Commit b251ca7b authored by Wohlgemuth, Jason's avatar Wohlgemuth, Jason
Browse files

feat: Add input and output attributes to config

parent 42d3a2bd
Loading
Loading
Loading
Loading
Loading
+388 −384
Original line number Diff line number Diff line
@@ -347,67 +347,67 @@ LH:0
end_of_record
TN:
SF:/root/dev/command/src/util/mod.rs
FN:344,Command::test
FN:371,Config::read
FN:395,Config::read_json
FN:416,Config::read_yaml
FN:433,Config::set_environment_variables
FN:447,<impl PartialEq for Details>::eq
FN:454,EnvironmentValue::from_string
FN:457,EnvironmentValue::from_value
FN:465,EnvironmentValue::prepend_prefix
FN:469,EnvironmentValue::trim_prefix
FN:473,EnvironmentValue::get_from_serde
FN:487,EnvironmentValue::get_all
FN:497,EnvironmentValue::print_all
FN:502,EnvironmentValue::set_variable
FN:512,EnvironmentValue::set_variables
FN:519,Extension::from_string
FN:528,Label::dry_run
FN:532,Label::fail
FN:536,Label::found
FN:540,Label::not_found
FN:544,Label::output
FN:548,Label::read
FN:552,Label::rejected
FN:556,Label::run
FN:560,Label::using
FN:566,ModuleUri<'_>::from
FN:576,ModuleUri<'_>::hash
FN:600,ModuleUri<'_>::get_whitelist
FN:603,ModuleUri<'_>::is_allowed
FN:606,ModuleUri<'_>::test
FN:607,ModuleUri<'_>::test::check
FN:627,ModuleUri<'_>::working_directory
FN:639,SemanticVersion::from_string
FN:660,Script::expand_arguments
FN:690,Script::expand_arguments_from
FN:723,Script::from_template
FN:752,Script::from_path
FN:764,Script::get_command
FN:770,Script::get_arguments
FN:781,Script::maybe_create_conda_environment
FN:814,Script::maybe_git_clone
FN:821,Script::python_default
FN:834,Script::run
FN:904,Script::with_current_dir
FN:930,Script::with_environment
FN:935,Script::with_envs
FN:944,StringTemplate::new
FN:953,StringTemplate::expand
FN:960,StringTemplate::get_variable
FN:990,StringTemplate::is_handlebars
FN:1014,StringTemplate::remove_spaces
FN:1024,add_forward_slash
FN:1032,get_conda_environment_list
FN:1068,get_conda_environment_name
FN:1100,get_extension
FN:1104,get_parent
FN:1117,has_extension
FN:1127,is_stdin_piped
FN:1141,is_stdout_piped
FN:1159,read_file
FN:1173,to_string
FN:360,Command::test
FN:387,Config::read
FN:411,Config::read_json
FN:432,Config::read_yaml
FN:449,Config::set_environment_variables
FN:463,<impl PartialEq for Details>::eq
FN:470,EnvironmentValue::from_string
FN:473,EnvironmentValue::from_value
FN:481,EnvironmentValue::prepend_prefix
FN:485,EnvironmentValue::trim_prefix
FN:489,EnvironmentValue::get_from_serde
FN:503,EnvironmentValue::get_all
FN:513,EnvironmentValue::print_all
FN:518,EnvironmentValue::set_variable
FN:528,EnvironmentValue::set_variables
FN:535,Extension::from_string
FN:544,Label::dry_run
FN:548,Label::fail
FN:552,Label::found
FN:556,Label::not_found
FN:560,Label::output
FN:564,Label::read
FN:568,Label::rejected
FN:572,Label::run
FN:576,Label::using
FN:582,ModuleUri<'_>::from
FN:592,ModuleUri<'_>::hash
FN:616,ModuleUri<'_>::get_whitelist
FN:619,ModuleUri<'_>::is_allowed
FN:622,ModuleUri<'_>::test
FN:623,ModuleUri<'_>::test::check
FN:643,ModuleUri<'_>::working_directory
FN:655,SemanticVersion::from_string
FN:676,Script::expand_arguments
FN:706,Script::expand_arguments_from
FN:739,Script::from_template
FN:768,Script::from_path
FN:780,Script::get_command
FN:786,Script::get_arguments
FN:797,Script::maybe_create_conda_environment
FN:830,Script::maybe_git_clone
FN:837,Script::python_default
FN:851,Script::run
FN:922,Script::with_current_dir
FN:948,Script::with_environment
FN:953,Script::with_envs
FN:962,StringTemplate::new
FN:971,StringTemplate::expand
FN:978,StringTemplate::get_variable
FN:1008,StringTemplate::is_handlebars
FN:1032,StringTemplate::remove_spaces
FN:1042,add_forward_slash
FN:1050,get_conda_environment_list
FN:1090,get_conda_environment_name
FN:1122,get_extension
FN:1126,get_parent
FN:1139,has_extension
FN:1149,is_stdin_piped
FN:1163,is_stdout_piped
FN:1181,read_file
FN:1195,to_string
FNF:61
FNDA:1,Command::test
FNDA:1,Config::read
@@ -446,8 +446,8 @@ FNDA:1,Script::expand_arguments
FNDA:1,Script::expand_arguments_from
FNDA:1,Script::from_template
FNDA:1,Script::from_path
FNDA:2,Script::get_command
FNDA:2,Script::get_arguments
FNDA:1,Script::get_command
FNDA:1,Script::get_arguments
FNDA:0,Script::maybe_create_conda_environment
FNDA:1,Script::maybe_git_clone
FNDA:0,Script::python_default
@@ -471,125 +471,113 @@ FNDA:0,is_stdout_piped
FNDA:1,read_file
FNDA:1,to_string
DA:35,0
DA:344,1
DA:345,1
DA:349,2
DA:351,3
DA:352,1
DA:353,1
DA:355,2
DA:356,1
DA:357,1
DA:358,2
DA:360,5
DA:360,1
DA:361,1
DA:364,5
DA:365,1
DA:371,1
DA:372,2
DA:365,2
DA:367,3
DA:368,1
DA:369,1
DA:371,2
DA:372,1
DA:373,2
DA:374,1
DA:376,0
DA:377,0
DA:380,2
DA:374,4
DA:376,10
DA:377,2
DA:380,5
DA:381,1
DA:383,0
DA:384,0
DA:395,1
DA:387,1
DA:388,2
DA:389,2
DA:390,1
DA:392,0
DA:393,0
DA:396,2
DA:397,4
DA:397,1
DA:399,0
DA:400,0
DA:403,4
DA:404,2
DA:405,4
DA:406,0
DA:408,12
DA:409,2
DA:416,1
DA:417,2
DA:418,1
DA:420,0
DA:421,0
DA:424,2
DA:425,1
DA:426,2
DA:427,0
DA:429,6
DA:430,1
DA:433,0
DA:434,0
DA:435,0
DA:411,1
DA:412,2
DA:413,4
DA:415,0
DA:416,0
DA:419,4
DA:420,2
DA:421,4
DA:422,0
DA:424,12
DA:425,2
DA:432,1
DA:433,2
DA:434,1
DA:436,0
DA:437,0
DA:438,0
DA:440,2
DA:441,1
DA:442,2
DA:443,0
DA:447,1
DA:448,1
DA:445,6
DA:446,1
DA:449,0
DA:450,0
DA:451,0
DA:452,0
DA:453,0
DA:454,0
DA:455,0
DA:457,0
DA:458,0
DA:459,0
DA:460,0
DA:461,0
DA:462,0
DA:465,0
DA:466,0
DA:469,1
DA:470,1
DA:471,2
DA:463,1
DA:464,1
DA:470,0
DA:471,0
DA:473,0
DA:474,0
DA:475,0
DA:476,0
DA:477,0
DA:478,0
DA:479,0
DA:480,0
DA:481,0
DA:483,0
DA:485,0
DA:487,1
DA:488,1
DA:489,2
DA:490,2
DA:491,2
DA:492,2
DA:493,1
DA:482,0
DA:485,1
DA:486,1
DA:487,2
DA:489,0
DA:490,0
DA:491,0
DA:492,0
DA:493,0
DA:494,0
DA:495,0
DA:496,0
DA:497,0
DA:498,0
DA:499,0
DA:502,0
DA:503,0
DA:504,0
DA:505,0
DA:506,0
DA:507,0
DA:508,0
DA:512,0
DA:501,0
DA:503,1
DA:504,1
DA:505,2
DA:506,2
DA:507,2
DA:508,2
DA:509,1
DA:513,0
DA:514,0
DA:515,0
DA:519,1
DA:520,2
DA:521,2
DA:522,3
DA:518,0
DA:519,0
DA:520,0
DA:521,0
DA:522,0
DA:523,0
DA:524,0
DA:528,0
DA:529,0
DA:530,0
DA:532,0
DA:533,0
DA:534,0
DA:536,0
DA:537,0
DA:538,0
DA:540,0
DA:541,0
DA:542,0
DA:544,1
DA:545,3
DA:546,3
DA:531,0
DA:535,1
DA:536,2
DA:537,2
DA:538,3
DA:539,0
DA:544,0
DA:545,0
DA:546,0
DA:548,0
DA:549,0
DA:550,0
@@ -599,261 +587,277 @@ DA:554,0
DA:556,0
DA:557,0
DA:558,0
DA:560,0
DA:561,0
DA:562,0
DA:566,1
DA:567,1
DA:568,2
DA:569,1
DA:570,2
DA:571,0
DA:573,1
DA:576,1
DA:577,1
DA:578,1
DA:579,1
DA:580,1
DA:581,0
DA:583,3
DA:587,4
DA:588,4
DA:590,4
DA:591,2
DA:593,2
DA:596,0
DA:600,0
DA:601,0
DA:603,0
DA:604,0
DA:606,0
DA:607,0
DA:608,0
DA:609,0
DA:610,0
DA:560,1
DA:561,3
DA:562,3
DA:564,0
DA:565,0
DA:566,0
DA:568,0
DA:569,0
DA:570,0
DA:572,0
DA:573,0
DA:574,0
DA:576,0
DA:577,0
DA:578,0
DA:582,1
DA:583,1
DA:584,2
DA:585,1
DA:586,2
DA:587,0
DA:589,1
DA:592,1
DA:593,1
DA:594,1
DA:595,1
DA:596,1
DA:597,0
DA:599,3
DA:603,4
DA:604,4
DA:606,4
DA:607,2
DA:609,2
DA:612,0
DA:613,0
DA:614,0
DA:615,0
DA:616,0
DA:617,0
DA:618,0
DA:619,0
DA:621,0
DA:620,0
DA:622,0
DA:623,0
DA:627,0
DA:624,0
DA:625,0
DA:626,0
DA:628,0
DA:629,0
DA:630,0
DA:631,0
DA:632,0
DA:633,0
DA:634,0
DA:639,1
DA:640,1
DA:641,3
DA:642,3
DA:643,3
DA:660,1
DA:661,2
DA:664,2
DA:665,1
DA:666,2
DA:667,1
DA:668,1
DA:670,2
DA:674,1
DA:675,1
DA:635,0
DA:637,0
DA:639,0
DA:643,0
DA:644,0
DA:645,0
DA:646,0
DA:647,0
DA:649,0
DA:650,0
DA:655,1
DA:656,1
DA:657,3
DA:658,3
DA:659,3
DA:676,1
DA:677,2
DA:680,2
DA:681,1
DA:682,2
DA:683,1
DA:684,1
DA:686,2
DA:690,1
DA:691,2
DA:694,2
DA:695,1
DA:696,2
DA:697,2
DA:700,2
DA:702,1
DA:704,2
DA:708,1
DA:709,1
DA:723,1
DA:691,1
DA:706,1
DA:707,2
DA:710,2
DA:711,1
DA:712,2
DA:713,2
DA:716,2
DA:718,1
DA:720,2
DA:724,1
DA:725,3
DA:729,2
DA:731,2
DA:733,2
DA:736,1
DA:737,2
DA:738,2
DA:725,1
DA:739,1
DA:740,1
DA:741,3
DA:745,2
DA:747,2
DA:749,2
DA:752,1
DA:753,2
DA:754,1
DA:756,0
DA:757,0
DA:760,2
DA:761,1
DA:762,1
DA:764,2
DA:765,2
DA:766,1
DA:767,2
DA:770,2
DA:771,2
DA:772,1
DA:773,1
DA:774,3
DA:775,2
DA:777,2
DA:781,0
DA:782,0
DA:783,0
DA:784,0
DA:786,0
DA:787,0
DA:788,0
DA:789,0
DA:790,0
DA:791,0
DA:793,0
DA:794,0
DA:795,0
DA:796,0
DA:754,2
DA:768,1
DA:769,2
DA:770,1
DA:772,0
DA:773,0
DA:776,2
DA:777,1
DA:778,1
DA:780,1
DA:781,1
DA:782,1
DA:783,1
DA:786,1
DA:787,1
DA:788,1
DA:789,1
DA:790,3
DA:791,2
DA:793,1
DA:797,0
DA:798,0
DA:799,0
DA:801,0
DA:800,0
DA:802,0
DA:803,0
DA:804,0
DA:805,0
DA:806,0
DA:807,0
DA:809,0
DA:810,0
DA:814,1
DA:815,2
DA:816,2
DA:817,2
DA:818,1
DA:819,1
DA:811,0
DA:812,0
DA:813,0
DA:814,0
DA:815,0
DA:817,0
DA:818,0
DA:821,0
DA:822,0
DA:823,0
DA:831,0
DA:825,0
DA:826,0
DA:830,1
DA:831,2
DA:832,2
DA:833,2
DA:834,1
DA:835,2
DA:836,2
DA:837,4
DA:838,4
DA:839,10
DA:840,2
DA:841,12
DA:842,3
DA:843,2
DA:844,2
DA:845,2
DA:846,2
DA:851,4
DA:852,2
DA:854,0
DA:855,0
DA:858,2
DA:835,1
DA:837,0
DA:838,0
DA:839,0
DA:847,0
DA:851,1
DA:852,1
DA:853,1
DA:854,2
DA:855,2
DA:856,5
DA:857,1
DA:858,8
DA:859,2
DA:860,2
DA:861,5
DA:862,2
DA:865,2
DA:866,1
DA:868,0
DA:869,0
DA:872,1
DA:873,1
DA:874,2
DA:875,0
DA:876,0
DA:879,2
DA:880,1
DA:881,3
DA:882,1
DA:883,5
DA:884,5
DA:885,1
DA:887,5
DA:888,5
DA:889,2
DA:860,1
DA:861,1
DA:862,1
DA:863,1
DA:868,4
DA:869,2
DA:871,0
DA:872,0
DA:875,2
DA:876,2
DA:877,4
DA:878,9
DA:879,6
DA:882,6
DA:883,3
DA:885,0
DA:886,0
DA:889,3
DA:890,3
DA:891,6
DA:892,0
DA:893,0
DA:894,0
DA:904,1
DA:905,2
DA:906,1
DA:930,1
DA:931,2
DA:932,2
DA:935,0
DA:936,0
DA:937,0
DA:944,2
DA:946,2
DA:953,1
DA:954,4
DA:955,3
DA:960,1
DA:961,2
DA:896,6
DA:897,3
DA:898,9
DA:899,3
DA:900,15
DA:901,15
DA:902,3
DA:904,5
DA:905,5
DA:906,2
DA:909,0
DA:910,0
DA:911,0
DA:915,0
DA:916,0
DA:922,1
DA:923,2
DA:924,1
DA:948,1
DA:949,2
DA:950,2
DA:953,0
DA:954,0
DA:955,0
DA:962,2
DA:963,1
DA:964,2
DA:966,0
DA:990,1
DA:991,2
DA:992,2
DA:993,1
DA:994,0
DA:996,0
DA:1014,1
DA:1015,2
DA:1016,1
DA:1017,0
DA:1019,3
DA:1020,1
DA:1024,1
DA:1025,2
DA:1026,0
DA:1028,2
DA:971,1
DA:972,4
DA:973,3
DA:978,1
DA:979,2
DA:980,2
DA:981,1
DA:982,2
DA:984,0
DA:1008,1
DA:1009,2
DA:1010,2
DA:1011,1
DA:1012,0
DA:1014,0
DA:1032,1
DA:1033,1
DA:1034,2
DA:1035,2
DA:1036,5
DA:1039,1
DA:1041,2
DA:1043,4
DA:1068,1
DA:1069,1
DA:1070,1
DA:1071,6
DA:1083,1
DA:1085,0
DA:1100,1
DA:1101,1
DA:1104,1
DA:1105,3
DA:1117,1
DA:1118,1
DA:1127,0
DA:1128,0
DA:1129,0
DA:1131,0
DA:1141,0
DA:1142,0
DA:1143,0
DA:1145,0
DA:1159,1
DA:1160,1
DA:1161,6
DA:1162,3
DA:1163,20
DA:1164,8
DA:1166,1
DA:1167,5
DA:1168,1
DA:1171,4
DA:1173,1
DA:1174,4
LF:384
LH:224
DA:1033,2
DA:1034,1
DA:1035,0
DA:1037,3
DA:1038,1
DA:1042,1
DA:1043,2
DA:1044,0
DA:1046,2
DA:1050,1
DA:1051,1
DA:1052,2
DA:1053,2
DA:1054,2
DA:1055,5
DA:1058,1
DA:1060,2
DA:1062,4
DA:1065,0
DA:1090,1
DA:1091,1
DA:1092,1
DA:1093,6
DA:1105,1
DA:1107,0
DA:1122,1
DA:1123,1
DA:1126,1
DA:1127,3
DA:1139,1
DA:1140,1
DA:1149,0
DA:1150,0
DA:1151,0
DA:1153,0
DA:1163,0
DA:1164,0
DA:1165,0
DA:1167,0
DA:1181,1
DA:1182,1
DA:1183,6
DA:1184,3
DA:1185,20
DA:1186,8
DA:1188,1
DA:1189,5
DA:1190,1
DA:1193,4
DA:1195,1
DA:1196,4
LF:388
LH:225
end_of_record
+16 −0
Original line number Diff line number Diff line
@@ -198,6 +198,7 @@ pub struct Command {
}
#[derive(Clone, Debug, Deserialize, Serialize)]
pub struct Config {
    /// Unique workflow identifier
    pub id: Option<String>,
    /// Configuration version in semver format
    version: String,
@@ -209,12 +210,27 @@ pub struct Config {
    pub resources: Option<Vec<String>>,
    /// Keywords or tags used to describe this module
    keywords: Option<Vec<String>>,
    /// List of structs that contain details about the associated module
    pub modules: Vec<Module>,
    /// Environment variables set at the workflow level and available to all modules
    ///
    /// Note: Modules can override these variables
    pub variables: Option<Map<String, Value>>,
    /// Workflow checks configuration
    pub check: Option<Check>,
    /// Workflow input
    ///
    /// Can be:
    /// - a path to a file
    /// - a path to a folder that contains files
    /// - script that returns lists of file paths (executed in the current working directory)
    ///
    /// If input is not provided, the workflow will run similar to a 0-adic function.
    pub input: Option<String>,
    /// Workflow output
    ///
    /// Designates a path to the workflow output artifacts for verification and export purposes
    pub output: Option<String>,
}
#[derive(Clone, Debug, Deserialize, Eq, Serialize, PartialOrd, Ord)]
pub struct Details {