feat: Add run arguments for later (c7910793) · Commits · Research Enablement / Xylem

lcov.info

+362 −357

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -112,108 +112,105 @@ FN:16,run
		FNF:1
		FNDA:0,run
		DA:16,0
		DA:23,0
		DA:24,0
		DA:25,0
		DA:26,0
		DA:27,0
		DA:28,0
		DA:30,0
		DA:32,0
		DA:31,0
		DA:33,0
		DA:34,0
		DA:35,0
		DA:36,0
		DA:37,0
		DA:39,0
		DA:40,0
		DA:41,0
		DA:42,0
		DA:43,0
		DA:44,0
		DA:45,0
		DA:47,0
		DA:48,0
		DA:49,0
		DA:50,0
		DA:51,0
		DA:55,0
		DA:56,0
		DA:57,0
		DA:52,0
		DA:53,0
		DA:54,0
		DA:58,0
		DA:59,0
		DA:60,0
		DA:65,0
		DA:67,0
		DA:69,0
		DA:71,0
		DA:62,0
		DA:63,0
		DA:68,0
		DA:70,0
		DA:72,0
		DA:74,0
		DA:75,0
		DA:76,0
		DA:77,0
		DA:78,0
		DA:79,0
		DA:80,0
		DA:82,0
		DA:83,0
		DA:84,0
		DA:85,0
		DA:86,0
		DA:87,0
		DA:89,0
		DA:90,0
		DA:92,0
		DA:93,0
		DA:95,0
		DA:96,0
		DA:97,0
		DA:98,0
		DA:99,0
		DA:100,0
		DA:101,0
		DA:102,0
		DA:106,0
		DA:107,0
		DA:108,0
		DA:103,0
		DA:105,0
		DA:109,0
		DA:110,0
		DA:111,0
		DA:115,0
		DA:117,0
		DA:119,0
		DA:112,0
		DA:114,0
		DA:118,0
		DA:120,0
		DA:122,0
		DA:123,0
		DA:124,0
		DA:125,0
		DA:126,0
		DA:127,0
		DA:132,0
		DA:133,0
		DA:134,0
		DA:128,0
		DA:130,0
		DA:135,0
		DA:136,0
		DA:137,0
		DA:139,0
		DA:141,0
		DA:140,0
		DA:142,0
		DA:144,0
		DA:146,0
		DA:148,0
		DA:147,0
		DA:149,0
		DA:150,0
		DA:151,0
		DA:152,0
		DA:154,0
		DA:156,0
		DA:153,0
		DA:155,0
		DA:157,0
		DA:158,0
		DA:159,0
		DA:160,0
		DA:161,0
		DA:162,0
		DA:163,0
		DA:164,0
		DA:165,0
		DA:166,0
		DA:167,0
		DA:169,0
		DA:170,0
		DA:171,0
		DA:172,0
		DA:173,0
		DA:174,0
		DA:175,0
		DA:177,0
		DA:178,0
		DA:180,0
		DA:181,0
		DA:182,0
		DA:186,0
		DA:187,0
		DA:188,0
		DA:184,0
		DA:185,0
		DA:189,0
		DA:190,0
		DA:191,0
		DA:192,0
		DA:193,0
		DA:194,0
		DA:195,0
		DA:196,0
		DA:197,0
		DA:198,0
		@@ -222,13 +219,16 @@ DA:200,0
		DA:201,0
		DA:202,0
		DA:203,0
		DA:204,0
		DA:205,0
		DA:206,0
		DA:208,0
		DA:211,0
		DA:214,0
		DA:216,0
		DA:217,0
		DA:219,0
		DA:221,0
		DA:222,0
		DA:224,0
		LF:118
		LH:0
		end_of_record
		@@ -251,8 +251,13 @@ DA:56,0
		DA:57,0
		DA:68,0
		DA:69,0
		DA:77,0
		LF:15
		DA:83,0
		DA:84,0
		DA:85,0
		DA:86,0
		DA:87,0
		DA:89,0
		LF:20
		LH:0
		end_of_record
		TN:
		@@ -347,67 +352,67 @@ LH:0
		end_of_record
		TN:
		SF:/root/dev/command/pipe-lib/src/lib.rs
		FN:362,Command::test
		FN:389,Config::read
		FN:413,Config::read_json
		FN:434,Config::read_yaml
		FN:451,Config::set_environment_variables
		FN:465,<impl PartialEq for Details>::eq
		FN:472,EnvironmentValue::from_string
		FN:475,EnvironmentValue::from_value
		FN:483,EnvironmentValue::prepend_prefix
		FN:487,EnvironmentValue::trim_prefix
		FN:491,EnvironmentValue::get_from_serde
		FN:505,EnvironmentValue::get_all
		FN:515,EnvironmentValue::print_all
		FN:520,EnvironmentValue::set_variable
		FN:530,EnvironmentValue::set_variables
		FN:537,Extension::from_string
		FN:546,Label::dry_run
		FN:550,Label::fail
		FN:554,Label::found
		FN:558,Label::not_found
		FN:562,Label::output
		FN:566,Label::read
		FN:570,Label::rejected
		FN:574,Label::run
		FN:578,Label::using
		FN:584,ModuleUri<'_>::from
		FN:594,ModuleUri<'_>::hash
		FN:618,ModuleUri<'_>::get_whitelist
		FN:621,ModuleUri<'_>::is_allowed
		FN:624,ModuleUri<'_>::test
		FN:625,ModuleUri<'_>::test::check
		FN:642,ModuleUri<'_>::working_directory
		FN:654,SemanticVersion::from_string
		FN:677,Script::expand_arguments
		FN:712,Script::expand_arguments_from
		FN:744,Script::from_template
		FN:772,Script::from_path
		FN:784,Script::get_command
		FN:790,Script::get_arguments
		FN:801,Script::maybe_create_conda_environment
		FN:834,Script::maybe_git_clone
		FN:841,Script::python_default
		FN:855,Script::run
		FN:926,Script::with_current_dir
		FN:964,Script::with_environment
		FN:969,Script::with_envs
		FN:978,StringTemplate::new
		FN:987,StringTemplate::expand
		FN:994,StringTemplate::get_variable
		FN:1024,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1059,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1069,add_forward_slash
		FN:1077,get_conda_environment_list
		FN:1119,get_conda_environment_name
		FN:1151,get_extension
		FN:1155,get_parent
		FN:1168,has_extension
		FN:1172,is_stdin_piped
		FN:1180,is_stdout_piped
		FN:1198,read_file
		FN:1212,to_string
		FN:363,Command::test
		FN:390,Config::read
		FN:414,Config::read_json
		FN:435,Config::read_yaml
		FN:452,Config::set_environment_variables
		FN:466,<impl PartialEq for Details>::eq
		FN:473,EnvironmentValue::from_string
		FN:476,EnvironmentValue::from_value
		FN:484,EnvironmentValue::prepend_prefix
		FN:488,EnvironmentValue::trim_prefix
		FN:492,EnvironmentValue::get_from_serde
		FN:506,EnvironmentValue::get_all
		FN:516,EnvironmentValue::print_all
		FN:521,EnvironmentValue::set_variable
		FN:531,EnvironmentValue::set_variables
		FN:538,Extension::from_string
		FN:547,Label::dry_run
		FN:551,Label::fail
		FN:555,Label::found
		FN:559,Label::not_found
		FN:563,Label::output
		FN:567,Label::read
		FN:571,Label::rejected
		FN:575,Label::run
		FN:579,Label::using
		FN:585,ModuleUri<'_>::from
		FN:595,ModuleUri<'_>::hash
		FN:619,ModuleUri<'_>::get_whitelist
		FN:622,ModuleUri<'_>::is_allowed
		FN:625,ModuleUri<'_>::test
		FN:626,ModuleUri<'_>::test::check
		FN:643,ModuleUri<'_>::working_directory
		FN:655,SemanticVersion::from_string
		FN:678,Script::expand_arguments
		FN:713,Script::expand_arguments_from
		FN:745,Script::from_template
		FN:773,Script::from_path
		FN:785,Script::get_command
		FN:791,Script::get_arguments
		FN:802,Script::maybe_create_conda_environment
		FN:835,Script::maybe_git_clone
		FN:842,Script::python_default
		FN:856,Script::run
		FN:927,Script::with_current_dir
		FN:965,Script::with_environment
		FN:970,Script::with_envs
		FN:979,StringTemplate::new
		FN:988,StringTemplate::expand
		FN:995,StringTemplate::get_variable
		FN:1025,StringTemplate::is_handlebars
		FN:1060,StringTemplate::remove_spaces
		FN:1070,add_forward_slash
		FN:1078,get_conda_environment_list
		FN:1120,get_conda_environment_name
		FN:1152,get_extension
		FN:1156,get_parent
		FN:1169,has_extension
		FN:1173,is_stdin_piped
		FN:1181,is_stdout_piped
		FN:1199,read_file
		FN:1213,to_string
		FNF:61
		FNDA:1,Command::test
		FNDA:1,Config::read
		@@ -453,7 +458,7 @@ FNDA:1,Script::maybe_git_clone
		FNDA:0,Script::python_default
		FNDA:1,Script::run
		FNDA:1,Script::with_current_dir
		FNDA:1,Script::with_environment
		FNDA:2,Script::with_environment
		FNDA:0,Script::with_envs
		FNDA:1,StringTemplate::new
		FNDA:1,StringTemplate::expand
		@@ -470,74 +475,73 @@ FNDA:0,is_stdin_piped
		FNDA:0,is_stdout_piped
		FNDA:1,read_file
		FNDA:1,to_string
		DA:362,1
		DA:363,1
		DA:367,2
		DA:370,1
		DA:364,1
		DA:368,2
		DA:371,1
		DA:373,2
		DA:374,1
		DA:375,2
		DA:376,4
		DA:378,3
		DA:379,1
		DA:382,3
		DA:383,1
		DA:389,1
		DA:390,2
		DA:372,1
		DA:374,2
		DA:375,1
		DA:376,2
		DA:377,4
		DA:379,6
		DA:380,2
		DA:383,3
		DA:384,1
		DA:390,1
		DA:391,2
		DA:392,1
		DA:394,0
		DA:392,2
		DA:393,1
		DA:395,0
		DA:398,2
		DA:399,1
		DA:401,0
		DA:396,0
		DA:399,2
		DA:400,1
		DA:402,0
		DA:413,1
		DA:414,2
		DA:403,0
		DA:414,1
		DA:415,2
		DA:417,0
		DA:416,2
		DA:418,0
		DA:421,2
		DA:422,1
		DA:423,2
		DA:424,0
		DA:426,3
		DA:427,1
		DA:434,1
		DA:435,2
		DA:436,1
		DA:438,0
		DA:419,0
		DA:422,2
		DA:423,1
		DA:424,3
		DA:425,0
		DA:427,6
		DA:428,2
		DA:435,1
		DA:436,2
		DA:437,1
		DA:439,0
		DA:442,2
		DA:443,1
		DA:444,2
		DA:445,0
		DA:447,3
		DA:448,1
		DA:451,0
		DA:440,0
		DA:443,2
		DA:444,1
		DA:445,2
		DA:446,0
		DA:448,3
		DA:449,1
		DA:452,0
		DA:453,0
		DA:454,0
		DA:455,0
		DA:456,0
		DA:461,0
		DA:465,1
		DA:457,0
		DA:462,0
		DA:466,1
		DA:472,0
		DA:467,1
		DA:473,0
		DA:475,0
		DA:474,0
		DA:476,0
		DA:477,0
		DA:478,0
		DA:479,0
		DA:480,0
		DA:483,0
		DA:481,0
		DA:484,0
		DA:487,1
		DA:485,0
		DA:488,1
		DA:489,2
		DA:491,0
		DA:489,1
		DA:490,2
		DA:492,0
		DA:493,0
		DA:494,0
		@@ -546,313 +550,314 @@ DA:496,0
		DA:497,0
		DA:498,0
		DA:499,0
		DA:501,0
		DA:503,0
		DA:505,1
		DA:500,0
		DA:502,0
		DA:504,0
		DA:506,1
		DA:507,3
		DA:508,3
		DA:509,3
		DA:507,1
		DA:508,2
		DA:509,2
		DA:510,2
		DA:511,1
		DA:515,0
		DA:511,2
		DA:512,1
		DA:516,0
		DA:517,0
		DA:520,0
		DA:518,0
		DA:521,0
		DA:522,0
		DA:523,0
		DA:524,0
		DA:525,0
		DA:526,0
		DA:530,0
		DA:527,0
		DA:531,0
		DA:533,0
		DA:537,1
		DA:538,2
		DA:532,0
		DA:534,0
		DA:538,1
		DA:539,2
		DA:540,3
		DA:541,0
		DA:546,0
		DA:540,2
		DA:541,3
		DA:542,0
		DA:547,0
		DA:548,0
		DA:550,0
		DA:549,0
		DA:551,0
		DA:552,0
		DA:554,0
		DA:553,0
		DA:555,0
		DA:556,0
		DA:558,0
		DA:557,0
		DA:559,0
		DA:560,0
		DA:562,1
		DA:563,2
		DA:564,1
		DA:566,0
		DA:561,0
		DA:563,1
		DA:564,3
		DA:565,3
		DA:567,0
		DA:568,0
		DA:570,0
		DA:569,0
		DA:571,0
		DA:572,0
		DA:574,0
		DA:573,0
		DA:575,0
		DA:576,0
		DA:578,0
		DA:577,0
		DA:579,0
		DA:580,0
		DA:584,1
		DA:581,0
		DA:585,1
		DA:586,2
		DA:587,1
		DA:588,2
		DA:589,0
		DA:591,1
		DA:594,1
		DA:586,1
		DA:587,2
		DA:588,1
		DA:589,2
		DA:590,0
		DA:592,1
		DA:595,1
		DA:596,1
		DA:597,1
		DA:598,1
		DA:599,0
		DA:601,2
		DA:605,2
		DA:606,2
		DA:608,2
		DA:609,2
		DA:611,1
		DA:614,0
		DA:618,0
		DA:599,1
		DA:600,0
		DA:602,4
		DA:606,4
		DA:607,4
		DA:609,4
		DA:610,2
		DA:612,2
		DA:615,0
		DA:619,0
		DA:621,0
		DA:620,0
		DA:622,0
		DA:624,0
		DA:623,0
		DA:625,0
		DA:626,0
		DA:628,0
		DA:627,0
		DA:629,0
		DA:630,0
		DA:631,0
		DA:632,0
		DA:633,0
		DA:634,0
		DA:636,0
		DA:638,0
		DA:642,0
		DA:635,0
		DA:637,0
		DA:639,0
		DA:643,0
		DA:644,0
		DA:645,0
		DA:646,0
		DA:648,0
		DA:647,0
		DA:649,0
		DA:654,1
		DA:650,0
		DA:655,1
		DA:656,3
		DA:656,1
		DA:657,3
		DA:658,3
		DA:677,1
		DA:678,2
		DA:681,2
		DA:682,1
		DA:683,2
		DA:684,1
		DA:659,3
		DA:678,1
		DA:679,2
		DA:682,2
		DA:683,1
		DA:684,2
		DA:685,1
		DA:687,2
		DA:691,1
		DA:686,1
		DA:688,2
		DA:692,1
		DA:712,1
		DA:713,3
		DA:716,2
		DA:693,1
		DA:713,1
		DA:714,2
		DA:717,2
		DA:718,2
		DA:718,1
		DA:719,2
		DA:722,2
		DA:724,1
		DA:726,2
		DA:730,1
		DA:720,2
		DA:723,2
		DA:725,1
		DA:727,2
		DA:731,1
		DA:744,1
		DA:732,1
		DA:745,1
		DA:746,3
		DA:750,2
		DA:752,2
		DA:754,2
		DA:757,1
		DA:758,2
		DA:759,3
		DA:772,1
		DA:773,2
		DA:774,1
		DA:776,0
		DA:746,1
		DA:747,3
		DA:751,2
		DA:753,2
		DA:755,2
		DA:758,1
		DA:759,2
		DA:760,3
		DA:773,1
		DA:774,2
		DA:775,1
		DA:777,0
		DA:780,2
		DA:781,1
		DA:778,0
		DA:781,2
		DA:782,1
		DA:784,1
		DA:783,1
		DA:785,1
		DA:786,1
		DA:787,1
		DA:790,1
		DA:791,2
		DA:788,1
		DA:791,1
		DA:792,1
		DA:793,1
		DA:794,2
		DA:795,1
		DA:797,1
		DA:801,0
		DA:794,1
		DA:795,2
		DA:796,2
		DA:798,1
		DA:802,0
		DA:803,0
		DA:804,0
		DA:806,0
		DA:805,0
		DA:807,0
		DA:808,0
		DA:809,0
		DA:810,0
		DA:811,0
		DA:813,0
		DA:812,0
		DA:814,0
		DA:815,0
		DA:816,0
		DA:817,0
		DA:818,0
		DA:819,0
		DA:821,0
		DA:820,0
		DA:822,0
		DA:825,0
		DA:829,0
		DA:823,0
		DA:826,0
		DA:830,0
		DA:834,1
		DA:835,2
		DA:831,0
		DA:835,1
		DA:836,2
		DA:837,2
		DA:838,3
		DA:839,1
		DA:841,0
		DA:838,2
		DA:839,3
		DA:840,1
		DA:842,0
		DA:843,0
		DA:851,0
		DA:855,1
		DA:844,0
		DA:852,0
		DA:856,1
		DA:857,1
		DA:858,3
		DA:859,3
		DA:860,5
		DA:861,1
		DA:862,9
		DA:863,3
		DA:858,1
		DA:859,2
		DA:860,2
		DA:861,3
		DA:862,1
		DA:863,8
		DA:864,2
		DA:865,2
		DA:866,2
		DA:867,2
		DA:872,6
		DA:873,3
		DA:875,0
		DA:865,1
		DA:866,1
		DA:867,1
		DA:868,1
		DA:873,4
		DA:874,2
		DA:876,0
		DA:879,3
		DA:880,3
		DA:881,6
		DA:882,9
		DA:883,6
		DA:886,6
		DA:877,0
		DA:880,2
		DA:881,2
		DA:882,4
		DA:883,5
		DA:884,3
		DA:887,3
		DA:889,0
		DA:888,1
		DA:890,0
		DA:893,3
		DA:894,3
		DA:895,6
		DA:896,0
		DA:891,0
		DA:894,2
		DA:895,1
		DA:896,3
		DA:897,0
		DA:900,6
		DA:898,0
		DA:901,3
		DA:902,9
		DA:903,3
		DA:904,9
		DA:905,9
		DA:906,3
		DA:908,3
		DA:902,2
		DA:903,4
		DA:904,1
		DA:905,5
		DA:906,4
		DA:907,2
		DA:909,3
		DA:910,2
		DA:913,0
		DA:910,3
		DA:911,2
		DA:914,0
		DA:915,0
		DA:919,0
		DA:916,0
		DA:920,0
		DA:926,1
		DA:927,2
		DA:928,1
		DA:964,1
		DA:965,1
		DA:966,1
		DA:969,0
		DA:921,0
		DA:927,1
		DA:928,3
		DA:929,2
		DA:965,2
		DA:966,2
		DA:967,2
		DA:970,0
		DA:971,0
		DA:978,1
		DA:980,1
		DA:987,1
		DA:988,4
		DA:989,3
		DA:994,1
		DA:995,2
		DA:972,0
		DA:979,1
		DA:981,1
		DA:988,1
		DA:989,4
		DA:990,3
		DA:995,1
		DA:996,2
		DA:997,1
		DA:998,2
		DA:1000,0
		DA:1024,1
		DA:1025,2
		DA:997,2
		DA:998,1
		DA:999,2
		DA:1001,0
		DA:1025,1
		DA:1026,2
		DA:1027,1
		DA:1028,0
		DA:1030,0
		DA:1059,1
		DA:1060,2
		DA:1061,1
		DA:1062,0
		DA:1064,3
		DA:1065,1
		DA:1069,1
		DA:1070,2
		DA:1071,0
		DA:1073,2
		DA:1077,1
		DA:1078,2
		DA:1027,2
		DA:1028,1
		DA:1029,0
		DA:1031,0
		DA:1060,1
		DA:1061,2
		DA:1062,1
		DA:1063,0
		DA:1065,3
		DA:1066,1
		DA:1070,1
		DA:1071,2
		DA:1072,0
		DA:1074,2
		DA:1078,1
		DA:1079,2
		DA:1080,2
		DA:1081,2
		DA:1082,5
		DA:1085,1
		DA:1087,2
		DA:1089,4
		DA:1092,0
		DA:1119,1
		DA:1082,2
		DA:1083,5
		DA:1086,1
		DA:1088,2
		DA:1090,4
		DA:1093,0
		DA:1120,1
		DA:1121,1
		DA:1122,6
		DA:1134,1
		DA:1136,0
		DA:1151,1
		DA:1122,1
		DA:1123,6
		DA:1135,1
		DA:1137,0
		DA:1152,1
		DA:1155,1
		DA:1156,3
		DA:1168,1
		DA:1153,1
		DA:1156,1
		DA:1157,3
		DA:1169,1
		DA:1172,0
		DA:1170,1
		DA:1173,0
		DA:1174,0
		DA:1176,0
		DA:1180,0
		DA:1175,0
		DA:1177,0
		DA:1181,0
		DA:1182,0
		DA:1184,0
		DA:1198,1
		DA:1183,0
		DA:1185,0
		DA:1199,1
		DA:1200,3
		DA:1201,2
		DA:1202,4
		DA:1203,3
		DA:1205,1
		DA:1206,3
		DA:1207,1
		DA:1210,2
		DA:1212,1
		DA:1213,9
		DA:1200,1
		DA:1201,5
		DA:1202,3
		DA:1203,9
		DA:1204,6
		DA:1206,1
		DA:1207,3
		DA:1208,1
		DA:1211,3
		DA:1213,1
		DA:1214,4
		LF:383
		LH:224
		end_of_record

pipe-cli/src/cli.rs

+9 −0

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -95,6 +95,15 @@ pub enum Commands {
		/// Execute workflow dry run (do not actually make changes to environment)
		#[arg(short = 'd', long = "dry-run", value_name = "BOOL")]
		dry_run: bool,
		/// Execute workflow without connection to the internet
		#[arg(long = "offline", value_name = "BOOL")]
		offline: bool,
		/// Skip calculating and verifying checksum for downloaded binary files
		#[arg(long = "skip-verify-checksum", value_name = "BOOL")]
		skip_verify_checksum: bool,
		/// Skip enforcing workflow configured requirements (mostly for troubleshooting)
		#[arg(long = "skip-verify-requirements", value_name = "BOOL")]
		skip_verify_requirements: bool,
		#[command(flatten)]
		verbose: Verbosity,
		},

pipe-cli/src/commands/run/mod.rs

+3 −0

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -18,6 +18,9 @@ pub fn run(
		_reporter: &Option<Vec<String>>,
		_output: &Option<PathBuf>,
		dry_run: bool,
		_offline: bool,
		_skip_verify_checksum: bool,
		_skip_verify_reqruirements: bool,
		verbose: Verbosity,
		) -> Result<(), Report> {
		let id = nanoid!(10, &nanoid::alphabet::SAFE);

pipe-cli/src/commands/run/tests.rs

+0 −9

Original line number	Diff line number	Diff line
		// use crate::cli::Arguments;
		// use crate::commands::run::*;
		// use clap::Parser;

		// #[test]
		// #[should_panic]
		// fn test_run_panic() {
		// let args = Arguments::parse();
		// let _ = run(&None, &None, &None, true, args.verbose);
		// }

pipe-cli/src/main.rs

+13 −1

Original line number	Diff line number	Diff line
		@@ -71,9 +71,21 @@ fn main() -> Void {
		reporter,
		output,
		dry_run,
		offline,
		skip_verify_checksum,
		skip_verify_requirements,
		verbose,
		..
		}) => commands::run::run(config, reporter, output, *dry_run, verbose.clone()),
		}) => commands::run::run(
		config,
		reporter,
		output,
		*dry_run,
		*offline,
		*skip_verify_checksum,
		*skip_verify_requirements,
		verbose.clone(),
		),
		\| None => Ok(()),
		}
		}