feat: Refactor run functions for better maintainability and extendibility (e521b9a1) · Commits · Research Enablement / Xylem

lcov.info

+601 −589

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -111,170 +111,167 @@ SF:/root/dev/command/pipe-cli/src/commands/run/mod.rs
		FNF:0
		DA:21,0
		DA:22,0
		DA:28,0
		DA:29,0
		DA:30,0
		DA:31,0
		DA:32,0
		DA:33,0
		DA:34,0
		DA:35,0
		DA:36,0
		DA:37,0
		DA:38,0
		DA:41,0
		DA:40,0
		DA:43,0
		DA:44,0
		DA:45,0
		DA:46,0
		DA:47,0
		DA:48,0
		DA:49,0
		DA:51,0
		DA:52,0
		DA:53,0
		DA:54,0
		DA:55,0
		DA:56,0
		DA:58,0
		DA:59,0
		DA:61,0
		DA:63,0
		DA:64,0
		DA:65,0
		DA:67,0
		DA:68,0
		DA:70,0
		DA:71,0
		DA:72,0
		DA:75,0
		DA:76,0
		DA:77,0
		DA:78,0
		DA:79,0
		DA:81,0
		DA:83,0
		DA:84,0
		DA:89,0
		DA:91,0
		DA:82,0
		DA:85,0
		DA:88,0
		DA:90,0
		DA:92,0
		DA:96,0
		DA:94,0
		DA:97,0
		DA:98,0
		DA:100,0
		DA:103,0
		DA:99,0
		DA:102,0
		DA:104,0
		DA:105,0
		DA:106,0
		DA:107,0
		DA:108,0
		DA:109,0
		DA:111,0
		DA:112,0
		DA:113,0
		DA:114,0
		DA:115,0
		DA:117,0
		DA:119,0
		DA:120,0
		DA:124,0
		DA:125,0
		DA:127,0
		DA:130,0
		DA:135,0
		DA:126,0
		DA:129,0
		DA:131,0
		DA:132,0
		DA:134,0
		DA:137,0
		DA:142,0
		DA:138,0
		DA:140,0
		DA:141,0
		DA:143,0
		DA:144,0
		DA:145,0
		DA:146,0
		DA:147,0
		DA:148,0
		DA:150,0
		DA:152,0
		DA:154,0
		DA:157,0
		DA:158,0
		DA:159,0
		DA:160,0
		DA:161,0
		DA:162,0
		DA:164,0
		DA:163,0
		DA:165,0
		DA:166,0
		DA:168,0
		DA:169,0
		DA:171,0
		DA:173,0
		DA:175,0
		DA:177,0
		DA:179,0
		DA:180,0
		DA:184,0
		DA:185,0
		DA:186,0
		DA:174,0
		DA:178,0
		DA:188,0
		DA:189,0
		DA:190,0
		DA:191,0
		DA:192,0
		DA:194,0
		DA:197,0
		DA:193,0
		DA:198,0
		DA:200,0
		DA:201,0
		DA:199,0
		DA:203,0
		DA:204,0
		DA:205,0
		DA:206,0
		DA:207,0
		DA:208,0
		DA:210,0
		DA:209,0
		DA:211,0
		DA:213,0
		DA:220,0
		DA:221,0
		DA:222,0
		DA:223,0
		DA:224,0
		DA:225,0
		DA:226,0
		DA:227,0
		DA:228,0
		DA:229,0
		DA:231,0
		DA:233,0
		DA:234,0
		DA:238,0
		DA:237,0
		DA:240,0
		DA:242,0
		DA:243,0
		DA:244,0
		DA:245,0
		DA:246,0
		DA:247,0
		DA:248,0
		DA:249,0
		DA:250,0
		DA:251,0
		DA:253,0
		DA:258,0
		DA:259,0
		DA:256,0
		DA:260,0
		DA:261,0
		DA:262,0
		DA:263,0
		DA:264,0
		DA:266,0
		DA:267,0
		DA:268,0
		DA:269,0
		DA:270,0
		DA:271,0
		DA:272,0
		DA:273,0
		DA:276,0
		DA:277,0
		DA:275,0
		DA:278,0
		DA:282,0
		DA:281,0
		DA:284,0
		DA:286,0
		DA:288,0
		DA:289,0
		DA:290,0
		DA:291,0
		DA:292,0
		DA:293,0
		DA:294,0
		DA:296,0
		DA:299,0
		DA:301,0
		DA:302,0
		DA:303,0
		DA:305,0
		DA:307,0
		DA:306,0
		DA:308,0
		DA:309,0
		DA:310,0
		DA:311,0
		DA:312,0
		DA:313,0
		DA:314,0
		DA:315,0
		DA:317,0
		DA:318,0
		DA:321,0
		DA:325,0
		DA:326,0
		DA:319,0
		DA:322,0
		DA:323,0
		DA:327,0
		DA:328,0
		DA:330,0
		DA:331,0
		DA:332,0
		DA:333,0
		DA:334,0
		DA:335,0
		DA:336,0
		DA:337,0
		DA:338,0
		DA:339,0
		DA:340,0
		DA:342,0
		DA:345,0
		DA:341,0
		DA:346,0
		DA:348,0
		DA:351,0
		DA:353,0
		DA:356,0
		DA:358,0
		LF:165
		DA:349,0
		DA:350,0
		DA:354,0
		DA:355,0
		DA:359,0
		DA:361,0
		LF:162
		LH:0
		end_of_record
		TN:
		@@ -396,75 +393,79 @@ LH:0
		end_of_record
		TN:
		SF:/root/dev/command/pipe-lib/src/lib.rs
		FN:453,Command::test
		FN:476,Config::read
		FN:500,Config::read_json
		FN:521,Config::read_yaml
		FN:538,Config::set_environment_variables
		FN:552,<impl PartialEq for Details>::eq
		FN:559,EnvironmentValue::from_string
		FN:562,EnvironmentValue::from_value
		FN:570,EnvironmentValue::prepend_prefix
		FN:574,EnvironmentValue::trim_prefix
		FN:578,EnvironmentValue::get_from_config
		FN:585,EnvironmentValue::get_from_serde
		FN:599,EnvironmentValue::get_all
		FN:609,EnvironmentValue::print_all
		FN:614,EnvironmentValue::set_variable
		FN:624,EnvironmentValue::set_variables
		FN:631,Extension::from_string
		FN:640,Label::dry_run
		FN:644,Label::invalid
		FN:648,Label::fail
		FN:652,Label::found
		FN:656,Label::not_found
		FN:660,Label::output
		FN:664,Label::pass
		FN:668,Label::read
		FN:672,Label::rejected
		FN:676,Label::run
		FN:680,Label::using
		FN:686,ModuleUri<'_>::from
		FN:696,ModuleUri<'_>::hash
		FN:720,ModuleUri<'_>::get_whitelist
		FN:723,ModuleUri<'_>::is_allowed
		FN:726,ModuleUri<'_>::test
		FN:727,ModuleUri<'_>::test::check
		FN:744,ModuleUri<'_>::working_directory
		FN:756,SemanticVersion::from_string
		FN:765,Script::ensure_relative
		FN:784,Script::expand_arguments
		FN:819,Script::expand_arguments_from
		FN:854,Script::from_module
		FN:912,Script::from_path
		FN:927,Script::from_template
		FN:947,Script::get_command
		FN:957,Script::get_arguments
		FN:997,Script::maybe_create_virtual_environment
		FN:1042,Script::maybe_git_clone
		FN:1049,Script::python_default
		FN:1063,Script::run
		FN:1130,Script::with_container
		FN:1137,Script::with_current_dir
		FN:1142,Script::with_envs
		FN:1184,Script::with_virtual_environment
		FN:1190,ScriptTemplate::from_path
		FN:1202,ScriptTemplate::resolve_python_virtual_environment
		FN:1230,StringTemplate::new
		FN:1239,StringTemplate::expand
		FN:1246,StringTemplate::get_variable
		FN:1276,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1311,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1321,add_dot_slash
		FN:1329,add_forward_slash
		FN:1336,download_binary
		FN:1337,download_binary::download
		FNF:63
		FN:468,Command::test
		FN:491,Config::read
		FN:515,Config::read_json
		FN:536,Config::read_yaml
		FN:553,Config::set_environment_variables
		FN:569,Config::verify_requirements
		FN:587,Config::verify_resources
		FN:592,<impl PartialEq for Details>::eq
		FN:599,EnvironmentValue::from_string
		FN:602,EnvironmentValue::from_value
		FN:610,EnvironmentValue::prepend_prefix
		FN:614,EnvironmentValue::trim_prefix
		FN:618,EnvironmentValue::get_from_config
		FN:625,EnvironmentValue::get_from_serde
		FN:639,EnvironmentValue::get_all
		FN:649,EnvironmentValue::print_all
		FN:654,EnvironmentValue::set_variable
		FN:664,EnvironmentValue::set_variables
		FN:671,Extension::from_string
		FN:680,Label::dry_run
		FN:684,Label::invalid
		FN:688,Label::fail
		FN:692,Label::found
		FN:696,Label::not_found
		FN:700,Label::output
		FN:704,Label::pass
		FN:708,Label::read
		FN:712,Label::rejected
		FN:716,Label::run
		FN:720,Label::using
		FN:726,ModuleUri<'_>::from
		FN:736,ModuleUri<'_>::hash
		FN:760,ModuleUri<'_>::get_whitelist
		FN:763,ModuleUri<'_>::is_allowed
		FN:766,ModuleUri<'_>::test
		FN:767,ModuleUri<'_>::test::check
		FN:784,ModuleUri<'_>::working_directory
		FN:796,SemanticVersion::from_string
		FN:805,Script::ensure_relative
		FN:824,Script::expand_arguments
		FN:859,Script::expand_arguments_from
		FN:894,Script::from_module
		FN:952,Script::from_path
		FN:967,Script::from_template
		FN:987,Script::get_command
		FN:997,Script::get_arguments
		FN:1037,Script::maybe_create_virtual_environment
		FN:1082,Script::maybe_git_clone
		FN:1089,Script::python_default
		FN:1103,Script::run
		FN:1170,Script::with_container
		FN:1177,Script::with_current_dir
		FN:1182,Script::with_envs
		FN:1224,Script::with_virtual_environment
		FN:1230,ScriptTemplate::from_path
		FN:1242,ScriptTemplate::resolve_python_virtual_environment
		FN:1270,StringTemplate::new
		FN:1279,StringTemplate::expand
		FN:1286,StringTemplate::get_variable
		FN:1316,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1351,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1361,add_dot_slash
		FN:1369,add_forward_slash
		FN:1376,download_binary
		FN:1377,download_binary::download
		FNF:65
		FNDA:1,Command::test
		FNDA:1,Config::read
		FNDA:1,Config::read_json
		FNDA:1,Config::read_yaml
		FNDA:0,Config::set_environment_variables
		FNDA:0,Config::verify_requirements
		FNDA:0,Config::verify_resources
		FNDA:1,<impl PartialEq for Details>::eq
		FNDA:0,EnvironmentValue::from_string
		FNDA:0,EnvironmentValue::from_value
		@@ -482,13 +483,13 @@ FNDA:0,Label::invalid
		FNDA:0,Label::fail
		FNDA:0,Label::found
		FNDA:0,Label::not_found
		FNDA:2,Label::output
		FNDA:1,Label::output
		FNDA:0,Label::pass
		FNDA:0,Label::read
		FNDA:0,Label::rejected
		FNDA:0,Label::run
		FNDA:0,Label::using
		FNDA:1,ModuleUri<'_>::from
		FNDA:2,ModuleUri<'_>::from
		FNDA:1,ModuleUri<'_>::hash
		FNDA:0,ModuleUri<'_>::get_whitelist
		FNDA:0,ModuleUri<'_>::is_allowed
		@@ -514,505 +515,516 @@ FNDA:0,Script::with_envs
		FNDA:1,Script::with_virtual_environment
		FNDA:1,ScriptTemplate::from_path
		FNDA:0,ScriptTemplate::resolve_python_virtual_environment
		FNDA:1,StringTemplate::new
		FNDA:2,StringTemplate::new
		FNDA:1,StringTemplate::expand
		FNDA:1,StringTemplate::get_variable
		FNDA:1,StringTemplate::is_handlebars
		FNDA:2,StringTemplate::is_handlebars
		FNDA:1,StringTemplate::remove_spaces
		FNDA:1,add_dot_slash
		FNDA:1,add_forward_slash
		FNDA:0,download_binary
		FNDA:0,download_binary::download
		DA:453,1
		DA:454,2
		DA:455,1
		DA:456,3
		DA:457,2
		DA:459,3
		DA:460,1
		DA:463,0
		DA:464,0
		DA:469,3
		DA:468,1
		DA:469,2
		DA:470,1
		DA:476,1
		DA:477,2
		DA:478,2
		DA:479,1
		DA:480,0
		DA:482,2
		DA:483,1
		DA:484,0
		DA:488,2
		DA:489,1
		DA:491,0
		DA:492,0
		DA:500,1
		DA:501,2
		DA:502,2
		DA:504,0
		DA:505,0
		DA:508,2
		DA:509,1
		DA:510,2
		DA:511,0
		DA:513,3
		DA:514,1
		DA:521,1
		DA:522,2
		DA:523,1
		DA:525,0
		DA:471,4
		DA:472,4
		DA:474,6
		DA:475,2
		DA:478,0
		DA:479,0
		DA:484,3
		DA:485,1
		DA:491,1
		DA:492,2
		DA:493,2
		DA:494,1
		DA:495,0
		DA:497,2
		DA:498,1
		DA:499,0
		DA:503,2
		DA:504,1
		DA:506,0
		DA:507,0
		DA:515,1
		DA:516,2
		DA:517,2
		DA:519,0
		DA:520,0
		DA:523,3
		DA:524,2
		DA:525,4
		DA:526,0
		DA:528,6
		DA:529,2
		DA:530,1
		DA:531,2
		DA:532,0
		DA:534,3
		DA:535,1
		DA:538,0
		DA:539,0
		DA:536,1
		DA:537,2
		DA:538,1
		DA:540,0
		DA:541,0
		DA:542,0
		DA:543,0
		DA:548,0
		DA:552,1
		DA:553,1
		DA:559,0
		DA:560,0
		DA:562,0
		DA:544,2
		DA:545,1
		DA:546,2
		DA:547,0
		DA:549,3
		DA:550,1
		DA:553,0
		DA:554,0
		DA:555,0
		DA:556,0
		DA:557,0
		DA:558,0
		DA:563,0
		DA:564,0
		DA:565,0
		DA:566,0
		DA:567,0
		DA:569,0
		DA:570,0
		DA:571,0
		DA:574,1
		DA:575,1
		DA:576,2
		DA:578,0
		DA:572,0
		DA:573,0
		DA:574,0
		DA:575,0
		DA:579,0
		DA:580,0
		DA:581,0
		DA:582,0
		DA:583,0
		DA:585,0
		DA:586,0
		DA:587,0
		DA:588,0
		DA:589,0
		DA:590,0
		DA:591,0
		DA:592,0
		DA:593,0
		DA:595,0
		DA:597,0
		DA:599,1
		DA:600,1
		DA:601,2
		DA:602,2
		DA:603,2
		DA:604,2
		DA:605,1
		DA:609,0
		DA:592,1
		DA:593,1
		DA:599,0
		DA:600,0
		DA:602,0
		DA:603,0
		DA:604,0
		DA:605,0
		DA:606,0
		DA:607,0
		DA:610,0
		DA:611,0
		DA:614,0
		DA:615,0
		DA:616,0
		DA:617,0
		DA:614,1
		DA:615,1
		DA:616,2
		DA:618,0
		DA:619,0
		DA:620,0
		DA:624,0
		DA:621,0
		DA:622,0
		DA:623,0
		DA:625,0
		DA:626,0
		DA:627,0
		DA:631,1
		DA:632,2
		DA:633,2
		DA:634,3
		DA:628,0
		DA:629,0
		DA:630,0
		DA:631,0
		DA:632,0
		DA:633,0
		DA:635,0
		DA:640,0
		DA:641,0
		DA:642,0
		DA:644,0
		DA:645,0
		DA:646,0
		DA:648,0
		DA:637,0
		DA:639,1
		DA:640,1
		DA:641,2
		DA:642,2
		DA:643,2
		DA:644,2
		DA:645,1
		DA:649,0
		DA:650,0
		DA:652,0
		DA:653,0
		DA:651,0
		DA:654,0
		DA:655,0
		DA:656,0
		DA:657,0
		DA:658,0
		DA:660,2
		DA:661,1
		DA:662,2
		DA:659,0
		DA:660,0
		DA:664,0
		DA:665,0
		DA:666,0
		DA:668,0
		DA:669,0
		DA:670,0
		DA:672,0
		DA:673,0
		DA:674,0
		DA:676,0
		DA:677,0
		DA:678,0
		DA:667,0
		DA:671,1
		DA:672,2
		DA:673,2
		DA:674,3
		DA:675,0
		DA:680,0
		DA:681,0
		DA:682,0
		DA:686,1
		DA:687,1
		DA:688,2
		DA:689,1
		DA:690,2
		DA:691,0
		DA:693,1
		DA:696,1
		DA:697,1
		DA:698,1
		DA:699,1
		DA:684,0
		DA:685,0
		DA:686,0
		DA:688,0
		DA:689,0
		DA:690,0
		DA:692,0
		DA:693,0
		DA:694,0
		DA:696,0
		DA:697,0
		DA:698,0
		DA:700,1
		DA:701,0
		DA:703,2
		DA:707,2
		DA:708,2
		DA:710,2
		DA:711,2
		DA:713,2
		DA:701,3
		DA:702,3
		DA:704,0
		DA:705,0
		DA:706,0
		DA:708,0
		DA:709,0
		DA:710,0
		DA:712,0
		DA:713,0
		DA:714,0
		DA:716,0
		DA:717,0
		DA:718,0
		DA:720,0
		DA:721,0
		DA:723,0
		DA:724,0
		DA:726,0
		DA:727,0
		DA:728,0
		DA:730,0
		DA:722,0
		DA:726,2
		DA:727,2
		DA:728,5
		DA:729,2
		DA:730,2
		DA:731,0
		DA:732,0
		DA:733,0
		DA:734,0
		DA:735,0
		DA:736,0
		DA:738,0
		DA:740,0
		DA:744,0
		DA:745,0
		DA:746,0
		DA:747,0
		DA:748,0
		DA:750,0
		DA:751,0
		DA:756,1
		DA:757,1
		DA:758,3
		DA:759,3
		DA:760,3
		DA:765,1
		DA:766,1
		DA:767,2
		DA:768,1
		DA:784,1
		DA:785,2
		DA:788,2
		DA:789,1
		DA:790,2
		DA:791,1
		DA:792,1
		DA:794,2
		DA:798,1
		DA:799,1
		DA:819,1
		DA:820,2
		DA:823,2
		DA:733,1
		DA:736,1
		DA:737,1
		DA:738,1
		DA:739,2
		DA:740,2
		DA:741,0
		DA:743,4
		DA:747,4
		DA:748,4
		DA:750,4
		DA:751,2
		DA:753,4
		DA:756,0
		DA:760,0
		DA:761,0
		DA:763,0
		DA:764,0
		DA:766,0
		DA:767,0
		DA:768,0
		DA:770,0
		DA:771,0
		DA:772,0
		DA:773,0
		DA:774,0
		DA:775,0
		DA:776,0
		DA:778,0
		DA:780,0
		DA:784,0
		DA:785,0
		DA:786,0
		DA:787,0
		DA:788,0
		DA:790,0
		DA:791,0
		DA:796,1
		DA:797,1
		DA:798,3
		DA:799,3
		DA:800,3
		DA:805,1
		DA:806,1
		DA:807,2
		DA:808,1
		DA:824,1
		DA:825,2
		DA:826,2
		DA:829,2
		DA:828,2
		DA:829,1
		DA:830,2
		DA:831,1
		DA:833,2
		DA:837,1
		DA:832,1
		DA:834,2
		DA:838,1
		DA:854,0
		DA:856,0
		DA:857,0
		DA:858,0
		DA:861,0
		DA:862,0
		DA:863,0
		DA:864,0
		DA:865,0
		DA:867,0
		DA:868,0
		DA:869,0
		DA:872,0
		DA:873,0
		DA:874,0
		DA:875,0
		DA:878,0
		DA:879,0
		DA:880,0
		DA:883,0
		DA:885,0
		DA:886,0
		DA:889,0
		DA:895,0
		DA:839,1
		DA:859,1
		DA:860,2
		DA:863,2
		DA:864,1
		DA:865,2
		DA:866,2
		DA:869,2
		DA:871,1
		DA:873,2
		DA:877,1
		DA:878,1
		DA:894,0
		DA:896,0
		DA:912,1
		DA:913,1
		DA:914,1
		DA:927,1
		DA:928,1
		DA:929,3
		DA:933,2
		DA:935,2
		DA:937,2
		DA:941,1
		DA:942,1
		DA:943,1
		DA:945,2
		DA:947,1
		DA:948,1
		DA:949,1
		DA:950,2
		DA:952,2
		DA:953,2
		DA:954,2
		DA:957,1
		DA:958,2
		DA:959,1
		DA:960,1
		DA:961,1
		DA:962,1
		DA:963,0
		DA:965,0
		DA:966,0
		DA:969,2
		DA:970,1
		DA:972,3
		DA:974,3
		DA:975,1
		DA:976,1
		DA:897,0
		DA:898,0
		DA:901,0
		DA:902,0
		DA:903,0
		DA:904,0
		DA:905,0
		DA:907,0
		DA:908,0
		DA:909,0
		DA:912,0
		DA:913,0
		DA:914,0
		DA:915,0
		DA:918,0
		DA:919,0
		DA:920,0
		DA:923,0
		DA:925,0
		DA:926,0
		DA:929,0
		DA:935,0
		DA:936,0
		DA:952,1
		DA:953,1
		DA:954,1
		DA:967,1
		DA:968,1
		DA:969,3
		DA:973,2
		DA:975,2
		DA:977,2
		DA:978,2
		DA:980,1
		DA:982,2
		DA:983,2
		DA:985,0
		DA:986,0
		DA:981,1
		DA:982,1
		DA:983,1
		DA:985,2
		DA:987,1
		DA:988,1
		DA:989,1
		DA:990,1
		DA:992,3
		DA:997,0
		DA:1002,0
		DA:992,1
		DA:993,2
		DA:994,1
		DA:997,1
		DA:998,1
		DA:999,1
		DA:1000,1
		DA:1001,1
		DA:1002,1
		DA:1003,0
		DA:1004,0
		DA:1005,0
		DA:1006,0
		DA:1007,0
		DA:1008,0
		DA:1009,0
		DA:1010,0
		DA:1011,0
		DA:1013,0
		DA:1014,0
		DA:1015,0
		DA:1016,0
		DA:1017,0
		DA:1018,0
		DA:1019,0
		DA:1021,0
		DA:1022,0
		DA:1009,2
		DA:1010,1
		DA:1012,1
		DA:1014,1
		DA:1015,1
		DA:1016,1
		DA:1017,2
		DA:1018,2
		DA:1020,1
		DA:1022,2
		DA:1023,2
		DA:1025,0
		DA:1029,0
		DA:1030,0
		DA:1033,0
		DA:1038,0
		DA:1042,1
		DA:1043,2
		DA:1044,2
		DA:1045,2
		DA:1046,3
		DA:1047,1
		DA:1026,0
		DA:1029,1
		DA:1030,1
		DA:1032,1
		DA:1037,0
		DA:1042,0
		DA:1043,0
		DA:1044,0
		DA:1046,0
		DA:1047,0
		DA:1048,0
		DA:1049,0
		DA:1050,0
		DA:1051,0
		DA:1053,0
		DA:1054,0
		DA:1055,0
		DA:1056,0
		DA:1057,0
		DA:1058,0
		DA:1059,0
		DA:1063,1
		DA:1064,1
		DA:1065,1
		DA:1066,4
		DA:1067,4
		DA:1068,6
		DA:1069,2
		DA:1070,14
		DA:1071,4
		DA:1072,2
		DA:1073,2
		DA:1074,2
		DA:1075,2
		DA:1080,4
		DA:1081,2
		DA:1083,0
		DA:1084,0
		DA:1087,2
		DA:1088,2
		DA:1089,2
		DA:1090,2
		DA:1093,2
		DA:1094,1
		DA:1096,0
		DA:1097,0
		DA:1100,1
		DA:1101,1
		DA:1102,2
		DA:1103,0
		DA:1104,0
		DA:1061,0
		DA:1062,0
		DA:1065,0
		DA:1069,0
		DA:1070,0
		DA:1073,0
		DA:1078,0
		DA:1082,1
		DA:1083,2
		DA:1084,2
		DA:1085,2
		DA:1086,3
		DA:1087,1
		DA:1089,0
		DA:1090,0
		DA:1091,0
		DA:1099,0
		DA:1103,1
		DA:1104,1
		DA:1105,1
		DA:1106,2
		DA:1107,2
		DA:1108,1
		DA:1109,3
		DA:1110,1
		DA:1111,3
		DA:1112,3
		DA:1108,3
		DA:1109,1
		DA:1110,7
		DA:1111,2
		DA:1112,1
		DA:1113,1
		DA:1115,0
		DA:1116,0
		DA:1117,0
		DA:1120,0
		DA:1121,0
		DA:1122,0
		DA:1126,0
		DA:1127,0
		DA:1130,1
		DA:1131,1
		DA:1132,1
		DA:1137,1
		DA:1138,2
		DA:1139,1
		DA:1142,0
		DA:1143,0
		DA:1144,0
		DA:1184,1
		DA:1185,1
		DA:1186,1
		DA:1190,1
		DA:1191,2
		DA:1192,1
		DA:1194,0
		DA:1195,0
		DA:1198,2
		DA:1200,1
		DA:1202,0
		DA:1203,0
		DA:1204,0
		DA:1205,0
		DA:1206,0
		DA:1207,0
		DA:1208,0
		DA:1209,0
		DA:1211,0
		DA:1212,0
		DA:1213,0
		DA:1218,0
		DA:1219,0
		DA:1220,0
		DA:1114,1
		DA:1115,1
		DA:1120,2
		DA:1121,1
		DA:1123,0
		DA:1124,0
		DA:1127,1
		DA:1128,1
		DA:1129,2
		DA:1130,2
		DA:1133,2
		DA:1134,1
		DA:1136,0
		DA:1137,0
		DA:1140,1
		DA:1141,1
		DA:1142,2
		DA:1143,3
		DA:1144,2
		DA:1147,2
		DA:1148,1
		DA:1149,3
		DA:1150,1
		DA:1151,3
		DA:1152,3
		DA:1153,1
		DA:1155,0
		DA:1156,0
		DA:1157,0
		DA:1160,0
		DA:1161,0
		DA:1162,0
		DA:1166,0
		DA:1167,0
		DA:1170,1
		DA:1171,1
		DA:1172,1
		DA:1177,1
		DA:1178,2
		DA:1179,1
		DA:1182,0
		DA:1183,0
		DA:1184,0
		DA:1224,1
		DA:1225,1
		DA:1226,1
		DA:1230,1
		DA:1231,2
		DA:1232,1
		DA:1239,1
		DA:1240,4
		DA:1241,3
		DA:1246,1
		DA:1247,2
		DA:1248,2
		DA:1249,1
		DA:1250,2
		DA:1234,0
		DA:1235,0
		DA:1238,2
		DA:1240,1
		DA:1242,0
		DA:1243,0
		DA:1244,0
		DA:1245,0
		DA:1246,0
		DA:1247,0
		DA:1248,0
		DA:1249,0
		DA:1251,0
		DA:1252,0
		DA:1276,1
		DA:1277,2
		DA:1278,2
		DA:1253,0
		DA:1258,0
		DA:1259,0
		DA:1260,0
		DA:1270,2
		DA:1272,2
		DA:1279,1
		DA:1280,0
		DA:1282,0
		DA:1311,1
		DA:1312,2
		DA:1313,1
		DA:1314,0
		DA:1316,3
		DA:1317,1
		DA:1321,1
		DA:1322,2
		DA:1323,2
		DA:1325,4
		DA:1329,1
		DA:1330,2
		DA:1331,0
		DA:1333,2
		DA:1336,0
		DA:1337,0
		DA:1338,0
		DA:1339,0
		DA:1340,0
		DA:1341,0
		DA:1342,0
		DA:1343,0
		DA:1344,0
		DA:1345,0
		DA:1346,0
		DA:1347,0
		DA:1349,0
		DA:1351,0
		DA:1280,6
		DA:1281,5
		DA:1286,1
		DA:1287,2
		DA:1288,2
		DA:1289,1
		DA:1290,2
		DA:1292,0
		DA:1316,2
		DA:1317,4
		DA:1318,4
		DA:1319,2
		DA:1320,0
		DA:1322,0
		DA:1351,1
		DA:1352,2
		DA:1353,1
		DA:1354,0
		DA:1355,0
		DA:1356,0
		DA:1357,0
		DA:1356,3
		DA:1357,1
		DA:1361,1
		DA:1362,2
		DA:1363,2
		DA:1365,4
		DA:1369,1
		DA:1370,2
		DA:1371,2
		DA:1372,2
		DA:1371,0
		DA:1373,2
		DA:1374,5
		DA:1377,1
		DA:1379,2
		DA:1381,4
		DA:1376,0
		DA:1377,0
		DA:1378,0
		DA:1379,0
		DA:1380,0
		DA:1381,0
		DA:1382,0
		DA:1383,0
		DA:1384,0
		DA:1411,1
		DA:1385,0
		DA:1386,0
		DA:1387,0
		DA:1389,0
		DA:1391,0
		DA:1394,0
		DA:1395,0
		DA:1396,0
		DA:1397,0
		DA:1409,1
		DA:1410,2
		DA:1411,2
		DA:1412,2
		DA:1413,2
		DA:1414,1
		DA:1415,6
		DA:1427,1
		DA:1429,0
		DA:1431,1
		DA:1446,1
		DA:1447,1
		DA:1450,1
		DA:1451,3
		DA:1463,1
		DA:1464,1
		DA:1467,0
		DA:1468,0
		DA:1414,5
		DA:1417,1
		DA:1419,2
		DA:1421,4
		DA:1424,0
		DA:1451,1
		DA:1452,2
		DA:1453,2
		DA:1454,1
		DA:1455,6
		DA:1467,1
		DA:1469,0
		DA:1471,0
		DA:1475,0
		DA:1476,0
		DA:1477,0
		DA:1479,0
		DA:1493,1
		DA:1494,1
		DA:1495,3
		DA:1496,1
		DA:1497,5
		DA:1498,3
		DA:1500,1
		DA:1501,3
		DA:1502,1
		DA:1505,1
		DA:1507,1
		DA:1508,7
		LF:490
		LH:250
		DA:1471,1
		DA:1486,1
		DA:1487,1
		DA:1490,1
		DA:1491,3
		DA:1503,1
		DA:1504,1
		DA:1507,0
		DA:1508,0
		DA:1509,0
		DA:1511,0
		DA:1515,0
		DA:1516,0
		DA:1517,0
		DA:1519,0
		DA:1533,2
		DA:1534,2
		DA:1535,4
		DA:1536,4
		DA:1537,12
		DA:1538,8
		DA:1540,1
		DA:1541,3
		DA:1542,1
		DA:1545,1
		DA:1547,1
		DA:1548,4
		LF:501
		LH:252
		end_of_record

pipe-cli/src/commands/run/mod.rs

+274 −271

File changed.

Preview size limit exceeded, changes collapsed.

pipe-lib/src/lib.rs

+42 −2

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -3,7 +3,7 @@
		#![allow(clippy::wrong_self_convention)]
		use bon::builder;
		use clap::ValueEnum;
		use clap_verbosity_flag::Level;
		use clap_verbosity_flag::{Level, Verbosity};
		use color_eyre::eyre::{Report, Result};
		use derive_more::{Display, FromStr};
		use fancy_regex::Regex;
		@@ -73,7 +73,7 @@ enum Extension {
		pub enum InputAttribute {
		Path(String),
		List(Vec<String>),
		ShellScript(String),
		ShellScript(ScriptTemplate),
		}
		#[derive(Clone, Debug, Serialize, Deserialize, Valuable)]
		#[serde(untagged)]
		@@ -288,6 +288,21 @@ pub struct Config {
		#[serde(alias = "artifacts")]
		pub output: Option<String>,
		}
		#[derive(Clone, Debug)]
		#[builder(start_fn(name = init))]
		pub struct ConfigOptions {
		#[builder(default = PathBuf::from("."))]
		pub root: PathBuf,
		#[builder(default = false)]
		pub dry_run: bool,
		#[builder(default = false)]
		pub offline: bool,
		#[builder(default = false)]
		pub skip_verify_checksum: bool,
		#[builder(default = false)]
		pub skip_verify_requirements: bool,
		pub verbose: Verbosity,
		}
		/// Struct for using and sharing containerized environments
		///
		/// Examples:
		@@ -547,6 +562,31 @@ impl Config {
		}
		Ok(())
		}
		/// Verify software requirements are met on host system (ex. Python, conda, etc...)
		///
		/// Uses process similar to Linux `which` to determine if a given command is available on the host system.
		///
		pub fn verify_requirements(self, options: &ConfigOptions) -> Config {
		if !options.skip_verify_requirements {
		self.requirements.iter().for_each(\|name\| {
		let command = Command::init().name(name.clone()).build();
		if !command.test() {
		error!(name, "=> {} Requirement not met", Label::not_found());
		std::process::exit(exitcode::UNAVAILABLE);
		}
		});
		} else {
		warn!("Skipping requirements verification");
		}
		self
		}
		/// Verify hardware resources (ex. GPU) are available for the workflow on host system
		///
		/// Under construction
		///
		pub fn verify_resources(self, _options: &ConfigOptions) -> Config {
		self
		}
		}
		impl PartialEq for Details {
		fn eq(&self, other: &Self) -> bool {