Commit a286b48e authored by Doak, Peter W's avatar Doak, Peter W
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added nufeb example

parent 96791539
# NUFEB simulation
atom_style bio
atom_modify map array sort 100 5.0e-7
boundary pp pp ff
newton off
processors * * 1
comm_modify vel yes
read_data_bio atom.in
group HET type 1
group EPS type 2
neighbor 5e-7 bin
neigh_modify delay 0 one 5000
##############Define DEM Variables&Commands##############
pair_style gran/hooke/history 1.e-4 NULL 1.e-5 NULL 0.0 1
pair_coeff * *
timestep 10
fix 1 all nve/limit 1e-8
fix fv all viscous 1e-5
fix zw all wall/gran hooke/history 2000 NULL 500.0 NULL 1.5 0 zplane 0.0 1e-04
variable kanc equal 50
fix zwa all walladh v_kanc zplane 0.0 1e-04
variable ke equal 5e+10
#fix j1 all epsadh 1 v_ke 1
##############Define IBm Variables##############
#variables used in fix eps_extract
variable EPSdens equal 30
variable EPSratio equal 1.3
#variables used in fix division
variable divDia equal 1.36e-6
#variables used in fix kinetics
variable diffT equal 1e-4
variable tol equal 1e-6
variable etaHET equal 0.6
variable layer equal -1
#variables used in fix death
variable deadDia equal 9e-7
##############Define IBm Commands##############
fix k1 all kinetics 100 25 10 25 v_diffT v_layer niter 5000
fix kgm all kinetics/growth/monod v_EPSdens v_etaHET
fix g1 all kinetics/diffusion v_tol pp pp nd kg dcflag 2
fix d1 all divide 100 v_EPSdens v_divDia 64564
fix e1 HET eps_extract 100 v_EPSratio v_EPSdens 53453
##############Define IBm Computes##############
compute myNtypes all ntypes
compute myHeight all avg_height
compute myRough all roughness
##############Simulation Output##############
dump id all custom 1000 output.lammmps id type diameter x y z
#dump du1 all vtk 1000 atom_*.vtu id type diameter x y z
#dump du2 all grid 1000 grid_%_*.vti con
dump du3 all bio 1000 avg_height roughness
thermo_style custom step cpu atoms c_myNtypes[2] c_myNtypes[3]
thermo 100
thermo_modify lost ignore
run 80000
NUFEB Simulation
41 atoms
2 atom types
5 nutrients
0.000000e-04 1e-04 xlo xhi
0.000000e-04 0.4e-04 ylo yhi
0.000000e-04 1e-04 zlo zhi
Atoms
1 1 1.0e-6 150 0.5e-5 0.5e-5 1e-6 1.0e-6
2 1 1.0e-6 150 1.5e-5 0.5e-5 1e-6 1.0e-6
3 1 1.0e-6 150 2.5e-5 0.5e-5 1e-6 1.0e-6
4 1 1.0e-6 150 3.5e-5 0.5e-5 1e-6 1.0e-6
5 1 1.0e-6 150 4.5e-5 0.5e-5 1e-6 1.0e-6
6 1 1.0e-6 150 5.5e-5 0.5e-5 1e-6 1.0e-6
7 1 1.0e-6 150 6.5e-5 0.5e-5 1e-6 1.0e-6
8 1 1.0e-6 150 7.5e-5 0.5e-5 1e-6 1.0e-6
9 1 1.0e-6 150 8.5e-5 0.5e-5 1e-6 1.0e-6
10 1 1.0e-6 150 9.5e-5 0.5e-5 1e-6 1.0e-6
11 1 1.0e-6 150 0.5e-5 1.5e-5 1e-6 1.0e-6
12 1 1.0e-6 150 1.5e-5 1.5e-5 1e-6 1.0e-6
13 1 1.0e-6 150 2.5e-5 1.5e-5 1e-6 1.0e-6
14 1 1.0e-6 150 3.5e-5 1.5e-5 1e-6 1.0e-6
15 1 1.0e-6 150 4.5e-5 1.5e-5 1e-6 1.0e-6
16 1 1.0e-6 150 5.5e-5 1.5e-5 1e-6 1.0e-6
17 1 1.0e-6 150 6.5e-5 1.5e-5 1e-6 1.0e-6
18 1 1.0e-6 150 7.5e-5 1.5e-5 1e-6 1.0e-6
19 1 1.0e-6 150 8.5e-5 1.5e-5 1e-6 1.0e-6
20 1 1.0e-6 150 9.5e-5 1.5e-5 1e-6 1.0e-6
21 1 1.0e-6 150 0.5e-5 2.5e-5 1e-6 1.0e-6
22 1 1.0e-6 150 1.5e-5 2.5e-5 1e-6 1.0e-6
23 1 1.0e-6 150 2.5e-5 2.5e-5 1e-6 1.0e-6
24 1 1.0e-6 150 3.5e-5 2.5e-5 1e-6 1.0e-6
25 1 1.0e-6 150 4.5e-5 2.5e-5 1e-6 1.0e-6
26 1 1.0e-6 150 5.5e-5 2.5e-5 1e-6 1.0e-6
27 1 1.0e-6 150 6.5e-5 2.5e-5 1e-6 1.0e-6
28 1 1.0e-6 150 7.5e-5 2.5e-5 1e-6 1.0e-6
29 1 1.0e-6 150 8.5e-5 2.5e-5 1e-6 1.0e-6
30 1 1.0e-6 150 9.5e-5 2.5e-5 1e-6 1.0e-6
31 1 1.0e-6 150 0.5e-5 3.5e-5 1e-6 1.0e-6
32 1 1.0e-6 150 1.5e-5 3.5e-5 1e-6 1.0e-6
33 1 1.0e-6 150 2.5e-5 3.5e-5 1e-6 1.0e-6
34 1 1.0e-6 150 3.5e-5 3.5e-5 1e-6 1.0e-6
35 1 1.0e-6 150 4.5e-5 3.5e-5 1e-6 1.0e-6
36 1 1.0e-6 150 5.5e-5 3.5e-5 1e-6 1.0e-6
37 1 1.0e-6 150 6.5e-5 3.5e-5 1e-6 1.0e-6
38 1 1.0e-6 150 7.5e-5 3.5e-5 1e-6 1.0e-6
39 1 1.0e-6 150 8.5e-5 3.5e-5 1e-6 1.0e-6
40 1 1.0e-6 150 9.5e-5 3.5e-5 1e-6 1.0e-6
41 2 1.0e-8 150 0.6e-5 0.5e-5 1e-6 1.0e-8
Nutrients
1 sub l 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4
2 o2 l 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4
3 no2 l 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4
4 no3 l 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4
5 nh4 l 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4 1e-4
Type Name
1 het
2 eps
Diffusion Coeffs
sub 1.6e-9
o2 2.30e-9
no2 1.15e-9
no3 1.15e-9
nh4 1.15e-9
Ks
het 3.5e-5 0 0 0 0
eps 0 0 0 0 0
Growth Rate
het 0.00028
eps 0
Yield
het 0.61
eps 0.18
Maintenance
het 0
eps 0
Decay
het 0
eps 0
#!/bin/bash -l
#SBATCH -J sample_job
#SBATCH -p batch
#SBATCH --nodes 2
#SBATCH --ntasks-per-node 32
#SBATCH --cpus-per-task 1
#SBATCH --exclusive
#SBATCH --mem=100g
#SBATCH -A cnms
#SBATCH -t 00:30:00
module purge
module load env/cades-cnms
module load nufeb
export OMP_NUM_THREADS=1
module list
printenv
ldd $LAMMPS
echo "srun $LAMMPS -in Inputscript.lammps"
srun $LAMMPS -in Inputscript.lammps
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