTemplate::new
		FN:1079,StringTemplate::expand
		FN:1086,StringTemplate::get_variable
		FN:1116,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1151,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1161,add_forward_slash
		FN:1169,get_conda_environment_list
		FN:1211,get_conda_environment_name
		FN:1243,get_extension
		FN:1247,get_parent
		FN:1260,has_extension
		FN:1264,is_stdin_piped
		FN:1272,is_stdout_piped
		FN:1290,read_file
		FN:1304,to_string
		FNF:63
		FNDA:1,Command::test
		FNDA:1,Config::read
		FNDA:1,Config::read_json
		@@ -443,6 +436,7 @@ FNDA:0,EnvironmentValue::from_string
		FNDA:0,EnvironmentValue::from_value
		FNDA:0,EnvironmentValue::prepend_prefix
		FNDA:1,EnvironmentValue::trim_prefix
		FNDA:0,EnvironmentValue::get_from_config
		FNDA:0,EnvironmentValue::get_from_serde
		FNDA:1,EnvironmentValue::get_all
		FNDA:0,EnvironmentValue::print_all
		@@ -468,9 +462,10 @@ FNDA:0,ModuleUri<'_>::working_directory
		FNDA:1,SemanticVersion::from_string
		FNDA:1,Script::expand_arguments
		FNDA:1,Script::expand_arguments_from
		FNDA:1,Script::from_template
		FNDA:0,Script::from_module
		FNDA:1,Script::from_path
		FNDA:2,Script::get_command
		FNDA:1,Script::from_template
		FNDA:1,Script::get_command
		FNDA:2,Script::get_arguments
		FNDA:0,Script::maybe_create_conda_environment
		FNDA:1,Script::maybe_git_clone
		@@ -567,316 +562,347 @@ DA:517,0
		DA:518,0
		DA:519,0
		DA:520,0
		DA:521,0
		DA:522,0
		DA:523,0
		DA:524,0
		DA:525,0
		DA:526,0
		DA:527,0
		DA:529,1
		DA:530,1
		DA:531,2
		DA:532,2
		DA:533,2
		DA:534,2
		DA:535,1
		DA:539,0
		DA:540,0
		DA:541,0
		DA:544,0
		DA:545,0
		DA:528,0
		DA:529,0
		DA:530,0
		DA:532,0
		DA:534,0
		DA:536,1
		DA:537,1
		DA:538,2
		DA:539,2
		DA:540,2
		DA:541,2
		DA:542,1
		DA:546,0
		DA:547,0
		DA:548,0
		DA:549,0
		DA:550,0
		DA:551,0
		DA:552,0
		DA:553,0
		DA:554,0
		DA:555,0
		DA:556,0
		DA:557,0
		DA:561,1
		DA:562,2
		DA:563,2
		DA:564,3
		DA:565,0
		DA:570,0
		DA:571,0
		DA:561,0
		DA:562,0
		DA:564,0
		DA:568,1
		DA:569,2
		DA:570,2
		DA:571,3
		DA:572,0
		DA:574,0
		DA:575,0
		DA:576,0
		DA:577,0
		DA:578,0
		DA:579,0
		DA:580,0
		DA:581,0
		DA:582,0
		DA:583,0
		DA:584,0
		DA:586,1
		DA:587,3
		DA:588,3
		DA:585,0
		DA:586,0
		DA:587,0
		DA:589,0
		DA:590,0
		DA:591,0
		DA:592,0
		DA:594,0
		DA:595,0
		DA:596,0
		DA:593,1
		DA:594,3
		DA:595,3
		DA:597,0
		DA:598,0
		DA:599,0
		DA:600,0
		DA:601,0
		DA:602,0
		DA:603,0
		DA:604,0
		DA:608,1
		DA:609,1
		DA:610,2
		DA:611,1
		DA:612,2
		DA:613,0
		DA:605,0
		DA:606,0
		DA:607,0
		DA:609,0
		DA:610,0
		DA:611,0
		DA:615,1
		DA:616,1
		DA:617,2
		DA:618,1
		DA:619,1
		DA:620,1
		DA:621,1
		DA:619,2
		DA:620,0
		DA:622,1
		DA:623,0
		DA:625,3
		DA:629,4
		DA:630,4
		DA:632,4
		DA:633,2
		DA:635,2
		DA:638,0
		DA:642,0
		DA:643,0
		DA:625,1
		DA:626,1
		DA:627,1
		DA:628,1
		DA:629,1
		DA:630,0
		DA:632,3
		DA:636,4
		DA:637,4
		DA:639,4
		DA:640,2
		DA:642,2
		DA:645,0
		DA:646,0
		DA:648,0
		DA:649,0
		DA:650,0
		DA:652,0
		DA:653,0
		DA:654,0
		DA:655,0
		DA:656,0
		DA:657,0
		DA:658,0
		DA:659,0
		DA:660,0
		DA:661,0
		DA:662,0
		DA:666,0
		DA:663,0
		DA:664,0
		DA:665,0
		DA:667,0
		DA:668,0
		DA:669,0
		DA:670,0
		DA:672,0
		DA:673,0
		DA:678,1
		DA:679,1
		DA:680,3
		DA:681,3
		DA:682,3
		DA:701,1
		DA:702,2
		DA:705,2
		DA:706,1
		DA:707,2
		DA:674,0
		DA:675,0
		DA:676,0
		DA:677,0
		DA:679,0
		DA:680,0
		DA:685,1
		DA:686,1
		DA:687,3
		DA:688,3
		DA:689,3
		DA:708,1
		DA:709,1
		DA:711,2
		DA:709,2
		DA:712,2
		DA:713,1
		DA:714,2
		DA:715,1
		DA:716,1
		DA:736,1
		DA:737,2
		DA:740,2
		DA:741,1
		DA:742,2
		DA:743,2
		DA:746,2
		DA:718,2
		DA:722,1
		DA:723,1
		DA:743,1
		DA:744,2
		DA:747,2
		DA:748,1
		DA:749,2
		DA:750,2
		DA:754,1
		DA:753,2
		DA:755,1
		DA:768,1
		DA:769,1
		DA:770,3
		DA:774,2
		DA:776,2
		DA:778,2
		DA:781,1
		DA:782,2
		DA:783,3
		DA:796,1
		DA:797,2
		DA:798,1
		DA:800,0
		DA:801,0
		DA:804,2
		DA:805,1
		DA:806,1
		DA:808,2
		DA:809,2
		DA:810,1
		DA:811,2
		DA:814,2
		DA:815,2
		DA:816,1
		DA:817,1
		DA:818,3
		DA:819,2
		DA:821,2
		DA:825,0
		DA:826,0
		DA:827,0
		DA:828,0
		DA:830,0
		DA:831,0
		DA:832,0
		DA:833,0
		DA:834,0
		DA:835,0
		DA:837,0
		DA:838,0
		DA:839,0
		DA:757,2
		DA:761,1
		DA:762,1
		DA:778,0
		DA:780,0
		DA:781,0
		DA:782,0
		DA:785,0
		DA:786,0
		DA:787,0
		DA:788,0
		DA:789,0
		DA:791,0
		DA:792,0
		DA:793,0
		DA:796,0
		DA:797,0
		DA:798,0
		DA:799,0
		DA:802,0
		DA:803,0
		DA:804,0
		DA:807,0
		DA:809,0
		DA:810,0
		DA:813,0
		DA:819,0
		DA:820,0
		DA:836,1
		DA:837,2
		DA:838,1
		DA:840,0
		DA:841,0
		DA:842,0
		DA:843,0
		DA:845,0
		DA:846,0
		DA:849,0
		DA:853,0
		DA:854,0
		DA:858,1
		DA:859,2
		DA:860,2
		DA:861,2
		DA:862,3
		DA:863,1
		DA:865,0
		DA:866,0
		DA:867,0
		DA:875,0
		DA:879,1
		DA:880,2
		DA:881,2
		DA:882,4
		DA:883,4
		DA:884,5
		DA:844,2
		DA:845,1
		DA:846,1
		DA:859,1
		DA:860,1
		DA:861,3
		DA:865,2
		DA:867,2
		DA:869,2
		DA:872,1
		DA:873,2
		DA:874,3
		DA:876,1
		DA:877,2
		DA:878,1
		DA:879,2
		DA:882,2
		DA:883,2
		DA:884,1
		DA:885,1
		DA:886,13
		DA:887,4
		DA:888,2
		DA:886,3
		DA:887,2
		DA:889,2
		DA:890,2
		DA:891,2
		DA:896,4
		DA:897,2
		DA:893,0
		DA:894,0
		DA:895,0
		DA:896,0
		DA:898,0
		DA:899,0
		DA:900,0
		DA:903,2
		DA:904,2
		DA:905,4
		DA:906,6
		DA:907,4
		DA:910,4
		DA:911,2
		DA:901,0
		DA:902,0
		DA:903,0
		DA:905,0
		DA:906,0
		DA:907,0
		DA:908,0
		DA:909,0
		DA:910,0
		DA:911,0
		DA:913,0
		DA:914,0
		DA:917,2
		DA:918,2
		DA:919,4
		DA:920,0
		DA:917,0
		DA:921,0
		DA:924,4
		DA:925,2
		DA:926,6
		DA:922,0
		DA:926,1
		DA:927,2
		DA:928,6
		DA:929,6
		DA:930,2
		DA:932,3
		DA:933,3
		DA:934,2
		DA:937,0
		DA:938,0
		DA:939,0
		DA:928,2
		DA:929,2
		DA:930,3
		DA:931,1
		DA:933,0
		DA:934,0
		DA:935,0
		DA:943,0
		DA:944,0
		DA:950,1
		DA:951,2
		DA:952,1
		DA:988,2
		DA:989,2
		DA:990,2
		DA:993,0
		DA:994,0
		DA:995,0
		DA:947,1
		DA:948,1
		DA:949,2
		DA:950,4
		DA:951,4
		DA:952,6
		DA:953,2
		DA:954,12
		DA:955,3
		DA:956,2
		DA:957,2
		DA:958,2
		DA:959,2
		DA:964,4
		DA:965,2
		DA:967,0
		DA:968,0
		DA:971,2
		DA:972,2
		DA:973,4
		DA:974,6
		DA:975,4
		DA:978,4
		DA:979,2
		DA:981,0
		DA:982,0
		DA:985,2
		DA:986,2
		DA:987,4
		DA:988,0
		DA:989,0
		DA:992,4
		DA:993,2
		DA:994,6
		DA:995,2
		DA:996,6
		DA:997,6
		DA:998,2
		DA:1000,3
		DA:1001,3
		DA:1002,2
		DA:1004,2
		DA:1011,1
		DA:1012,4
		DA:1013,3
		DA:1005,0
		DA:1006,0
		DA:1007,0
		DA:1011,0
		DA:1012,0
		DA:1018,1
		DA:1019,2
		DA:1020,2
		DA:1021,1
		DA:1022,2
		DA:1024,0
		DA:1048,1
		DA:1049,2
		DA:1050,2
		DA:1051,1
		DA:1052,0
		DA:1054,0
		DA:1083,1
		DA:1084,2
		DA:1085,1
		DA:1086,0
		DA:1088,3
		DA:1020,1
		DA:1056,2
		DA:1057,2
		DA:1058,2
		DA:1061,0
		DA:1062,0
		DA:1063,0
		DA:1070,2
		DA:1072,2
		DA:1079,1
		DA:1080,4
		DA:1081,3
		DA:1086,1
		DA:1087,2
		DA:1088,2
		DA:1089,1
		DA:1093,1
		DA:1094,2
		DA:1095,0
		DA:1097,2
		DA:1101,1
		DA:1102,2
		DA:1103,2
		DA:1104,2
		DA:1105,2
		DA:1106,5
		DA:1109,1
		DA:1111,2
		DA:1113,4
		DA:1116,0
		DA:1143,1
		DA:1144,1
		DA:1145,1
		DA:1146,6
		DA:1158,1
		DA:1160,0
		DA:1175,1
		DA:1176,1
		DA:1179,1
		DA:1180,3
		DA:1192,1
		DA:1193,1
		DA:1196,0
		DA:1197,0
		DA:1198,0
		DA:1200,0
		DA:1204,0
		DA:1205,0
		DA:1206,0
		DA:1208,0
		DA:1222,1
		DA:1223,1
		DA:1224,6
		DA:1225,3
		DA:1226,9
		DA:1227,7
		DA:1229,1
		DA:1230,3
		DA:1231,1
		DA:1234,4
		DA:1236,1
		DA:1237,4
		LF:383
		DA:1090,2
		DA:1092,0
		DA:1116,1
		DA:1117,2
		DA:1118,2
		DA:1119,1
		DA:1120,0
		DA:1122,0
		DA:1151,1
		DA:1152,2
		DA:1153,1
		DA:1154,0
		DA:1156,3
		DA:1157,1
		DA:1161,1
		DA:1162,2
		DA:1163,0
		DA:1165,2
		DA:1169,1
		DA:1170,2
		DA:1171,2
		DA:1172,2
		DA:1173,2
		DA:1174,5
		DA:1177,1
		DA:1179,2
		DA:1181,4
		DA:1184,0
		DA:1211,1
		DA:1212,1
		DA:1213,1
		DA:1214,6
		DA:1226,1
		DA:1228,0
		DA:1243,1
		DA:1244,1
		DA:1247,1
		DA:1248,3
		DA:1260,1
		DA:1261,1
		DA:1264,0
		DA:1265,0
		DA:1266,0
		DA:1268,0
		DA:1272,0
		DA:1273,0
		DA:1274,0
		DA:1276,0
		DA:1290,1
		DA:1291,1
		DA:1292,6
		DA:1293,3
		DA:1294,9
		DA:1295,7
		DA:1297,1
		DA:1298,3
		DA:1299,1
		DA:1302,4
		DA:1304,1
		DA:1305,4
		LF:414
		LH:224
		end_of_record

notebooks/sandbox.ipynb

+17 −1

Original line number	Diff line number	Diff line
		%% Cell type:code id: tags:

		``` rust
		:dep pipe = { path = "../" }
		:dep pipe-lib = { path = "../pipe-lib" }
		```

		%% Cell type:code id: tags:

		``` rust
		:dep uriparse

		use uriparse::URI;

		let uri = URI::try_from("file:///path/to/file").unwrap();
		let path = uri.path().clone();
		println!("URI: {}", path);
		```

		%% Output

		URI: /path/to/file

		%% Cell type:code id: tags:

		``` rust
		```

pipe-cli/src/commands/run/mod.rs

+23 −40

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -2,14 +2,14 @@ use clap_verbosity_flag::Verbosity;
		use color_eyre::eyre::Report;
		use exitcode;
		use nanoid::nanoid;
		use pipe_lib::{
		get_conda_environment_name, Command, Config, EnvironmentValue, Label, ModuleLanguage, ModuleType, ModuleUri, Script, TemplateAttribute,
		};
		use pipe_lib::{get_conda_environment_name, Command, Config, EnvironmentValue, Label, ModuleLanguage, ModuleType, ModuleUri, Script};
		use rayon::prelude::*;
		use std::convert::TryFrom;
		use std::env;
		use std::path::PathBuf;
		use tracing::{debug, error, info, warn};
		use uriparse::Scheme;
		use uriparse::URI;

		const DEFAULT_CONFIG_NAME: &str = "config.json";

		@@ -187,8 +187,24 @@ pub fn run(
		});
		// Run workflow
		cfg.modules.iter().for_each(\|module\| match &module.module_type {
		\| ModuleType::Binary { .. } => {
		unimplemented!("Binary modules are not supported yet");
		\| ModuleType::Binary { ref uri } => {
		let envs = EnvironmentValue::get_from_config(&cfg, Some(module.clone()));
		let parent = PathBuf::from(uri).parent().unwrap().to_string_lossy().to_string();
		let working_dir = URI::try_from(parent.as_str()).unwrap().clone().path().to_string();
		let loaded = Script::from_module(module.clone(), Some(PathBuf::from(working_dir.clone())));
		let script = loaded.expand_arguments_from(envs).with_current_dir(working_dir);
		if dry_run {
		EnvironmentValue::print_all();
		info!(
		module = module.name,
		script = script.to_string(),
		cwd = script.current_dir,
		"=> {}",
		Label::dry_run()
		);
		} else {
		script.run();
		}
		}
		\| ModuleType::Script { programming_language, uri } => match programming_language {
		\| ModuleLanguage::Generic => {
		@@ -203,37 +219,7 @@ pub fn run(
		"=> {} Manifest file",
		Label::using()
		);
		let default_template_path = PathBuf::from(&working_dir).join("template.json");
		// TODO: Abstract loading script from template: fn(module, default_path) -> Script
		let loaded = match &module.template {
		\| Some(attribute) => match attribute {
		\| TemplateAttribute::Path(value) => match PathBuf::from(value).try_exists() {
		\| Ok(true) => {
		let path = PathBuf::from(&working_dir).join(value);
		debug!(module = module.name, path = path.to_str().unwrap(), "=> {} Template file", Label::using());
		Script::from_path(path)
		}
		\| _ => {
		warn!(module = module.name, "=> {} Default template file", Label::using());
		Script::from_path(default_template_path)
		}
		},
		\| TemplateAttribute::Template(value) => {
		debug!(module = module.name, "=> {} Template attribute", Label::using());
		Script::from_template(value.clone())
		}
		},
		\| None => match default_template_path.try_exists() {
		\| Ok(true) => {
		warn!(module = module.name, "=> {} Default template file", Label::using());
		Script::from_path(default_template_path)
		}
		\| _ => {
		warn!(module = module.name, "=> {} Default Python script", Label::using());
		Script::python_default()
		}
		},
		};
		let loaded = Script::from_module(module.clone(), Some(root.clone()));
		let environment = match get_conda_environment_name(manifest_path) {
		\| Some(value) => Some(value),
		\| None => match &module.template {
		@@ -241,10 +227,7 @@ pub fn run(
		\| None => None,
		},
		};
		let config_vars = cfg.variables.clone().unwrap_or_default();
		let module_vars = module.variables.clone().unwrap_or_default();
		let mut envs = EnvironmentValue::get_from_serde(&config_vars);
		envs.extend(EnvironmentValue::get_from_serde(&module_vars));
		let envs = EnvironmentValue::get_from_config(&cfg, Some(module.clone()));
		let script = loaded
		.expand_arguments_from(envs)
		.with_current_dir(working_dir)

pipe-lib/src/lib.rs

+95 −27

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -512,6 +512,13 @@ impl EnvironmentValue {
		let pre = format!("_{}_", EnvironmentValue::PREFIX.to_uppercase());
		key.trim_start_matches(&pre).to_string()
		}
		pub fn get_from_config(config: &Config, module: Option<Module>) -> HashMap<String, String> {
		let config_vars = config.variables.clone().unwrap_or_default();
		let module_vars = module.unwrap().variables.clone().unwrap_or_default();
		let mut envs = EnvironmentValue::get_from_serde(&config_vars);
		envs.extend(EnvironmentValue::get_from_serde(&module_vars));
		envs
		}
		pub fn get_from_serde(values: &Map<String, Value>) -> HashMap<String, String> {
		let mut lookup: HashMap<String, String> = HashMap::new();
		values.iter().for_each(\|(key, value)\| {
		@@ -568,8 +575,8 @@ impl Extension {
		}
		impl Label {
		pub fn dry_run() -> Styled<&'static &'static str> {
		let style = Style::new().white().on_yellow();
		" DRY_RUN ".style(style)
		let style = Style::new().black().on_yellow();
		" DRY_RUN ■ ".style(style)
		}
		pub fn fail() -> Styled<&'static &'static str> {
		let style = Style::new().white().on_red();
		@@ -596,7 +603,7 @@ impl Label {
		" REJECTED ".style(style)
		}
		pub fn run() -> Styled<&'static &'static str> {
		let style = Style::new().white().on_yellow();
		let style = Style::new().black().on_yellow();
		" RUN ▶ ".style(style)
		}
		pub fn using() -> Styled<&'static &'static str> {
		@@ -754,6 +761,90 @@ impl Script {
		self.arguments = expanded;
		self
		}
		/// TODO: Factor out root argument?
		/// Create a script from a Module.
		///
		/// Tries to create script from template interface. Resolves template interface from following:
		///
		/// - IF `template` attribute exists in workflow configuration file
		/// - path -> Script::from_path
		/// - object -> Script::from_template
		///
		/// - ELSE `template` attribute does NOT exist in workflow configuration file
		/// - use "template.json", if it exists
		/// - use default script if "template.json" does not exist
		///
		/// ```
		pub fn from_module(module: Module, root: Option<PathBuf>) -> Script {
		const DEFAULT_FILENAME: &str = "template.json";
		let module_uri = match module.module_type {
		\| ModuleType::Binary { ref uri } => ModuleUri::from(uri),
		\| ModuleType::Script { ref uri, .. } => ModuleUri::from(uri),
		\| ModuleType::Configuration { .. } => unimplemented!("Configuration module type"),
		};
		let working_dir = module_uri.working_directory(Some(root.unwrap_or_default().clone()));
		let default_template_path = PathBuf::from(&working_dir).join(DEFAULT_FILENAME);
		match &module.template {
		\| Some(attribute) => match attribute {
		\| TemplateAttribute::Path(value) => match PathBuf::from(&working_dir).join(value).try_exists() {
		\| Ok(true) => {
		let path = PathBuf::from(&working_dir).join(value);
		debug!(module = module.name, path = path.to_str().unwrap(), "=> {} Template file", Label::using());
		Script::from_path(path)
		}
		\| _ => {
		let path = PathBuf::from(&working_dir).join(value).into_os_string().into_string().unwrap();
		warn!(module = module.name, "=> {} {}", Label::not_found(), path);
		warn!(module = module.name, "=> {} Default template file path", Label::using());
		Script::from_path(default_template_path)
		}
		},
		\| TemplateAttribute::Template(value) => {
		debug!(module = module.name, "=> {} Template attribute", Label::using());
		Script::from_template(value.clone())
		}
		},
		\| None => match default_template_path.try_exists() {
		\| Ok(true) => {
		warn!(module = module.name, "=> {} Default template file path", Label::using());
		Script::from_path(default_template_path)
		}
		\| _ => {
		warn!(
		module = module.name,
		"=> {} {}",
		Label::not_found(),
		default_template_path.into_os_string().into_string().unwrap()
		);
		warn!(module = module.name, "=> {} Default Python script", Label::using());
		Script::python_default()
		}
		},
		}
		}
		/// Create a script from a template JSON file in [ScriptTemplate] format.
		///
		/// You can easily import the script with
		/// ```
		/// use pipe_lib::Script;
		/// use std::path::PathBuf;
		///
		/// let path = PathBuf::from("../tests/fixtures/template.json");
		/// let script = Script::from_path(path);
		/// let output = script.run();
		/// ```
		pub fn from_path(path: PathBuf) -> Script {
		let content = match read_file(path.clone()) {
		\| Ok(value) => value,
		\| Err(_) => {
		error!("Failed to read file: {:?}", path);
		"".to_owned()
		}
		};
		let json: serde_json::Result<ScriptTemplate> = serde_json::from_str(&content);
		let template = json.expect("=> [ERROR] Failed to parse script template").clone();
		Script::from_template(template)
		}
		/// Create a script from a ScriptTemplate struct.
		///
		/// You can easily import the script with
		@@ -782,29 +873,6 @@ impl Script {
		let command = Command::init().name(template.command).build();
		Script::init().command(command).arguments(arguments).build().with_environment(environment)
		}
		/// Create a script from a template JSON file in [ScriptTemplate] format.
		///
		/// You can easily import the script with
		/// ```
		/// use pipe_lib::Script;
		/// use std::path::PathBuf;
		///
		/// let path = PathBuf::from("../tests/fixtures/template.json");
		/// let script = Script::from_path(path);
		/// let output = script.run();
		/// ```
		pub fn from_path(path: PathBuf) -> Script {
		let content = match read_file(path.clone()) {
		\| Ok(value) => value,
		\| Err(_) => {
		error!("Failed to read config file: {:?}", path);
		"".to_owned()
		}
		};
		let json: serde_json::Result<ScriptTemplate> = serde_json::from_str(&content);
		let template = json.expect("=> [ERROR] Failed to parse script template").clone();
		Script::from_template(template)
		}
		fn get_command(&self) -> String {
		match &self.command.virtual_environment {
		\| Some(_) => "conda".to_string(),
		@@ -881,7 +949,7 @@ impl Script {
		let arguments = self.get_arguments();
		let current_dir = PathBuf::from(&self.current_dir);
		let envs = self.envs.clone().unwrap_or_default();
		warn!(script = self.to_string(), "=> {}", Label::run());
		warn!(cwd = current_dir.to_str().unwrap(), script = self.to_string(), "=> {}", Label::run());
		let mut output: Vec<String> = vec![];
		if let Ok(mut cmd) = process::Command::new(command)
		.args(arguments.iter())