feat: Add Generic module language; Gate URLs with --offline; Add TODOs; Add... (fc8b3a88) · Commits · Research Enablement / Xylem

lcov.info

+344 −327

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -151,85 +151,102 @@ DA:85,0
		DA:86,0
		DA:87,0
		DA:89,0
		DA:92,0
		DA:93,0
		DA:95,0
		DA:94,0
		DA:96,0
		DA:98,0
		DA:99,0
		DA:100,0
		DA:101,0
		DA:102,0
		DA:103,0
		DA:105,0
		DA:109,0
		DA:106,0
		DA:107,0
		DA:110,0
		DA:111,0
		DA:112,0
		DA:114,0
		DA:113,0
		DA:115,0
		DA:118,0
		DA:120,0
		DA:119,0
		DA:121,0
		DA:122,0
		DA:123,0
		DA:124,0
		DA:125,0
		DA:126,0
		DA:127,0
		DA:128,0
		DA:130,0
		DA:129,0
		DA:131,0
		DA:135,0
		DA:136,0
		DA:137,0
		DA:138,0
		DA:140,0
		DA:142,0
		DA:144,0
		DA:147,0
		DA:146,0
		DA:148,0
		DA:149,0
		DA:151,0
		DA:152,0
		DA:153,0
		DA:155,0
		DA:157,0
		DA:158,0
		DA:159,0
		DA:160,0
		DA:161,0
		DA:162,0
		DA:164,0
		DA:165,0
		DA:166,0
		DA:169,0
		DA:170,0
		DA:173,0
		DA:174,0
		DA:167,0
		DA:168,0
		DA:172,0
		DA:175,0
		DA:178,0
		DA:180,0
		DA:181,0
		DA:184,0
		DA:182,0
		DA:185,0
		DA:187,0
		DA:189,0
		DA:190,0
		DA:191,0
		DA:192,0
		DA:193,0
		DA:194,0
		DA:195,0
		DA:196,0
		DA:197,0
		DA:198,0
		DA:199,0
		DA:200,0
		DA:201,0
		DA:202,0
		DA:203,0
		DA:204,0
		DA:205,0
		DA:206,0
		DA:208,0
		DA:211,0
		DA:209,0
		DA:210,0
		DA:213,0
		DA:214,0
		DA:217,0
		DA:218,0
		DA:219,0
		DA:222,0
		DA:224,0
		LF:118
		DA:225,0
		DA:228,0
		DA:229,0
		DA:233,0
		DA:234,0
		DA:235,0
		DA:236,0
		DA:237,0
		DA:240,0
		DA:241,0
		DA:242,0
		DA:243,0
		DA:244,0
		DA:245,0
		DA:246,0
		DA:247,0
		DA:248,0
		DA:249,0
		DA:250,0
		DA:252,0
		DA:255,0
		DA:258,0
		DA:261,0
		DA:263,0
		DA:266,0
		DA:268,0
		LF:135
		LH:0
		end_of_record
		TN:
		@@ -352,67 +369,67 @@ LH:0
		end_of_record
		TN:
		SF:/root/dev/command/pipe-lib/src/lib.rs
		FN:363,Command::test
		FN:390,Config::read
		FN:414,Config::read_json
		FN:435,Config::read_yaml
		FN:452,Config::set_environment_variables
		FN:466,<impl PartialEq for Details>::eq
		FN:473,EnvironmentValue::from_string
		FN:476,EnvironmentValue::from_value
		FN:484,EnvironmentValue::prepend_prefix
		FN:488,EnvironmentValue::trim_prefix
		FN:492,EnvironmentValue::get_from_serde
		FN:506,EnvironmentValue::get_all
		FN:516,EnvironmentValue::print_all
		FN:521,EnvironmentValue::set_variable
		FN:531,EnvironmentValue::set_variables
		FN:538,Extension::from_string
		FN:547,Label::dry_run
		FN:551,Label::fail
		FN:555,Label::found
		FN:559,Label::not_found
		FN:563,Label::output
		FN:567,Label::read
		FN:571,Label::rejected
		FN:575,Label::run
		FN:579,Label::using
		FN:585,ModuleUri<'_>::from
		FN:595,ModuleUri<'_>::hash
		FN:619,ModuleUri<'_>::get_whitelist
		FN:622,ModuleUri<'_>::is_allowed
		FN:625,ModuleUri<'_>::test
		FN:626,ModuleUri<'_>::test::check
		FN:643,ModuleUri<'_>::working_directory
		FN:655,SemanticVersion::from_string
		FN:678,Script::expand_arguments
		FN:713,Script::expand_arguments_from
		FN:745,Script::from_template
		FN:773,Script::from_path
		FN:785,Script::get_command
		FN:791,Script::get_arguments
		FN:802,Script::maybe_create_conda_environment
		FN:835,Script::maybe_git_clone
		FN:842,Script::python_default
		FN:856,Script::run
		FN:927,Script::with_current_dir
		FN:965,Script::with_environment
		FN:970,Script::with_envs
		FN:979,StringTemplate::new
		FN:988,StringTemplate::expand
		FN:995,StringTemplate::get_variable
		FN:1025,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1060,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1070,add_forward_slash
		FN:1078,get_conda_environment_list
		FN:1120,get_conda_environment_name
		FN:1152,get_extension
		FN:1156,get_parent
		FN:1169,has_extension
		FN:1173,is_stdin_piped
		FN:1181,is_stdout_piped
		FN:1199,read_file
		FN:1213,to_string
		FN:364,Command::test
		FN:391,Config::read
		FN:415,Config::read_json
		FN:436,Config::read_yaml
		FN:453,Config::set_environment_variables
		FN:467,<impl PartialEq for Details>::eq
		FN:474,EnvironmentValue::from_string
		FN:477,EnvironmentValue::from_value
		FN:485,EnvironmentValue::prepend_prefix
		FN:489,EnvironmentValue::trim_prefix
		FN:493,EnvironmentValue::get_from_serde
		FN:507,EnvironmentValue::get_all
		FN:517,EnvironmentValue::print_all
		FN:522,EnvironmentValue::set_variable
		FN:532,EnvironmentValue::set_variables
		FN:539,Extension::from_string
		FN:548,Label::dry_run
		FN:552,Label::fail
		FN:556,Label::found
		FN:560,Label::not_found
		FN:564,Label::output
		FN:568,Label::read
		FN:572,Label::rejected
		FN:576,Label::run
		FN:580,Label::using
		FN:586,ModuleUri<'_>::from
		FN:596,ModuleUri<'_>::hash
		FN:620,ModuleUri<'_>::get_whitelist
		FN:623,ModuleUri<'_>::is_allowed
		FN:626,ModuleUri<'_>::test
		FN:627,ModuleUri<'_>::test::check
		FN:644,ModuleUri<'_>::working_directory
		FN:656,SemanticVersion::from_string
		FN:679,Script::expand_arguments
		FN:714,Script::expand_arguments_from
		FN:746,Script::from_template
		FN:774,Script::from_path
		FN:786,Script::get_command
		FN:792,Script::get_arguments
		FN:803,Script::maybe_create_conda_environment
		FN:836,Script::maybe_git_clone
		FN:843,Script::python_default
		FN:857,Script::run
		FN:928,Script::with_current_dir
		FN:966,Script::with_environment
		FN:971,Script::with_envs
		FN:980,StringTemplate::new
		FN:989,StringTemplate::expand
		FN:996,StringTemplate::get_variable
		FN:1026,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1061,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1071,add_forward_slash
		FN:1079,get_conda_environment_list
		FN:1121,get_conda_environment_name
		FN:1153,get_extension
		FN:1157,get_parent
		FN:1170,has_extension
		FN:1174,is_stdin_piped
		FN:1182,is_stdout_piped
		FN:1200,read_file
		FN:1214,to_string
		FNF:61
		FNDA:1,Command::test
		FNDA:1,Config::read
		@@ -460,7 +477,7 @@ FNDA:1,Script::run
		FNDA:1,Script::with_current_dir
		FNDA:2,Script::with_environment
		FNDA:0,Script::with_envs
		FNDA:1,StringTemplate::new
		FNDA:2,StringTemplate::new
		FNDA:1,StringTemplate::expand
		FNDA:1,StringTemplate::get_variable
		FNDA:1,StringTemplate::is_handlebars
		@@ -475,74 +492,73 @@ FNDA:0,is_stdin_piped
		FNDA:0,is_stdout_piped
		FNDA:1,read_file
		FNDA:1,to_string
		DA:363,1
		DA:364,1
		DA:368,2
		DA:371,1
		DA:365,1
		DA:369,2
		DA:372,1
		DA:374,2
		DA:375,1
		DA:376,2
		DA:377,4
		DA:379,6
		DA:380,2
		DA:383,3
		DA:384,1
		DA:390,1
		DA:391,2
		DA:373,1
		DA:375,2
		DA:376,1
		DA:377,2
		DA:378,4
		DA:380,6
		DA:381,2
		DA:384,3
		DA:385,1
		DA:391,1
		DA:392,2
		DA:393,1
		DA:395,0
		DA:393,2
		DA:394,1
		DA:396,0
		DA:399,2
		DA:400,1
		DA:402,0
		DA:397,0
		DA:400,2
		DA:401,1
		DA:403,0
		DA:414,1
		DA:415,2
		DA:404,0
		DA:415,1
		DA:416,2
		DA:418,0
		DA:417,4
		DA:419,0
		DA:422,2
		DA:423,1
		DA:424,3
		DA:425,0
		DA:427,6
		DA:428,2
		DA:435,1
		DA:436,2
		DA:437,1
		DA:439,0
		DA:420,0
		DA:423,4
		DA:424,2
		DA:425,4
		DA:426,0
		DA:428,6
		DA:429,2
		DA:436,1
		DA:437,2
		DA:438,1
		DA:440,0
		DA:443,2
		DA:444,1
		DA:445,2
		DA:446,0
		DA:448,3
		DA:449,1
		DA:452,0
		DA:441,0
		DA:444,2
		DA:445,1
		DA:446,2
		DA:447,0
		DA:449,3
		DA:450,1
		DA:453,0
		DA:454,0
		DA:455,0
		DA:456,0
		DA:457,0
		DA:462,0
		DA:466,1
		DA:458,0
		DA:463,0
		DA:467,1
		DA:473,0
		DA:468,1
		DA:474,0
		DA:476,0
		DA:475,0
		DA:477,0
		DA:478,0
		DA:479,0
		DA:480,0
		DA:481,0
		DA:484,0
		DA:482,0
		DA:485,0
		DA:488,1
		DA:486,0
		DA:489,1
		DA:490,2
		DA:492,0
		DA:490,1
		DA:491,2
		DA:493,0
		DA:494,0
		DA:495,0
		@@ -551,313 +567,314 @@ DA:497,0
		DA:498,0
		DA:499,0
		DA:500,0
		DA:502,0
		DA:504,0
		DA:506,1
		DA:501,0
		DA:503,0
		DA:505,0
		DA:507,1
		DA:508,2
		DA:508,1
		DA:509,2
		DA:510,2
		DA:511,2
		DA:512,1
		DA:516,0
		DA:512,2
		DA:513,1
		DA:517,0
		DA:518,0
		DA:521,0
		DA:519,0
		DA:522,0
		DA:523,0
		DA:524,0
		DA:525,0
		DA:526,0
		DA:527,0
		DA:531,0
		DA:528,0
		DA:532,0
		DA:534,0
		DA:538,1
		DA:539,2
		DA:533,0
		DA:535,0
		DA:539,1
		DA:540,2
		DA:541,3
		DA:542,0
		DA:547,0
		DA:541,2
		DA:542,3
		DA:543,0
		DA:548,0
		DA:549,0
		DA:551,0
		DA:550,0
		DA:552,0
		DA:553,0
		DA:555,0
		DA:554,0
		DA:556,0
		DA:557,0
		DA:559,0
		DA:558,0
		DA:560,0
		DA:561,0
		DA:563,1
		DA:564,3
		DA:562,0
		DA:564,1
		DA:565,3
		DA:567,0
		DA:566,3
		DA:568,0
		DA:569,0
		DA:571,0
		DA:570,0
		DA:572,0
		DA:573,0
		DA:575,0
		DA:574,0
		DA:576,0
		DA:577,0
		DA:579,0
		DA:578,0
		DA:580,0
		DA:581,0
		DA:585,1
		DA:582,0
		DA:586,1
		DA:587,2
		DA:588,1
		DA:589,2
		DA:590,0
		DA:592,1
		DA:595,1
		DA:587,1
		DA:588,2
		DA:589,1
		DA:590,2
		DA:591,0
		DA:593,1
		DA:596,1
		DA:597,1
		DA:598,1
		DA:599,1
		DA:600,0
		DA:602,4
		DA:606,4
		DA:607,4
		DA:609,4
		DA:600,1
		DA:601,0
		DA:603,2
		DA:607,2
		DA:608,2
		DA:610,2
		DA:612,2
		DA:615,0
		DA:619,0
		DA:611,2
		DA:613,1
		DA:616,0
		DA:620,0
		DA:622,0
		DA:621,0
		DA:623,0
		DA:625,0
		DA:624,0
		DA:626,0
		DA:627,0
		DA:629,0
		DA:628,0
		DA:630,0
		DA:631,0
		DA:632,0
		DA:633,0
		DA:634,0
		DA:635,0
		DA:637,0
		DA:639,0
		DA:643,0
		DA:636,0
		DA:638,0
		DA:640,0
		DA:644,0
		DA:645,0
		DA:646,0
		DA:647,0
		DA:649,0
		DA:648,0
		DA:650,0
		DA:655,1
		DA:651,0
		DA:656,1
		DA:657,3
		DA:657,1
		DA:658,3
		DA:659,3
		DA:678,1
		DA:679,2
		DA:682,2
		DA:683,1
		DA:684,2
		DA:685,1
		DA:660,3
		DA:679,1
		DA:680,2
		DA:683,2
		DA:684,1
		DA:685,2
		DA:686,1
		DA:688,2
		DA:692,1
		DA:687,1
		DA:689,2
		DA:693,1
		DA:713,1
		DA:714,2
		DA:717,2
		DA:718,1
		DA:719,2
		DA:694,1
		DA:714,1
		DA:715,2
		DA:718,2
		DA:719,1
		DA:720,2
		DA:723,2
		DA:725,1
		DA:727,2
		DA:731,1
		DA:721,2
		DA:724,2
		DA:726,1
		DA:728,2
		DA:732,1
		DA:745,1
		DA:733,1
		DA:746,1
		DA:747,3
		DA:751,2
		DA:753,2
		DA:755,2
		DA:758,1
		DA:759,2
		DA:760,3
		DA:773,1
		DA:774,2
		DA:775,1
		DA:777,0
		DA:747,1
		DA:748,3
		DA:752,2
		DA:754,2
		DA:756,2
		DA:759,1
		DA:760,2
		DA:761,3
		DA:774,1
		DA:775,2
		DA:776,1
		DA:778,0
		DA:781,2
		DA:782,1
		DA:779,0
		DA:782,2
		DA:783,1
		DA:785,1
		DA:784,1
		DA:786,1
		DA:787,1
		DA:788,1
		DA:791,1
		DA:789,1
		DA:792,1
		DA:793,1
		DA:794,1
		DA:794,2
		DA:795,2
		DA:796,2
		DA:798,1
		DA:802,0
		DA:796,4
		DA:797,2
		DA:799,1
		DA:803,0
		DA:804,0
		DA:805,0
		DA:807,0
		DA:806,0
		DA:808,0
		DA:809,0
		DA:810,0
		DA:811,0
		DA:812,0
		DA:814,0
		DA:813,0
		DA:815,0
		DA:816,0
		DA:817,0
		DA:818,0
		DA:819,0
		DA:820,0
		DA:822,0
		DA:821,0
		DA:823,0
		DA:826,0
		DA:830,0
		DA:824,0
		DA:827,0
		DA:831,0
		DA:835,1
		DA:836,2
		DA:832,0
		DA:836,1
		DA:837,2
		DA:838,2
		DA:839,3
		DA:840,1
		DA:842,0
		DA:839,2
		DA:840,3
		DA:841,1
		DA:843,0
		DA:844,0
		DA:852,0
		DA:856,1
		DA:845,0
		DA:853,0
		DA:857,1
		DA:858,1
		DA:859,2
		DA:859,1
		DA:860,2
		DA:861,3
		DA:862,1
		DA:863,8
		DA:864,2
		DA:865,1
		DA:861,2
		DA:862,3
		DA:863,1
		DA:864,9
		DA:865,2
		DA:866,1
		DA:867,1
		DA:868,1
		DA:873,4
		DA:869,1
		DA:874,2
		DA:876,0
		DA:875,2
		DA:877,0
		DA:880,2
		DA:881,2
		DA:882,4
		DA:883,5
		DA:884,3
		DA:887,3
		DA:888,1
		DA:890,0
		DA:878,0
		DA:881,1
		DA:882,2
		DA:883,3
		DA:884,4
		DA:885,3
		DA:888,3
		DA:889,2
		DA:891,0
		DA:894,2
		DA:892,0
		DA:895,1
		DA:896,3
		DA:897,0
		DA:896,2
		DA:897,3
		DA:898,0
		DA:901,3
		DA:902,2
		DA:903,4
		DA:904,1
		DA:905,5
		DA:899,0
		DA:902,3
		DA:903,1
		DA:904,5
		DA:905,2
		DA:906,4
		DA:907,2
		DA:909,3
		DA:907,5
		DA:908,1
		DA:910,3
		DA:911,2
		DA:914,0
		DA:911,3
		DA:912,2
		DA:915,0
		DA:916,0
		DA:920,0
		DA:917,0
		DA:921,0
		DA:927,1
		DA:928,3
		DA:922,0
		DA:928,1
		DA:929,2
		DA:965,2
		DA:930,1
		DA:966,2
		DA:967,2
		DA:970,0
		DA:968,2
		DA:971,0
		DA:972,0
		DA:979,1
		DA:981,1
		DA:988,1
		DA:989,4
		DA:990,3
		DA:995,1
		DA:996,2
		DA:973,0
		DA:980,2
		DA:982,1
		DA:989,1
		DA:990,4
		DA:991,3
		DA:996,1
		DA:997,2
		DA:998,1
		DA:999,2
		DA:1001,0
		DA:1025,1
		DA:1026,2
		DA:998,2
		DA:999,1
		DA:1000,2
		DA:1002,0
		DA:1026,1
		DA:1027,2
		DA:1028,1
		DA:1029,0
		DA:1031,0
		DA:1060,1
		DA:1061,2
		DA:1062,1
		DA:1063,0
		DA:1065,3
		DA:1066,1
		DA:1070,1
		DA:1071,2
		DA:1072,0
		DA:1074,2
		DA:1078,1
		DA:1079,2
		DA:1028,2
		DA:1029,1
		DA:1030,0
		DA:1032,0
		DA:1061,1
		DA:1062,2
		DA:1063,1
		DA:1064,0
		DA:1066,3
		DA:1067,1
		DA:1071,1
		DA:1072,2
		DA:1073,0
		DA:1075,2
		DA:1079,1
		DA:1080,2
		DA:1081,2
		DA:1082,2
		DA:1083,5
		DA:1086,1
		DA:1088,2
		DA:1090,4
		DA:1093,0
		DA:1120,1
		DA:1083,2
		DA:1084,5
		DA:1087,1
		DA:1089,2
		DA:1091,4
		DA:1094,0
		DA:1121,1
		DA:1122,1
		DA:1123,6
		DA:1135,1
		DA:1137,0
		DA:1152,1
		DA:1123,1
		DA:1124,6
		DA:1136,1
		DA:1138,0
		DA:1153,1
		DA:1156,1
		DA:1157,3
		DA:1169,1
		DA:1154,1
		DA:1157,1
		DA:1158,3
		DA:1170,1
		DA:1173,0
		DA:1171,1
		DA:1174,0
		DA:1175,0
		DA:1177,0
		DA:1181,0
		DA:1176,0
		DA:1178,0
		DA:1182,0
		DA:1183,0
		DA:1185,0
		DA:1199,1
		DA:1184,0
		DA:1186,0
		DA:1200,1
		DA:1201,5
		DA:1202,3
		DA:1203,9
		DA:1204,6
		DA:1206,1
		DA:1207,3
		DA:1208,1
		DA:1211,3
		DA:1213,1
		DA:1214,4
		DA:1201,1
		DA:1202,6
		DA:1203,3
		DA:1204,9
		DA:1205,7
		DA:1207,1
		DA:1208,3
		DA:1209,1
		DA:1212,4
		DA:1214,1
		DA:1215,4
		LF:383
		LH:224
		end_of_record

pipe-cli/src/commands/run/mod.rs

+60 −16

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -18,7 +18,7 @@ pub fn run(
		_reporter: &Option<Vec<String>>,
		_output: &Option<PathBuf>,
		dry_run: bool,
		_offline: bool,
		offline: bool,
		_skip_verify_checksum: bool,
		_skip_verify_reqruirements: bool,
		verbose: Verbosity,
		@@ -57,7 +57,7 @@ pub fn run(
		// Prepare modules
		cfg.modules.par_iter().for_each(\|module\| match &module.module_type {
		\| ModuleType::Binary { uri } => match ModuleUri::from(uri) {
		\| ModuleUri::Url(value) => match value.scheme() {
		\| ModuleUri::Url(value) if !offline => match value.scheme() {
		\| Scheme::HTTP \| Scheme::HTTPS \| Scheme::SSH => {
		let url = value.to_string();
		debug!(module = module.name, url, "=> {} Remote binary", Label::found());
		@@ -65,9 +65,9 @@ pub fn run(
		// TODO: Check that URL exists
		// TODO: Download binary to temp directory
		// TODO: Verify binary checksum
		unimplemented!()
		unimplemented!("Remote binary modules are not supported yet");
		}
		\| _ => unimplemented!(),
		\| _ => unimplemented!("Only HTTP, HTTPS, and SSH are currently supported for remote binary modules"),
		},
		\| ModuleUri::File(value) => match value.try_exists() {
		\| Ok(true) => {
		@@ -80,15 +80,41 @@ pub fn run(
		std::process::exit(exitcode::UNAVAILABLE);
		}
		},
		\| _ => unimplemented!(),
		\| _ => unimplemented!("Only URLs and files are currently supported for binary modules"),
		},
		\| ModuleType::Script { programming_language, uri } => match programming_language {
		\| ModuleLanguage::Python => match ModuleUri::from(uri) {
		\| ModuleUri::Url(value) => match value.scheme() {
		\| ModuleLanguage::Generic => match ModuleUri::from(uri) {
		\| ModuleUri::Url(value) if !offline => match value.scheme() {
		\| Scheme::HTTP \| Scheme::HTTPS \| Scheme::SSH => {
		debug!(uri, "=> {} Remote script repository", Label::found());
		// TODO: Filter URL using whitelist
		// TODO: Check that URL exists
		// TODO: Git clone module
		// TODO: Check script repository with is_valid_pipe_module_python
		unimplemented!("Remote Generic script modules are not supported yet");
		}
		\| _ => unimplemented!("Only HTTP, HTTPS, and SSH are currently supported for remote generic script modules"),
		},
		\| ModuleUri::File(value) => match value.try_exists() {
		\| Ok(true) => {
		let path = value.into_os_string().into_string().unwrap();
		debug!(module = module.name, path, "=> {} Local script repository", Label::found());
		unimplemented!("Local Generic script modules are not supported yet");
		}
		\| _ => {
		let path = value.into_os_string().into_string().unwrap();
		error!(module = module.name, path, "=> {} Local script module", Label::not_found());
		std::process::exit(exitcode::UNAVAILABLE);
		}
		},
		\| _ => unimplemented!("Only URLs and files are currently supported for Generic script modules"),
		},
		\| ModuleLanguage::Python => match ModuleUri::from(uri) {
		\| ModuleUri::Url(value) if !offline => match value.scheme() {
		\| Scheme::HTTP \| Scheme::HTTPS \| Scheme::SSH => {
		debug!(uri, "=> {} Remote {} script repository", Label::found(), programming_language);
		// TODO: Filter URL using whitelist
		// TODO: Check that URL exists
		if ModuleUri::from(uri).test() {
		info!(module = module.name, uri, "=> {}", Label::found());
		} else {
		@@ -115,12 +141,18 @@ pub fn run(
		}
		};
		}
		\| _ => unimplemented!(),
		\| _ => unimplemented!("Only HTTP, HTTPS, and SSH are currently supported for Python script modules"),
		},
		\| ModuleUri::File(value) => match value.try_exists() {
		\| Ok(true) => {
		let path = value.into_os_string().into_string().unwrap();
		debug!(module = module.name, path, "=> {} Local script repository", Label::found());
		debug!(
		module = module.name,
		path,
		"=> {} Local {} script repository",
		Label::found(),
		programming_language
		);
		// TODO: Check script repository with is_valid_pipe_module_python
		if let Some(script) = Script::maybe_create_conda_environment(uri.to_string(), verbose.log_level()) {
		if dry_run {
		@@ -133,20 +165,31 @@ pub fn run(
		}
		\| _ => {
		let path = value.into_os_string().into_string().unwrap();
		error!(module = module.name, path, "=> {} Local script module", Label::not_found());
		error!(
		module = module.name,
		path,
		"=> {} Local {} script module",
		Label::not_found(),
		programming_language
		);
		std::process::exit(exitcode::UNAVAILABLE);
		}
		},
		\| _ => unimplemented!(),
		\| _ => unimplemented!("Only URLs and files are currently supported for Python script modules"),
		},
		\| _ => unimplemented!(),
		\| _ => unimplemented!("Only Generic and Python script modules are currently supported"),
		},
		\| _ => unimplemented!(),
		\| _ => unimplemented!("Only binary and script modules are currently supported"),
		});
		// Run workflow
		cfg.modules.iter().for_each(\|module\| match &module.module_type {
		\| ModuleType::Binary { .. } => {}
		\| ModuleType::Binary { .. } => {
		unimplemented!("Binary modules are not supported yet");
		}
		\| ModuleType::Script { programming_language, uri } => match programming_language {
		\| ModuleLanguage::Generic => {
		unimplemented!("Generic script modules are not supported yet");
		}
		\| ModuleLanguage::Python => {
		let working_dir = ModuleUri::from(uri).working_directory(Some(root.clone()));
		let manifest_path = PathBuf::from(&working_dir).join("environment.yml");
		@@ -157,6 +200,7 @@ pub fn run(
		Label::using()
		);
		let default_template_path = PathBuf::from(&working_dir).join("template.json");
		// TODO: Abstract loading script from template: fn(module, default_path) -> Script
		let loaded = match &module.template {
		\| Some(attribute) => match attribute {
		\| TemplateAttribute::Path(value) => match PathBuf::from(value).try_exists() {
		@@ -214,9 +258,9 @@ pub fn run(
		script.run();
		}
		}
		\| _ => unimplemented!(),
		\| _ => unimplemented!("Only Generic and Python script modules are currently supported"),
		},
		\| _ => unimplemented!(),
		\| _ => unimplemented!("Only binary and script modules are currently supported"),
		});
		}
		\| None => error!("=> {} Could not import configuration", Label::fail()),

pipe-lib/src/lib.rs

+2 −1

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -70,11 +70,12 @@ pub enum Instruction {
		/// ```
		ExecFormat(Vec<String>),
		}
		#[derive(Clone, Debug, Serialize, Deserialize, Valuable)]
		#[derive(Clone, Debug, Serialize, Deserialize, Display, Valuable)]
		#[serde(rename_all = "lowercase")]
		pub enum ModuleLanguage {
		Binary,
		Csharp,
		Generic,
		JavaScript,
		Julia,
		Python,