Commit 89ef4ea2 authored by Wohlgemuth, Jason's avatar Wohlgemuth, Jason
Browse files

feat: Cull unused functions, util module, and incomplete sub commands

parent fd168b80
Loading
Loading
Loading
Loading
Loading
+1 −1
Original line number Diff line number Diff line
@@ -62,7 +62,7 @@ Print the help with `xylem help` or save the configuration below to `config.json
        {
            "name": "Meta Module",
            "type": "binary",
            "uri": "https://code.ornl.gov/api/v4/projects/15383/packages/generic/x86_64-unknown-linux-gnu/v0.0.10/xylem",
            "uri": "https://code.ornl.gov/api/v4/projects/15383/packages/generic/x86_64-unknown-linux-musl/v0.0.11/xylem",
            "checksum": "e3b0c44298fc1c149afbf4c8996fb92427ae41e4649b934ca495991b7852b855",
            "template": {
                "command": "xylem",
+363 −423
Original line number Diff line number Diff line
TN:
SF:/root/dev/re/xylem/xylem-lib/src/config.rs
SF:/root/dev/re/xylem/xylem-lib/src/config/mod.rs
FN:120,Config::get_environment_variables
FN:140,Config::get_inputs
FN:170,Config::get_module_list
@@ -13,7 +13,8 @@ FN:581,Config::verify_requirements
FN:601,Config::verify_resources
FN:604,Config::with_options
FN:610,Extension::from_string
FNF:13
FN:622,get_children
FNF:14
FNDA:0,Config::get_environment_variables
FNDA:2,Config::get_inputs
FNDA:1,Config::get_module_list
@@ -27,6 +28,7 @@ FNDA:0,Config::verify_requirements
FNDA:0,Config::verify_resources
FNDA:0,Config::with_options
FNDA:5,Extension::from_string
FNDA:2,get_children
DA:120,0
DA:121,0
DA:122,0
@@ -293,94 +295,93 @@ DA:611,5
DA:612,9
DA:613,2
DA:614,0
LF:266
LH:40
DA:622,2
DA:623,2
DA:624,7
DA:625,1
LF:270
LH:44
end_of_record
TN:
SF:/root/dev/re/xylem/xylem-lib/src/lib.rs
FN:81,<impl PartialEq for Details>::eq
FN:88,<impl Deref for PyProjectToml>::deref
FN:93,PyProjectToml::read
FN:109,PyProjectToml::get_module_name
FN:120,SemanticVersion::from_string
FNF:5
FN:62,<impl PartialEq for Details>::eq
FN:69,<impl Deref for PyProjectToml>::deref
FN:74,PyProjectToml::read
FN:90,PyProjectToml::get_module_name
FNF:4
FNDA:5,<impl PartialEq for Details>::eq
FNDA:1,<impl Deref for PyProjectToml>::deref
FNDA:1,PyProjectToml::read
FNDA:1,PyProjectToml::get_module_name
FNDA:1,SemanticVersion::from_string
DA:81,5
DA:82,6
DA:62,5
DA:63,6
DA:69,1
DA:70,1
DA:74,1
DA:75,4
DA:76,3
DA:78,0
DA:82,4
DA:83,2
DA:84,1
DA:85,0
DA:87,1
DA:88,1
DA:89,1
DA:93,1
DA:94,4
DA:95,3
DA:97,0
DA:101,4
DA:102,2
DA:103,1
DA:104,0
DA:106,1
DA:107,1
DA:109,1
DA:110,1
DA:111,2
DA:112,2
DA:113,0
DA:115,0
DA:120,1
DA:121,3
DA:122,5
DA:123,5
DA:124,5
LF:25
LH:21
DA:90,1
DA:91,1
DA:92,2
DA:93,2
DA:94,0
DA:96,0
LF:20
LH:16
end_of_record
TN:
SF:/root/dev/re/xylem/xylem-lib/src/script.rs
FN:301,Command::test
FN:325,EnvironmentValue::formatted_prefix
FN:330,EnvironmentValue::from_value
FN:338,EnvironmentValue::prepend_prefix
FN:342,EnvironmentValue::trim_prefix
FN:346,EnvironmentValue::get_from_serde
FN:360,EnvironmentValue::get_all
FN:370,EnvironmentValue::print_all
FN:381,EnvironmentValue::set_variable
FN:391,EnvironmentValue::set_variables
FN:398,ModuleUri<'_>::from
FN:408,ModuleUri<'_>::hash
FN:432,ModuleUri<'_>::get_whitelist
FN:435,ModuleUri<'_>::is_allowed
FN:438,ModuleUri<'_>::test
FN:439,ModuleUri<'_>::test::check
FN:456,ModuleUri<'_>::working_directory
FN:468,Script::ensure_relative
FN:488,Script::expand_arguments
FN:523,Script::expand_arguments_from
FN:558,Script::from_module
FN:616,Script::from_path
FN:631,Script::from_template
FN:651,Script::get_command
FN:661,Script::get_arguments
FN:701,Script::maybe_create_virtual_environment
FN:742,Script::maybe_git_clone
FN:749,Script::python_default
FN:763,Script::run
FN:830,Script::with_container
FN:837,Script::with_current_dir
FN:842,Script::with_envs
FN:887,Script::with_virtual_environment
FN:893,ScriptTemplate::from_path
FN:905,ScriptTemplate::resolve_python_virtual_environment
FN:933,StringTemplate::new
FN:942,StringTemplate::expand
FN:949,StringTemplate::get_variable
FN:979,StringTemplate::is_handlebars
FN:1014,StringTemplate::remove_spaces
FN:1024,get_conda_environment_list
FNF:41
SF:/root/dev/re/xylem/xylem-lib/src/script/mod.rs
FN:299,Command::test
FN:323,EnvironmentValue::formatted_prefix
FN:328,EnvironmentValue::from_value
FN:336,EnvironmentValue::prepend_prefix
FN:340,EnvironmentValue::trim_prefix
FN:344,EnvironmentValue::get_from_serde
FN:358,EnvironmentValue::get_all
FN:368,EnvironmentValue::print_all
FN:379,EnvironmentValue::set_variable
FN:389,EnvironmentValue::set_variables
FN:396,ModuleUri<'_>::from
FN:406,ModuleUri<'_>::hash
FN:430,ModuleUri<'_>::get_whitelist
FN:433,ModuleUri<'_>::is_allowed
FN:436,ModuleUri<'_>::test
FN:437,ModuleUri<'_>::test::check
FN:454,ModuleUri<'_>::working_directory
FN:466,Script::ensure_relative
FN:486,Script::expand_arguments
FN:521,Script::expand_arguments_from
FN:556,Script::from_module
FN:614,Script::from_path
FN:629,Script::from_template
FN:649,Script::get_command
FN:659,Script::get_arguments
FN:710,Script::maybe_create_virtual_environment
FN:751,Script::maybe_git_clone
FN:758,Script::python_default
FN:772,Script::run
FN:839,Script::with_container
FN:846,Script::with_current_dir
FN:851,Script::with_envs
FN:896,Script::with_virtual_environment
FN:902,ScriptTemplate::from_path
FN:914,ScriptTemplate::resolve_python_virtual_environment
FN:942,StringTemplate::new
FN:951,StringTemplate::expand
FN:958,StringTemplate::get_variable
FN:988,StringTemplate::is_handlebars
FN:1023,StringTemplate::remove_spaces
FN:1033,add_dot_slash
FN:1041,get_conda_environment_list
FN:1084,get_conda_environment_name
FNF:43
FNDA:7,Command::test
FNDA:34,EnvironmentValue::formatted_prefix
FNDA:0,EnvironmentValue::from_value
@@ -421,29 +422,33 @@ FNDA:23,StringTemplate::expand
FNDA:8,StringTemplate::get_variable
FNDA:47,StringTemplate::is_handlebars
FNDA:50,StringTemplate::remove_spaces
FNDA:7,add_dot_slash
FNDA:1,get_conda_environment_list
DA:301,7
DA:302,7
DA:303,6
DA:307,6
DA:308,6
DA:311,0
DA:317,1
DA:318,1
DA:325,34
DA:326,136
FNDA:2,get_conda_environment_name
DA:299,7
DA:300,7
DA:301,6
DA:305,6
DA:306,6
DA:309,0
DA:315,1
DA:316,1
DA:323,34
DA:324,136
DA:328,0
DA:329,0
DA:330,0
DA:331,0
DA:332,0
DA:333,0
DA:334,0
DA:335,0
DA:336,0
DA:337,0
DA:338,0
DA:339,0
DA:340,0
DA:342,23
DA:343,46
DA:344,69
DA:340,23
DA:341,46
DA:342,69
DA:344,0
DA:345,0
DA:346,0
DA:347,0
DA:348,0
@@ -451,400 +456,335 @@ DA:349,0
DA:350,0
DA:351,0
DA:352,0
DA:353,0
DA:354,0
DA:356,0
DA:358,0
DA:358,11
DA:359,22
DA:360,11
DA:361,22
DA:362,11
DA:363,2684
DA:364,66
DA:365,220
DA:366,55
DA:361,2783
DA:362,66
DA:363,220
DA:364,55
DA:368,0
DA:369,0
DA:370,0
DA:371,0
DA:372,0
DA:373,0
DA:374,0
DA:375,0
DA:379,0
DA:380,0
DA:381,0
DA:382,0
DA:383,0
DA:384,0
DA:385,0
DA:386,0
DA:387,0
DA:388,0
DA:391,0
DA:389,0
DA:390,0
DA:392,0
DA:394,0
DA:398,10
DA:399,10
DA:400,7
DA:401,6
DA:402,1
DA:403,0
DA:405,3
DA:396,10
DA:397,10
DA:398,7
DA:399,6
DA:400,1
DA:401,0
DA:403,3
DA:406,4
DA:407,4
DA:408,4
DA:409,4
DA:410,4
DA:411,8
DA:412,12
DA:413,0
DA:415,8
DA:419,20
DA:420,20
DA:422,8
DA:423,2
DA:425,3
DA:428,0
DA:432,0
DA:409,8
DA:410,12
DA:411,0
DA:413,8
DA:417,20
DA:418,20
DA:420,8
DA:421,2
DA:423,3
DA:426,0
DA:430,0
DA:431,0
DA:433,0
DA:435,0
DA:434,0
DA:436,0
DA:437,0
DA:438,0
DA:439,0
DA:440,0
DA:441,0
DA:442,0
DA:443,0
DA:444,0
DA:445,0
DA:446,0
DA:448,0
DA:450,0
DA:452,0
DA:454,0
DA:455,0
DA:456,0
DA:457,0
DA:458,0
DA:459,0
DA:460,0
DA:462,0
DA:463,0
DA:468,3
DA:469,9
DA:470,9
DA:471,3
DA:461,0
DA:466,3
DA:467,9
DA:468,9
DA:469,3
DA:486,4
DA:487,8
DA:488,4
DA:489,8
DA:490,4
DA:492,50
DA:493,27
DA:494,69
DA:495,22
DA:496,33
DA:498,12
DA:502,8
DA:503,4
DA:490,50
DA:491,27
DA:492,69
DA:493,22
DA:494,33
DA:496,12
DA:500,8
DA:501,4
DA:521,3
DA:522,6
DA:523,3
DA:524,6
DA:525,3
DA:527,37
DA:528,20
DA:529,51
DA:530,18
DA:531,9
DA:525,37
DA:526,20
DA:527,51
DA:528,18
DA:529,9
DA:530,9
DA:531,78
DA:532,9
DA:533,78
DA:534,9
DA:535,27
DA:537,8
DA:541,6
DA:542,3
DA:533,27
DA:535,8
DA:539,6
DA:540,3
DA:556,0
DA:558,0
DA:559,0
DA:560,0
DA:561,0
DA:562,0
DA:563,0
DA:564,0
DA:565,0
DA:566,0
DA:567,0
DA:568,0
DA:569,0
DA:570,0
DA:571,0
DA:572,0
DA:573,0
DA:574,0
DA:575,0
DA:576,0
DA:577,0
DA:578,0
DA:579,0
DA:580,0
DA:581,0
DA:582,0
DA:583,0
DA:584,0
DA:585,0
DA:587,0
DA:589,0
DA:590,0
DA:588,0
DA:591,0
DA:593,0
DA:594,0
DA:595,0
DA:596,0
DA:597,0
DA:599,0
DA:600,0
DA:616,5
DA:617,15
DA:618,10
DA:631,5
DA:632,10
DA:633,2
DA:637,16
DA:639,6
DA:641,57
DA:598,0
DA:614,5
DA:615,15
DA:616,10
DA:629,5
DA:630,10
DA:631,2
DA:635,16
DA:637,6
DA:639,57
DA:642,10
DA:643,10
DA:644,10
DA:645,10
DA:646,10
DA:647,10
DA:649,30
DA:651,20
DA:652,40
DA:653,8
DA:654,24
DA:656,20
DA:657,5
DA:658,15
DA:661,20
DA:662,40
DA:663,8
DA:665,6
DA:666,12
DA:667,0
DA:669,0
DA:670,0
DA:676,24
DA:678,20
DA:679,5
DA:681,3
DA:682,4
DA:686,3
DA:687,10
DA:689,0
DA:690,0
DA:696,15
DA:701,0
DA:702,0
DA:703,0
DA:704,0
DA:706,0
DA:707,0
DA:708,0
DA:709,0
DA:647,30
DA:649,20
DA:650,40
DA:651,8
DA:652,24
DA:654,20
DA:655,5
DA:656,15
DA:659,20
DA:660,40
DA:661,8
DA:663,6
DA:670,2
DA:671,4
DA:672,4
DA:673,4
DA:674,4
DA:676,0
DA:678,0
DA:679,0
DA:685,24
DA:687,20
DA:688,5
DA:690,3
DA:691,4
DA:695,3
DA:696,12
DA:698,0
DA:699,0
DA:705,15
DA:710,0
DA:711,0
DA:712,0
DA:713,0
DA:714,0
DA:715,0
DA:716,0
DA:717,0
DA:718,0
DA:719,0
DA:721,0
DA:720,0
DA:722,0
DA:723,0
DA:724,0
DA:725,0
DA:729,0
DA:726,0
DA:727,0
DA:728,0
DA:730,0
DA:733,0
DA:731,0
DA:734,0
DA:735,0
DA:736,0
DA:738,0
DA:742,1
DA:743,3
DA:744,6
DA:745,6
DA:746,9
DA:747,1
DA:749,0
DA:750,0
DA:751,0
DA:752,0
DA:753,0
DA:754,0
DA:755,0
DA:756,0
DA:757,0
DA:739,0
DA:742,0
DA:743,0
DA:744,0
DA:745,0
DA:747,0
DA:751,1
DA:752,3
DA:753,6
DA:754,8
DA:755,9
DA:756,1
DA:758,0
DA:759,0
DA:763,4
DA:764,8
DA:765,12
DA:766,12
DA:767,16
DA:768,4
DA:769,12
DA:770,28
DA:771,24
DA:772,16
DA:773,12
DA:774,8
DA:775,4
DA:780,4
DA:781,8
DA:783,0
DA:787,12
DA:788,20
DA:789,8
DA:790,4
DA:793,8
DA:794,8
DA:796,0
DA:800,16
DA:801,20
DA:802,4
DA:803,0
DA:807,4
DA:808,4
DA:810,8
DA:760,0
DA:761,0
DA:762,0
DA:763,0
DA:764,0
DA:765,0
DA:766,0
DA:768,0
DA:772,4
DA:773,8
DA:774,12
DA:775,12
DA:776,16
DA:777,4
DA:778,12
DA:779,28
DA:780,24
DA:781,16
DA:782,12
DA:783,8
DA:784,4
DA:789,4
DA:790,8
DA:792,0
DA:796,12
DA:797,20
DA:798,8
DA:799,4
DA:802,8
DA:803,8
DA:805,0
DA:809,16
DA:810,20
DA:811,4
DA:812,4
DA:813,4
DA:815,0
DA:816,0
DA:820,0
DA:821,0
DA:822,0
DA:826,0
DA:827,0
DA:830,4
DA:831,12
DA:832,4
DA:837,2
DA:838,4
DA:839,2
DA:842,0
DA:843,0
DA:844,0
DA:887,9
DA:888,27
DA:889,9
DA:893,5
DA:894,15
DA:895,5
DA:897,0
DA:898,0
DA:901,20
DA:812,0
DA:816,4
DA:817,4
DA:819,8
DA:820,4
DA:821,4
DA:822,4
DA:824,0
DA:825,0
DA:829,0
DA:830,0
DA:831,0
DA:835,0
DA:836,0
DA:839,4
DA:840,12
DA:841,4
DA:846,2
DA:847,4
DA:848,2
DA:851,0
DA:852,0
DA:853,0
DA:896,9
DA:897,27
DA:898,9
DA:902,5
DA:903,15
DA:905,0
DA:904,5
DA:906,0
DA:907,0
DA:908,0
DA:909,0
DA:910,0
DA:911,0
DA:912,0
DA:910,20
DA:912,15
DA:914,0
DA:915,0
DA:916,0
DA:917,0
DA:918,0
DA:919,0
DA:920,0
DA:921,0
DA:922,0
DA:923,0
DA:933,85
DA:935,170
DA:942,23
DA:943,46
DA:944,382
DA:949,8
DA:950,8
DA:951,8
DA:952,4
DA:953,8
DA:955,0
DA:979,47
DA:980,47
DA:981,47
DA:982,47
DA:983,0
DA:985,0
DA:1014,50
DA:1015,100
DA:1016,50
DA:1017,0
DA:1019,100
DA:1020,50
DA:1024,1
DA:1025,6
DA:1026,5
DA:1027,8
DA:1028,2
DA:1029,3
DA:1032,2
DA:1034,17
DA:1036,71
DA:924,0
DA:925,0
DA:930,0
DA:931,0
DA:932,0
DA:942,85
DA:944,170
DA:951,23
DA:952,46
DA:953,382
DA:958,8
DA:959,8
DA:960,8
DA:961,4
DA:962,8
DA:964,0
DA:988,47
DA:989,47
DA:990,47
DA:991,47
DA:992,0
DA:994,0
DA:1023,50
DA:1024,100
DA:1025,50
DA:1026,0
DA:1028,100
DA:1029,50
DA:1033,7
DA:1034,7
DA:1035,2
DA:1037,5
DA:1040,0
LF:345
LH:179
end_of_record
TN:
SF:/root/dev/re/xylem/xylem-lib/src/util.rs
FN:19,add_dot_slash
FN:27,add_forward_slash
FN:34,download_binary
FN:35,download_binary::download
FN:81,get_conda_environment_name
FN:108,get_children
FN:115,is_stdin_piped
FN:123,is_stdout_piped
FN:130,path_to_string
FN:138,to_string
FNF:10
FNDA:7,add_dot_slash
FNDA:5,add_forward_slash
FNDA:0,download_binary
FNDA:0,download_binary::download
FNDA:2,get_conda_environment_name
FNDA:2,get_children
FNDA:0,is_stdin_piped
FNDA:0,is_stdout_piped
FNDA:6,path_to_string
FNDA:26,to_string
DA:19,7
DA:20,7
DA:21,2
DA:23,5
DA:27,5
DA:28,5
DA:29,0
DA:31,5
DA:34,0
DA:35,0
DA:36,0
DA:37,0
DA:38,0
DA:39,0
DA:40,0
DA:41,0
DA:42,0
DA:43,0
DA:44,0
DA:45,0
DA:47,0
DA:49,0
DA:52,0
DA:53,0
DA:54,0
DA:55,0
DA:81,2
DA:82,2
DA:83,1
DA:84,1
DA:85,1
DA:99,0
DA:101,1
DA:108,2
DA:109,2
DA:110,10
DA:111,1
DA:115,0
DA:116,0
DA:117,0
DA:119,0
DA:123,0
DA:124,0
DA:125,0
DA:127,0
DA:130,6
DA:132,18
DA:133,4
DA:134,2
DA:136,12
DA:138,26
DA:139,280
LF:52
LH:24
DA:1041,1
DA:1042,6
DA:1043,6
DA:1044,8
DA:1045,2
DA:1046,3
DA:1049,2
DA:1051,15
DA:1053,83
DA:1054,5
DA:1057,0
DA:1084,2
DA:1085,2
DA:1086,1
DA:1087,1
DA:1088,1
DA:1102,0
DA:1104,1
LF:360
LH:193
end_of_record
+1 −53
Original line number Diff line number Diff line
@@ -21,58 +21,6 @@ pub struct Arguments {
#[derive(Debug, Subcommand)]
#[command(long_about = None)]
pub enum Commands {
    /// Run checks on a given path to a directory
    ///
    ///     $> xylem check /path/to/folder
    ///
    ///     $> echo /path/to/folder | xylem check -pm
    ///
    ///     $> xylem check /path/to/folder --reporter json console --output results.json
    ///
    #[clap(verbatim_doc_comment)]
    Check {
        /// Path to check
        #[arg(value_name = "PATH", value_hint = clap::ValueHint::DirPath)]
        path: Option<std::path::PathBuf>,
        /// Path to configuration file
        #[arg(short, long, value_name = "PATH", value_hint = clap::ValueHint::DirPath)]
        config: Option<std::path::PathBuf>,
        /// Reporter(s) to use to output the results - console (default) and/or json
        #[arg(short, long, value_name = "STRING", num_args=0..=2)]
        reporter: Option<Vec<String>>,
        /// Destination path for reporters that use one
        #[arg(short, long, value_name = "PATH", value_hint = clap::ValueHint::DirPath)]
        output: Option<std::path::PathBuf>,
        /// Return all results that pass or fail check conditions
        #[arg(short, long, value_name = "BOOL")]
        all: bool,
        /// Only return results that pass their associated check
        #[arg(short, long, value_name = "BOOL")]
        pass: bool,
        /// Report results in minimal format
        #[arg(short, long, value_name = "BOOL")]
        minimal: bool,
        /// Deduplicate results
        #[arg(short, long, value_name = "BOOL")]
        unique: bool,
    },
    /// Check environment parameters and verify Xylem requirements are met
    ///
    ///     $> xylem doctor --config /path/to/config
    ///
    ///     $> xylem doctor --fix
    ///
    #[clap(verbatim_doc_comment)]
    Doctor {
        /// Path to configuration file
        ///
        /// Validate Xylem requirements are met for a given configuration
        #[arg(short, long, value_name = "PATH", value_hint = clap::ValueHint::DirPath)]
        config: Option<std::path::PathBuf>,
        /// Scan environment and attempt to fix unmet requirements
        #[arg(short, long, value_name = "BOOL")]
        fix: bool,
    },
    /// Run workflow using configuration file
    ///
    ///     Run with INFO logging level, loads config.json from current directory
@@ -99,7 +47,7 @@ pub enum Commands {
        #[arg(short, long = "dry-run", value_name = "BOOL")]
        dry_run: bool,
        /// Execute workflow without connection to the internet
        #[arg(long, value_name = "BOOL")]
        #[arg(short = 'X', long, value_name = "BOOL")]
        offline: bool,
        /// Skip calculating and verifying checksum for downloaded binary files
        #[arg(long = "skip-verify-checksum", value_name = "BOOL")]
−6 KiB

File deleted.

+0 −21
Original line number Diff line number Diff line
#![allow(dead_code)]
//! Python script modules should have necessary files and folder structure
//!
//! ### Example:
//! ```diff
//! + some-module/
//! +    ├── template.json
//! -    └── environment.yml
//! ```

use std::path::Path;
use xylem_lib::config::Parameters;
use xylem_lib::Output;

/// Process check on a given path to a directory
pub fn run(_item: &Path, _: Option<Parameters>) -> Output {
    vec![]
}

#[cfg(test)]
mod tests {}
Loading